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- EMDB-71784: Cryo-EM structure of ATPgammaS-bound Vientovirus FB Rep hexamer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-71784
タイトルCryo-EM structure of ATPgammaS-bound Vientovirus FB Rep hexamer
マップデータsharpened map of 3D auto-refined map from Relion (primary map)
試料
  • 複合体: ATPgammaS-bound Vientovirus FB Rep
    • タンパク質・ペプチド: Replication-associated protein
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: water
キーワードSF3 helicase / DNA binding protein / Replication / Viral protein
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotidyltransferase activity / endonuclease activity / DNA replication / RNA helicase activity / hydrolase activity / host cell nucleus / DNA binding / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / CRESS-DNA virus replication initiator protein (Rep) endonuclease domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Replication-associated protein
類似検索 - 構成要素
生物種Vientovirus FB (ウイルス) / Human lung-associated vientovirus FB (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.36 Å
データ登録者Montermoso S / Gupta K / Pumroy RA / Moiseenkova-Bell V / Bushman FD / Van Duyne GD
資金援助 米国, 6件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P30AI045008 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM108751 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)T32AI007632 米国
Department of Health & Human Services (HHS)S10OD018483 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR2342336 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1P30GM124166 米国
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2026
タイトル: Structures of nucleotide-bound Redondovirus Rep protein link conformation and function.
著者: Saira Montermoso / Kushol Gupta / Ruth Anne Pumroy / Vera Moiseenkova-Bell / Frederic D Bushman / Gregory D Van Duyne /
要旨: Circular Rep-encoding single-stranded DNA (CRESS-DNA) virus Rep proteins are multidomain enzymes that mediate viral DNA rolling-circle replication. Reps nick viral DNA to expose a 3' end for ...Circular Rep-encoding single-stranded DNA (CRESS-DNA) virus Rep proteins are multidomain enzymes that mediate viral DNA rolling-circle replication. Reps nick viral DNA to expose a 3' end for polymerase extension, provide an NTP-dependent helicase activity for DNA unwinding, and join nicked ends to form circular viral genomes. Here, we present the first structures of a Rep protein from the Redondoviridae family, a newly discovered family of human-associated CRESS-DNA viruses that replicates within the oral protozoan Entamoeba gingivalis. Using cryo-EM, we characterized the hexameric structures of a Redondovirus Rep helicase bound with ATPγS, representing the initial ATP-bound state, and with ADP, reflecting the protein state after hydrolysis. The ADP state, but not the ATP state of Rep shows a staircase arrangement of DNA-binding loops that plays a central role in current models for SF3 helicase function. Additionally, we determined a head-to-tail dodecameric structure of ATPγS-bound Rep, in which both the helicase and endonuclease domains are ordered. Conservation of residues involved in stabilizing the dodecamer suggest that this assembly may be functionally relevant for many CRESS-DNA viruses. The positioning of endonuclease domains in the Rep hexamer, combined with our biophysical analyses of Rep oligomerization, provide new insights into Rep function during viral replication.
履歴
登録2025年7月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月25日-
マップ公開2026年2月25日-
更新2026年3月18日-
現状2026年3月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_71784.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_71784.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map of 3D auto-refined map from Relion (primary map)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.84 Å/pix.
x 288 pix.
= 241.92 Å		0.84 Å/pix.
x 288 pix.
= 241.92 Å		0.84 Å/pix.
x 288 pix.
= 241.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.84 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.6
最小 - 最大-22.591068 - 53.360756000000002
平均 (標準偏差)-0.000000000003439 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 241.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: 3D auto-refined map from Relion (raw map)

ファイルemd_71784_additional_1.map
注釈3D auto-refined map from Relion (raw map)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2 from 3D auto-refinement

ファイルemd_71784_half_map_1.map
注釈half map 2 from 3D auto-refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1 from 3D auto-refinement

ファイルemd_71784_half_map_2.map
注釈half map 1 from 3D auto-refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ATPgammaS-bound Vientovirus FB Rep

全体名称: ATPgammaS-bound Vientovirus FB Rep
要素
  • 複合体: ATPgammaS-bound Vientovirus FB Rep
    • タンパク質・ペプチド: Replication-associated protein
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: water

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超分子 #1: ATPgammaS-bound Vientovirus FB Rep

超分子名称: ATPgammaS-bound Vientovirus FB Rep / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Vientovirus FB (ウイルス)
分子量理論値: 243 KDa

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分子 #1: Replication-associated protein

分子名称: Replication-associated protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human lung-associated vientovirus FB (ウイルス)
分子量理論値: 24.360986 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: EKREKAELMI NGNLRELFME GVLGAIDIIR AEKLRNIFQV QAPADKYQKK LILWFKGETG EGKTKTAVDI AERFFNGEYW MSNETLKWF DGYRGQPVAI IDDFRKSMLT EWSFLLRLLD GYNLIVQVKG GFVKWQPKVI IVTSPASPSE AFQWVNKEGE I IEWDKQVQ ...文字列:
EKREKAELMI NGNLRELFME GVLGAIDIIR AEKLRNIFQV QAPADKYQKK LILWFKGETG EGKTKTAVDI AERFFNGEYW MSNETLKWF DGYRGQPVAI IDDFRKSMLT EWSFLLRLLD GYNLIVQVKG GFVKWQPKVI IVTSPASPSE AFQWVNKEGE I IEWDKQVQ LTRRLTYEDE EQIYNFPLWN QDQLKLENTI RKYLGLAPM

UniProtKB: Replication-associated protein

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分子 #2: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #3: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: AGS
分子量理論値: 523.247 Da
Chemical component information

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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分子 #4: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 45 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHEPES4-(2-Hydroxyethyl)piperazine-1-ethanesulfonic acid
300.0 mMNaClsodium chloride
0.1 mMTCEPtris(2-carboxyethyl)phosphine
2.5 %C3H8O3glycerol
5.0 mMMgCl2magnesium chloride
5.0 mMC10H16N5O12P3SAdenosine 5'-O-(3-thiotriphosphate

詳細: 20 mM HEPES-NaOH pH 7.5, 300 mM NaCl, 0.1 mM TCEP, 2.5% glycerol added with 5 mM MgCl2 and 5mM ATPgammaS
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.03 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5605 / 平均露光時間: 1.42 sec. / 平均電子線量: 41.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 5286720
CTF補正ソフトウェア:
名称詳細
cryoSPARC (ver. 4.5.3)Patch CTF estimation
RELION (ver. 5.0-beta)CTFFind-4.1.14

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Alphafold multimer model of Vientovirus FB Rep hexamer
詳細: truncated Alphafold model to 121-327 amino acids for each chain
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0-beta) / 使用した粒子像数: 661708
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3) / ソフトウェア - 詳細: nonuniform refinement
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0-beta) / ソフトウェア - 詳細: 3D auto-refinement
最終 3次元分類クラス数: 6 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0-beta)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Residue range: 121-329 / Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
詳細Initial rigid body fitting was done in ChimeraX and then used Coot for flexible fitting
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 59.01
得られたモデル

PDB-9pqj:
Cryo-EM structure of ATPgammaS-bound Vientovirus FB Rep hexamer

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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