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万見
- EMDB-7131: Chromatin-modifying complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7131
タイトルChromatin-modifying complex
マップデータStructure of the Saccharomyces cerevisiae NuA4 histone acetyltransferase complex
試料
  • 複合体: Chromatin-modifying complex
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 26.5 Å
データ登録者Setiaputra DT / Dalwadi U / Yip CK
引用ジャーナル: Mol Cell Biol / 年: 2018
タイトル: Molecular Architecture of the Essential Yeast Histone Acetyltransferase Complex NuA4 Redefines Its Multimodularity.
著者: Dheva Setiaputra / Salar Ahmad / Udit Dalwadi / Anne-Lise Steunou / Shan Lu / James D Ross / Meng-Qiu Dong / Jacques Côté / Calvin K Yip /
要旨: Conserved from yeast to humans, the NuA4 histone acetyltransferase is a large multisubunit complex essential for cell viability through the regulation of gene expression, genome maintenance, ...Conserved from yeast to humans, the NuA4 histone acetyltransferase is a large multisubunit complex essential for cell viability through the regulation of gene expression, genome maintenance, metabolism, and cell fate during development and stress. How the different NuA4 subunits work in concert with one another to perform these diverse functions remains unclear, and addressing this central question requires a comprehensive understanding of NuA4's molecular architecture and subunit organization. We have determined the structure of fully assembled native yeast NuA4 by single-particle electron microscopy. Our data revealed that NuA4 adopts a trilobal overall architecture, with each of the three lobes constituted by one or two functional modules. By performing cross-linking coupled to mass spectrometry analysis and protein interaction studies, we further mapped novel intermolecular interfaces within NuA4. Finally, we combined these new data with other known structural information of NuA4 subunits and subassemblies to construct a multiscale model to illustrate how the different NuA4 subunits and modules are spatially arranged. This model shows that the multiple chromatin reader domains are clustered together around the catalytic core, suggesting that NuA4's multimodular architecture enables it to engage in multivalent interactions with its nucleosome substrate.
履歴
登録2017年11月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年1月31日-
マップ公開2018年12月19日-
更新2019年7月3日-
現状2019年7月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0532
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0532
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7131.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7131.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of the Saccharomyces cerevisiae NuA4 histone acetyltransferase complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
7 Å/pix.
x 72 pix.
= 504. Å		7 Å/pix.
x 72 pix.
= 504. Å		7 Å/pix.
x 72 pix.
= 504. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 7 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0532 / ムービー #1: 0.0532
最小 - 最大-0.18335663 - 0.24313597
平均 (標準偏差)-0.0014149046 (±0.017195124)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ727272
Spacing727272
セルA=B=C: 504.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z777
M x/y/z727272
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z504.000504.000504.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ480480480
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS727272
D min/max/mean-0.1830.243-0.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Chromatin-modifying complex

全体名称: Chromatin-modifying complex
要素
  • 複合体: Chromatin-modifying complex

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超分子 #1: Chromatin-modifying complex

超分子名称: Chromatin-modifying complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ1991 / 細胞中の位置: Nucleus
分子量理論値: 1 MDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
350.0 mMNaClSodium chloride
40.0 mMC8H18N2O4SHEPES
20.0 %C3H8O3Glycerol
2.0 mMMg(CH3COO)2Magnesium acetate
0.02 %C5H8O2Glutaraldehyde
0.1 %C32H58N2O7SCHAPS
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl formate
詳細: Negatively-stained EM specimens were prepared by uranyl formate staining on continuous carbon-overlaid copper grids.
グリッドモデル: Ted Pella / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: FORMVAR / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa
詳細Complexes were purified from yeast via affinity purification for a FLAG-tagged subunit. Purified complexes were subjected to glycerol gradient ultracentrifugation, fractionated, and analyzed by negative-stain electron microscopy.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 1365 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 1365 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 251 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 49000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 26402
詳細: A subset of 200 particles were picked manually using the RELION software and used to generate reference-free 2D class averages. Representative class averages were used as templates for ...詳細: A subset of 200 particles were picked manually using the RELION software and used to generate reference-free 2D class averages. Representative class averages were used as templates for automatic picking using RELION.
CTF補正ソフトウェア:
名称詳細
CTFFIND (ver. 3)CTFFIND3 was used to fit CTFs to raw micrographs using the SPIDER interface.
SPIDER (ver. 22.10)SPIDER was used to phase flip images for CTF correction.

詳細: CTFs of raw images were determined using CTFFIND3 and the images were phase-flipped using the SPIDER image suite.
初期モデルモデルのタイプ: RANDOM CONICAL TILT / Random conical tilt - Tilt angle: 60 degrees
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 26.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2) / 使用した粒子像数: 7976
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: EMAN (ver. 2.12)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
Projection matching processing - Number reference projections: 3072
Projection matching processing - Angular sampling: 1.875 degrees
ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2)
ソフトウェア - 詳細: RCT model was used as starting model for 3D classification and refinement using untilted dataset.
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 5791 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2)
ソフトウェア - 詳細: RCT model was used as starting model for 3D classification using untilted dataset.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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