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- EMDB-71259: Andes virus glycoprotein tetramer in complex with ADI-65534 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-71259
タイトルAndes virus glycoprotein tetramer in complex with ADI-65534 Fab
マップデータ
試料
  • 複合体: In situ Andes virus glycoprotein tetramer bound to ADI-65534 Fab
    • タンパク質・ペプチド: ADI-65534 variable heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: ADI-65534 variable light chain
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein N
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein C
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードGn/Gc / tetramer / hantavirus / prefusion / antibody / neutralizing / quaternary epitope / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / host cell surface / host cell endoplasmic reticulum membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / host cell surface / host cell endoplasmic reticulum membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / signal transduction / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Hantavirus glycoprotein Gn / ITAM motif, hantavirus type / Envelope glycoprotein precursor, Hantavirus / : / Hantavirus glycoprotein Gn, head / Hantavirus ITAM motif / Hantavirus glycoprotein Gn, base / ITAM motif hantavirus type profile. / Hantavirus glycoprotein Gc / : ...Hantavirus glycoprotein Gn / ITAM motif, hantavirus type / Envelope glycoprotein precursor, Hantavirus / : / Hantavirus glycoprotein Gn, head / Hantavirus ITAM motif / Hantavirus glycoprotein Gn, base / ITAM motif hantavirus type profile. / Hantavirus glycoprotein Gc / : / Hantavirus glycoprotein Gc, N-terminal / Hantavirus glycoprotein Gc, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelopment polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Orthohantavirus andesense (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者McFadden E / Guo L / McLellan JS
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI181977 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19 AI142777 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: High-resolution in situ structures of hantavirus glycoprotein tetramers.
著者: Luqiang Guo / Elizabeth McFadden / Megan M Slough / E Taylor Stone / Jacob Berrigan / Eva Mittler / Kiara Hatzakis / Troy Hinkley / Heather S Kain / Zunlong Ke / Nikole L Warner / Jesse H ...著者: Luqiang Guo / Elizabeth McFadden / Megan M Slough / E Taylor Stone / Jacob Berrigan / Eva Mittler / Kiara Hatzakis / Troy Hinkley / Heather S Kain / Zunlong Ke / Nikole L Warner / Jesse H Erasmus / Kartik Chandran / Jason S McLellan /
要旨: New World hantaviruses cause severe infections in humans, with case fatality rates approaching 40%. Previous structural studies have advanced our understanding of hantavirus glycoprotein architecture ...New World hantaviruses cause severe infections in humans, with case fatality rates approaching 40%. Previous structural studies have advanced our understanding of hantavirus glycoprotein architecture and function, however, the lack of high-resolution in situ structures of the glycoprotein tetramer and its lattice organization has limited mechanistic insights into viral assembly, entry, and antigenicity. Here, we leveraged a virus-like particle (VLP) system to establish a cryo-electron microscopy workflow for lattice-forming viral glycoproteins. This enabled the determination of a 2.35 Å resolution structure of the membrane-embedded Andes virus (ANDV) glycoprotein tetramer, as well as structures of dimers of tetramers and a complex with antibody ADI-65534. These structures reveal previously uncharacterized features of glycoprotein organization, stability, and pH-sensing. Immunization of mice with self-amplifying replicon RNA (repRNA) encoding ANDV-VLPs elicited high levels of glycoprotein-binding antibodies but equivalent titers of neutralizing antibodies compared to repRNA-encoded native ANDV glycoprotein complex. Collectively, these findings advance our understanding of hantavirus glycoprotein assemblies and their function, laying a foundation for structure-based vaccine design efforts.
履歴
登録2025年6月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月30日-
マップ公開2025年7月30日-
更新2025年7月30日-
現状2025年7月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_71259.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_71259.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 385.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 398 pix.
= 331.136 Å		0.83 Å/pix.
x 504 pix.
= 419.328 Å		0.83 Å/pix.
x 504 pix.
= 419.328 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.8
最小 - 最大-0.07211552 - 17.549617999999999
平均 (標準偏差)0.04709617 (±0.5682209)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-59-60-11
サイズ504504398
Spacing504504398
セルA: 419.328 Å / B: 419.328 Å / C: 331.13602 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : In situ Andes virus glycoprotein tetramer bound to ADI-65534 Fab

