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- EMDB-7150: Apoferritin with 0.5 mM TCEP on a carbon nanowire grid plunged wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7150
タイトルApoferritin with 0.5 mM TCEP on a carbon nanowire grid plunged with Spotiton
マップデータTomogram of apoferritin with 0.5 mM TCEP single particle
試料
  • 複合体: Apoferritin with 0.5 mM TCEP
生物種unidentified (未定義)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Noble AN / Dandey VP / Wei H / Brasch J / Chase J / Acharya P / Tan Y / Zhang Z / Kim LY / Scapin G ...Noble AN / Dandey VP / Wei H / Brasch J / Chase J / Acharya P / Tan Y / Zhang Z / Kim LY / Scapin G / Rapp M / Eng ET / Rice WJ / Cheng A / Negro CJ / Shapiro L / Kwong PD / Jeruzalmi D / des Georges A / Potter CS / Carragher B
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Routine single particle CryoEM sample and grid characterization by tomography.
著者: Alex J Noble / Venkata P Dandey / Hui Wei / Julia Brasch / Jillian Chase / Priyamvada Acharya / Yong Zi Tan / Zhening Zhang / Laura Y Kim / Giovanna Scapin / Micah Rapp / Edward T Eng / ...著者: Alex J Noble / Venkata P Dandey / Hui Wei / Julia Brasch / Jillian Chase / Priyamvada Acharya / Yong Zi Tan / Zhening Zhang / Laura Y Kim / Giovanna Scapin / Micah Rapp / Edward T Eng / William J Rice / Anchi Cheng / Carl J Negro / Lawrence Shapiro / Peter D Kwong / David Jeruzalmi / Amedee des Georges / Clinton S Potter / Bridget Carragher /
要旨: Single particle cryo-electron microscopy (cryoEM) is often performed under the assumption that particles are not adsorbed to the air-water interfaces and in thin, vitreous ice. In this study, we ...Single particle cryo-electron microscopy (cryoEM) is often performed under the assumption that particles are not adsorbed to the air-water interfaces and in thin, vitreous ice. In this study, we performed fiducial-less tomography on over 50 different cryoEM grid/sample preparations to determine the particle distribution within the ice and the overall geometry of the ice in grid holes. Surprisingly, by studying particles in holes in 3D from over 1000 tomograms, we have determined that the vast majority of particles (approximately 90%) are adsorbed to an air-water interface. The implications of this observation are wide-ranging, with potential ramifications regarding protein denaturation, conformational change, and preferred orientation. We also show that fiducial-less cryo-electron tomography on single particle grids may be used to determine ice thickness, optimal single particle collection areas and strategies, particle heterogeneity, and de novo models for template picking and single particle alignment.
履歴
登録2017年12月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年12月20日-
マップ公開2017年12月20日-
更新2018年6月13日-
現状2018年6月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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ムービー
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添付画像

emd_7150.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7150.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.8 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Tomogram of apoferritin with 0.5 mM TCEP single particle
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1 Å/pix.
x 348 pix.
= 348. Å		1 Å/pix.
x 1328 pix.
= 1328. Å		1 Å/pix.
x 1040 pix.
= 1040. Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-0.18283987 - 0.1085308
平均 (標準偏差)0.022898672 (±0.0065201637)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin00-348
サイズ13281040348
Spacing10401328348
セルA: 1040.0 Å / B: 1328.0 Å / C: 348.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z111
M x/y/z10401328348
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1040.0001328.000348.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS00-348
NC/NR/NS10401328348
D min/max/mean-0.1830.1090.023

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Apoferritin with 0.5 mM TCEP

全体名称: Apoferritin with 0.5 mM TCEP
要素
  • 複合体: Apoferritin with 0.5 mM TCEP

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超分子 #1: Apoferritin with 0.5 mM TCEP

超分子名称: Apoferritin with 0.5 mM TCEP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Tomography on single particle sample
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

凍結凍結剤: ETHANE / 詳細: Spotiton.
切片作成その他: NO SECTIONING

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k)
検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 2.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Appion-Protomo fiducial-less tilt-series alignment
最終 再構成アルゴリズム: SIMULTANEOUS ITERATIVE (SIRT) / ソフトウェア - 名称: TOMO3D / 詳細: Saxton scheme / 使用した粒子像数: 33

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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