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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7173 | |||||||||||||||
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タイトル | Single-Molecule 3D Image of DNA Origami Bennett Linkage by Individual Particle Electron Tomography (No. 042) | |||||||||||||||
マップデータ | Single-Molecule 3D Image of DNA Origami Bennett Linkage by Individual Particle Electron Tomography (No. 042) | |||||||||||||||
試料 |
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生物種 | Escherichia virus M13 (ウイルス) / synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 70.2 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Lei D / Marras A / Liu J / Huang C / Zhou L / Castro C / Su H / Ren G | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: Three-dimensional structural dynamics of DNA origami Bennett linkages using individual-particle electron tomography. 著者: Dongsheng Lei / Alexander E Marras / Jianfang Liu / Chao-Min Huang / Lifeng Zhou / Carlos E Castro / Hai-Jun Su / Gang Ren / 要旨: Scaffolded DNA origami has proven to be a powerful and efficient technique to fabricate functional nanomachines by programming the folding of a single-stranded DNA template strand into three- ...Scaffolded DNA origami has proven to be a powerful and efficient technique to fabricate functional nanomachines by programming the folding of a single-stranded DNA template strand into three-dimensional (3D) nanostructures, designed to be precisely motion-controlled. Although two-dimensional (2D) imaging of DNA nanomachines using transmission electron microscopy and atomic force microscopy suggested these nanomachines are dynamic in 3D, geometric analysis based on 2D imaging was insufficient to uncover the exact motion in 3D. Here we use the individual-particle electron tomography method and reconstruct 129 density maps from 129 individual DNA origami Bennett linkage mechanisms at ~ 6-14 nm resolution. The statistical analyses of these conformations lead to understanding the 3D structural dynamics of Bennett linkage mechanisms. Moreover, our effort provides experimental verification of a theoretical kinematics model of DNA origami, which can be used as feedback to improve the design and control of motion via optimized DNA sequences and routing. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7173.map.gz | 24.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7173-v30.xml emd-7173.xml | 11.8 KB 11.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_7173_fsc.xml | 6.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_7173.png | 25.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7173 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7173 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_7173_validation.pdf.gz | 78.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_7173_full_validation.pdf.gz | 77.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_7173_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7173 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7173 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7155C 7156C 7157C 7158C 7159C 7160C 7161C 7162C 7163C 7164C 7165C 7166C 7167C 7168C 7169C 7170C 7171C 7172C 7174C 7175C 7176C 7177C 7178C 7179C 7180C 7181C 7182C 7183C 7184C 7185C 7186C 7187C 7188C 7189C 7190C 7191C 7192C 7193C 7194C 7195C 7196C 7197C 7198C 7199C 7200C 7201C 7202C 7203C 7204C 7205C 7206C 7207C 7208C 7209C 7210C 7211C 7212C 7213C 7214C 7215C 7216C 7217C 7218C 7219C 7220C 7221C 7222C 7223C 7224C 7225C 7226C 7227C 7228C 7229C 7230C 7231C 7232C 7233C 7234C 7235C 7236C 7237C 7238C 7239C 7240C 7241C 7242C 7243C 7244C 7245C 7246C 7247C 7248C 7249C 7250C 7251C 7252C 7253C 7254C 7255C 7256C 7257C 7258C 7259C 7260C 7261C 7262C 7263C 7264C 7265C 7266C 7267C 7268C 7269C 7270C 7271C 7272C 7273C 7274C 7275C 7276C 7277C 7278C 7279C 7280C 7281C 7282C 7283C 7284C 7285C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7173.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Single-Molecule 3D Image of DNA Origami Bennett Linkage by Individual Particle Electron Tomography (No. 042) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : DNA origami Bennett linkage
全体 | 名称: DNA origami Bennett linkage |
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要素 |
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-超分子 #1: DNA origami Bennett linkage
超分子 | 名称: DNA origami Bennett linkage / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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-超分子 #2: M13 phage genome segment
超分子 | 名称: M13 phage genome segment / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-超分子 #3: Synthetic DNA oligonucleotides
超分子 | 名称: Synthetic DNA oligonucleotides / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: Tris-Borate-EDTA (TBE) buffer containing 11 mM MgCl2 |
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate 詳細: The grid was washed twice by 1% (w/v) uranyl formate |
グリッド | 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP |
詳細 | DNA origami Bennett linkage was diluted to ~2 nM with Tris-Borate-EDTA (TBE) buffer containing 11 mM MgCl2 |
切片作成 | その他: NO SECTIONING |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | ZEISS LIBRA120PLUS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均電子線量: 1.92 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN CT3500 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |