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- EMDB-71781: Cryo-EM structure of HIV-1 459C-WT DS-SOSIP RnS Env trimer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-71781
タイトルCryo-EM structure of HIV-1 459C-WT DS-SOSIP RnS Env trimer
マップデータ
試料
  • 複合体: HIV-1 Env 459C-WT RnS DS-SOSIP
    • タンパク質・ペプチド: 459C-WT RnS DS-SOSIP gp120
    • タンパク質・ペプチド: 459C-WT RnS DS-SOSIP gp41
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードEnvelope trimer / 459C-WT / RnS DS-SOSIP immunogen / VIRAL PROTEIN
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.33 Å
データ登録者Wang S / Zhou T / Kwong PD / Morano NC / Shapiro L
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2026
タイトル: Vaccine elicitation of HIV-1 neutralizing antibodies against both V2 apex and fusion peptide in rhesus macaques.
著者: Hongying Duan / Joseph P Nkolola / Shuishu Wang / Jayeshbhai Chaudhari / I-Ting Teng / Christy Lavine / Danealle K Parchment / George S Sellers / Krisha McKee / Sijy O'Dell / Misook Choe / ...著者: Hongying Duan / Joseph P Nkolola / Shuishu Wang / Jayeshbhai Chaudhari / I-Ting Teng / Christy Lavine / Danealle K Parchment / George S Sellers / Krisha McKee / Sijy O'Dell / Misook Choe / Haijuan Du / Baoshan Zhang / Alejandro A Espinosa Perez / Annika Rossler / Ninaad Lasrado / Andrea Biju / Jordan E Becker / Robin Carroll / Audrey S Carson / Amy R Henry / Nicholas C Morano / Madeeha Mughal / Reda Rawi / Ryan S Roark / Chaim A Schramm / Chen-Hsiang Shen / Sarah C Smith / Tyler Stephens / Yaroslav Tsybovsky / David J Van Wazer / Hua Wang / Yongping Yang / Lucy Rutten / Johannes P M Langedijk / Cheng Cheng / Lingshu Wang / Daniel C Douek / Richard A Koup / John R Mascola / Lawrence Shapiro / Tongqing Zhou / Nicole A Doria-Rose / Bette Korber / Michael S Seaman / Theodore C Pierson / Peter D Kwong / Dan H Barouch /
要旨: Broadly neutralizing antibodies (bNAbs) targeting multiple sites of HIV-1 Env vulnerability can be induced by infection, but simultaneous elicitation of bNAbs against multiple epitopes has not been ...Broadly neutralizing antibodies (bNAbs) targeting multiple sites of HIV-1 Env vulnerability can be induced by infection, but simultaneous elicitation of bNAbs against multiple epitopes has not been achieved by vaccination. In this study, we designed a dual-epitope vaccine targeting both the fusion peptide (FP) and the V2 apex and evaluated its capacity to induce bNAbs against both epitopes in rhesus macaques. This vaccine combined an FP conjugate with a cocktail of engineered Env trimers with enhanced V2 apex recognition and increased antigen retention in lymph nodes. Macaque immunization with the dual-epitope vaccine elicited >1,000-fold higher autologous tier 2-neutralizing titers than wild-type Env trimers and enhanced heterologous neutralization. Both FP- and V2 apex-monoclonal antibodies were isolated from immunized macaques and showed heterologous neutralization with genetic and structural signatures similar to well-characterized FP and V2 apex bNAbs. These results demonstrate proof of concept for simultaneous vaccine elicitation of neutralizing antibodies against multiple sites of Env vulnerability.
履歴
登録2025年7月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月17日-
マップ公開2025年12月17日-
更新2026年2月18日-
現状2026年2月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_71781.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_71781.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 432 pix.
= 356.4 Å		0.83 Å/pix.
x 432 pix.
= 356.4 Å		0.83 Å/pix.
x 432 pix.
= 356.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0259
最小 - 最大-0.145197 - 0.36928993
平均 (標準偏差)0.00013951071 (±0.008590148)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ432432432
Spacing432432432
セルA=B=C: 356.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_71781_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_71781_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HIV-1 Env 459C-WT RnS DS-SOSIP

全体名称: HIV-1 Env 459C-WT RnS DS-SOSIP
要素
  • 複合体: HIV-1 Env 459C-WT RnS DS-SOSIP
    • タンパク質・ペプチド: 459C-WT RnS DS-SOSIP gp120
    • タンパク質・ペプチド: 459C-WT RnS DS-SOSIP gp41
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: HIV-1 Env 459C-WT RnS DS-SOSIP

超分子名称: HIV-1 Env 459C-WT RnS DS-SOSIP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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分子 #1: 459C-WT RnS DS-SOSIP gp120

分子名称: 459C-WT RnS DS-SOSIP gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 54.848867 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GNLWVTVYYG VPVWREAKTT LFCASDAKAY DREVHNVWAT HACVPTDPNP QEIVLENVTE NFNMWKNDMV DQMHEDIISL WDQSLKPCV KLTPLCVTLN CTNVTSSAAN VTSNVTNDAN NASNANGRNV INEDMKNCSF NATTEIRDRK KEMYALFYKL D IVPLDGEK ...文字列:
GNLWVTVYYG VPVWREAKTT LFCASDAKAY DREVHNVWAT HACVPTDPNP QEIVLENVTE NFNMWKNDMV DQMHEDIISL WDQSLKPCV KLTPLCVTLN CTNVTSSAAN VTSNVTNDAN NASNANGRNV INEDMKNCSF NATTEIRDRK KEMYALFYKL D IVPLDGEK SDNRYRLINC NTSTITQACP KVSFDPIPIH YCTPAGFAIL KCNNKTFNGT GPCNNVSTVQ CTHGIKPVVS TQ LLLNGSL AEEDIIIRSE NLTNNAKTII VHLNESVEIV CTRPNNMTRK SIRIGPGQTF YALNDIIGDI RQAHCNISEE KWN NTLHRV WKKLVEHFPN KTTIRFDRHS GGDLEITTHS FNCGGEFFYC NTSGLFNITY NSNYTYNDTK HNGTKVITLP CRIK QIINM WQEVGRAMYA PPIAGNITCT SNITGLLLTR DGGNNSTETE TFRPGGGDMR DNWRSELYKY KVVEIKPLGI APTGC KRRV VER

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分子 #2: 459C-WT RnS DS-SOSIP gp41

分子名称: 459C-WT RnS DS-SOSIP gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 17.164449 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AVGIGAVFLG FLGAAGSTMG AASNTLTVQA RQLLSGIVQQ QSNLPKAPEA QQHLLQLTVW GIKQLQTRVL AIERYLEVQQ LLGLWGCSG KLICCTAVPW NSSWSNKSET EIWNNMTWMQ WDREINNYTN TIYRLLEESQ FQQEINEVDL LALD

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分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 9 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: PBS + 0.005% (w/v) DDM
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 58.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8fr6

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.33 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1) / 使用した粒子像数: 207797
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: UCSF ChimeraX (ver. 1.9)
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9pq2:
Cryo-EM structure of HIV-1 459C-WT DS-SOSIP RnS Env trimer

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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