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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7131 | |||||||||
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タイトル | Chromatin-modifying complex | |||||||||
マップデータ | Structure of the Saccharomyces cerevisiae NuA4 histone acetyltransferase complex | |||||||||
試料 |
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生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 26.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Setiaputra DT / Dalwadi U / Yip CK | |||||||||
引用 | ジャーナル: Mol Cell Biol / 年: 2018 タイトル: Molecular Architecture of the Essential Yeast Histone Acetyltransferase Complex NuA4 Redefines Its Multimodularity. 著者: Dheva Setiaputra / Salar Ahmad / Udit Dalwadi / Anne-Lise Steunou / Shan Lu / James D Ross / Meng-Qiu Dong / Jacques Côté / Calvin K Yip / 要旨: Conserved from yeast to humans, the NuA4 histone acetyltransferase is a large multisubunit complex essential for cell viability through the regulation of gene expression, genome maintenance, ...Conserved from yeast to humans, the NuA4 histone acetyltransferase is a large multisubunit complex essential for cell viability through the regulation of gene expression, genome maintenance, metabolism, and cell fate during development and stress. How the different NuA4 subunits work in concert with one another to perform these diverse functions remains unclear, and addressing this central question requires a comprehensive understanding of NuA4's molecular architecture and subunit organization. We have determined the structure of fully assembled native yeast NuA4 by single-particle electron microscopy. Our data revealed that NuA4 adopts a trilobal overall architecture, with each of the three lobes constituted by one or two functional modules. By performing cross-linking coupled to mass spectrometry analysis and protein interaction studies, we further mapped novel intermolecular interfaces within NuA4. Finally, we combined these new data with other known structural information of NuA4 subunits and subassemblies to construct a multiscale model to illustrate how the different NuA4 subunits and modules are spatially arranged. This model shows that the multiple chromatin reader domains are clustered together around the catalytic core, suggesting that NuA4's multimodular architecture enables it to engage in multivalent interactions with its nucleosome substrate. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7131.map.gz | 1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7131-v30.xml emd-7131.xml | 14.6 KB 14.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_7131.png | 32.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7131 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7131 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_7131_validation.pdf.gz | 78.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_7131_full_validation.pdf.gz | 77.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_7131_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7131 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7131 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7131.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Structure of the Saccharomyces cerevisiae NuA4 histone acetyltransferase complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 7 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Chromatin-modifying complex
全体 | 名称: Chromatin-modifying complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Chromatin-modifying complex
超分子 | 名称: Chromatin-modifying complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BJ1991 / 細胞中の位置: Nucleus |
分子量 | 理論値: 1 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl formate 詳細: Negatively-stained EM specimens were prepared by uranyl formate staining on continuous carbon-overlaid copper grids. | |||||||||||||||||||||
グリッド | モデル: Ted Pella / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: FORMVAR / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa | |||||||||||||||||||||
詳細 | Complexes were purified from yeast via affinity purification for a FLAG-tagged subunit. Purified complexes were subjected to glycerol gradient ultracentrifugation, fractionated, and analyzed by negative-stain electron microscopy. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI SPIRIT |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 1365 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 1365 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 251 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 25.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 49000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company |