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万見
- EMDB-71423: EGFR-KDD with compound2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-71423
タイトルEGFR-KDD with compound2
マップデータ
試料
  • 複合体: EGFR-KDD and compound 2
    • タンパク質・ペプチド: Epidermal growth factor receptor
  • リガンド: 3-(furan-2-yl)-N-[5-(furan-2-yl)-2-methoxyphenyl]-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine
キーワードReceptor tyrosine kinases / epidermal growth factor receptor / growth factor signaling / dimerization / ONCOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


multivesicular body, internal vesicle lumen / negative regulation of cardiocyte differentiation / Shc-EGFR complex / positive regulation of protein kinase C signaling / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / epidermal growth factor receptor activity / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / epidermal growth factor binding / response to UV-A ...multivesicular body, internal vesicle lumen / negative regulation of cardiocyte differentiation / Shc-EGFR complex / positive regulation of protein kinase C signaling / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / epidermal growth factor receptor activity / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / epidermal growth factor binding / response to UV-A / PLCG1 events in ERBB2 signaling / ERBB2-EGFR signaling pathway / morphogenesis of an epithelial fold / PTK6 promotes HIF1A stabilization / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / digestive tract morphogenesis / Signaling by EGFR / intracellular vesicle / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / eyelid development in camera-type eye / cerebral cortex cell migration / protein insertion into membrane / ERBB2 Regulates Cell Motility / protein tyrosine kinase activator activity / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / Signaling by ERBB4 / PI3K events in ERBB2 signaling / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / hair follicle development / MAP kinase kinase kinase activity / GAB1 signalosome / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / embryonic placenta development / salivary gland morphogenesis / Signaling by ERBB2 / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / EGFR Transactivation by Gastrin / GRB2 events in ERBB2 signaling / ossification / SHC1 events in ERBB2 signaling / basal plasma membrane / positive regulation of DNA repair / cellular response to epidermal growth factor stimulus / positive regulation of DNA replication / epithelial cell proliferation / positive regulation of epithelial cell proliferation / Signal transduction by L1 / positive regulation of protein localization to plasma membrane / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / cellular response to amino acid stimulus / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cellular response to estradiol stimulus / EGFR downregulation / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / Constitutive Signaling by EGFRvIII / cell-cell adhesion / receptor protein-tyrosine kinase / Signaling by ERBB2 ECD mutants / negative regulation of protein catabolic process / Signaling by ERBB2 KD Mutants / positive regulation of miRNA transcription / kinase binding / ruffle membrane / Downregulation of ERBB2 signaling / epidermal growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of protein phosphorylation / positive regulation of fibroblast proliferation / cell morphogenesis / neuron differentiation / HCMV Early Events / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / actin filament binding / cell junction / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / PIP3 activates AKT signaling / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants / Clathrin-mediated endocytosis / virus receptor activity / ATPase binding / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / positive regulation of cell growth / double-stranded DNA binding / protein tyrosine kinase activity / early endosome membrane / protein phosphatase binding / nuclear membrane / basolateral plasma membrane / learning or memory / cell surface receptor signaling pathway / Extra-nuclear estrogen signaling / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade
類似検索 - 分子機能
: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain ...: / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / : / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Epidermal growth factor receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.27 Å
データ登録者Long H / Zaritza OP / Mark AL
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35-GM122485 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01-CA198164 米国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)P50-DE030707 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: EGFR-KDD with compound2
著者: Long H / Zaritza OP / Mark AL
履歴
登録2025年6月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月19日-
マップ公開2025年11月19日-
更新2025年11月19日-
現状2025年11月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_71423.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_71423.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 249.6 Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 249.6 Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 249.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.0016856851 - 2.7732763
平均 (標準偏差)0.00072786934 (±0.021356657)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 249.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_71423_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_71423_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : EGFR-KDD and compound 2

全体名称: EGFR-KDD and compound 2
要素
  • 複合体: EGFR-KDD and compound 2
    • タンパク質・ペプチド: Epidermal growth factor receptor
  • リガンド: 3-(furan-2-yl)-N-[5-(furan-2-yl)-2-methoxyphenyl]-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine

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超分子 #1: EGFR-KDD and compound 2

超分子名称: EGFR-KDD and compound 2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: epidermal growth factor receptor kinase domain duplicated and compound 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Epidermal growth factor receptor

分子名称: Epidermal growth factor receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: receptor protein-tyrosine kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 77.137133 KDa
組換発現生物種: Insect BA phytoplasma (バクテリア)
配列文字列: GEAPNQALLR ILKETEFKKI KVLGSGAFGT VYKGLWIPEG EKVKIPVAIK ELREATSPKA NKEILDEAYV MASVDNPHVC RLLGICLTS TVQLITQLMP FGCLLDYVRE HKDNIGSQYL LNWCVQIAKG MNYLEDRRLV HRDLAARNVL VKTPQHVKIT D FGLAKLLG ...文字列:
GEAPNQALLR ILKETEFKKI KVLGSGAFGT VYKGLWIPEG EKVKIPVAIK ELREATSPKA NKEILDEAYV MASVDNPHVC RLLGICLTS TVQLITQLMP FGCLLDYVRE HKDNIGSQYL LNWCVQIAKG MNYLEDRRLV HRDLAARNVL VKTPQHVKIT D FGLAKLLG AEEKEYHAEG GKVPIKWMAL ESILHRIYTH QSDVWSYGVT VWELMTFGSK PYDGIPASEI SSILEKGERL PQ PPICTID VYMIMVKCWM IDADSRPKFR ELIIEFSKMA RDPQRYLVIQ GDERMHLPSP TDSNFYRALM DEEDMDDVVD ADE YLIPQQ GFFSSPSTSR TPLLSSLLVE PLTPSGEAPN QALLRILKET EFKKIKVLGS GAFGTVYKGL WIPEGEKVKI PVAI KELRE ATSPKANKEI LDEAYVMASV DNPHVCRLLG ICLTSTVQLI TQLMPFGCLL DYVREHKDNI GSQYLLNWCV QIAKG MNYL EDRRLVHRDL AARNVLVKTP QHVKITDFGL AKLLGAEEKE YHAEGGKVPI KWMALESILH RIYTHQSDVW SYGVTV WEL MTFGSKPYDG IPASEISSIL EKGERLPQPP ICTIDVYMIM VKCWMIDADS RPKFRELIIE FSKMARDPQR YLVIQGD ER MHLPSPTDSN FYRALMDEED MDDVVDADEY LIPQQG

UniProtKB: Epidermal growth factor receptor, Epidermal growth factor receptor

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分子 #2: 3-(furan-2-yl)-N-[5-(furan-2-yl)-2-methoxyphenyl]-1H-pyrazolo[3,4...

分子名称: 3-(furan-2-yl)-N-[5-(furan-2-yl)-2-methoxyphenyl]-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: 6JS
分子量理論値: 373.365 Da
Chemical component information

ChemComp-6JS:
3-(furan-2-yl)-N-[5-(furan-2-yl)-2-methoxyphenyl]-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 16778798
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3) / タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.27 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3) / 使用した粒子像数: 337652
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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