全体名称: In situ Andes virus glycoprotein tetramer bound to ADI-65534 Fab
要素
  • 複合体: In situ Andes virus glycoprotein tetramer bound to ADI-65534 Fab
    • タンパク質・ペプチド: ADI-65534 variable heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: ADI-65534 variable light chain
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein N
    • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein C
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: In situ Andes virus glycoprotein tetramer bound to ADI-65534 Fab

超分子名称: In situ Andes virus glycoprotein tetramer bound to ADI-65534 Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Orthohantavirus andesense (ウイルス)

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分子 #1: ADI-65534 variable heavy chain

分子名称: ADI-65534 variable heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.043771 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QVQLVESGGG VVQPGRSLRL SCAASGFEFS SYAMHWVRQA PGKGLEWVAV TWFDVSKKDY ADSVKGRFTI SRDNSKNTLY LQMNSLRAE DTAVYYCARN LIRYSVSYFP VHGMDVWGQG TTVTVSS

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分子 #2: ADI-65534 variable light chain

分子名称: ADI-65534 variable light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.028531 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
DIVMTQSPLS LPVTPGEPAS ISCRSSQSLL HTYGYNVLDW YLQRPGQSPQ LLISLGSYRA SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRVEAEDVG VYYCMQALHP FTFGGGTKVE IK

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分子 #3: Glycoprotein N

分子名称: Glycoprotein N / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Orthohantavirus andesense (ウイルス)
分子量理論値: 72.192648 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MEGWYLVVLG VCYTLTLAMP KTIYELKMEC PHTVGLGQGY IIGSTELGLI SIEAASDIKL ESSCNFDLHT TSMAQKSFTQ VEWRKKSDT TDTTNAASTT FEAQTKTVNL RGTCILAPEL YDTLKKVKKT VLCYDLTCNQ THCQPTVYLI APVLTCMSIR S CMASVFTS ...文字列:
MEGWYLVVLG VCYTLTLAMP KTIYELKMEC PHTVGLGQGY IIGSTELGLI SIEAASDIKL ESSCNFDLHT TSMAQKSFTQ VEWRKKSDT TDTTNAASTT FEAQTKTVNL RGTCILAPEL YDTLKKVKKT VLCYDLTCNQ THCQPTVYLI APVLTCMSIR S CMASVFTS RIQVIYEKTH CVTGQLIEGQ CFNPAHTLTL SQPAHTYDTV TLPISCFFTP KKSEQLKVIK TFEGILTKTG CT ENALQGY YVCFLGSHSE PLIVPSLEDI RSAEVVSRML VHPRGEDHDA IQNSQSHLRI VGPITAKVPS TSSTDTLKGT AFA GVPMYS SLSTLVRNAD PEFVFSPGIV PESNHSTCDK KTVPITWTGY LPISGEMEKV TGCTVFCTLA GPGASCEAYS ENGI FNISS PTCLVNKVQR FRGSEQKINF ICQRVDQDVV VYCNGQKKVI LTKTLVIGQC IYTFTSLFSL MPDVAHSLAV ELCVP GLHG WATVMLLSTF CFGWVLIPAV TLIILKCLRV LTFSCSHYTN ESKFKFILEK KKIEYQKTMG SMVCDVCHHE CETAKE LES HRQSCINGQC PYCMTITEAT ESALQAHYSI CKLTGRFQEA LKKSLKKPEV KKGCYRTLGV FRYKSRCYVG LVWCLLL TC EIVIWAASA

UniProtKB: Envelopment polyprotein

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分子 #4: Glycoprotein C

分子名称: Glycoprotein C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Orthohantavirus andesense (ウイルス)
分子量理論値: 66.793562 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ETPLMESGWS DTAHGVGEIP MKTDLELDFS LPSSSSYSYR RKLTNPANKE ESIPFHFQME KQVIHAEIQP LGHWMDATFN IKTAFHCYG ACQKYSYPWQ TSKCFFEKDY QYETGWGCNP GDCPGVGTGC TACGVYLDKL KSVGKAYKII SLKYTRKVCI Q LGTEQTCK ...文字列:
ETPLMESGWS DTAHGVGEIP MKTDLELDFS LPSSSSYSYR RKLTNPANKE ESIPFHFQME KQVIHAEIQP LGHWMDATFN IKTAFHCYG ACQKYSYPWQ TSKCFFEKDY QYETGWGCNP GDCPGVGTGC TACGVYLDKL KSVGKAYKII SLKYTRKVCI Q LGTEQTCK HIDANDCLVT PSVKVCIVGT VSKLQPSDTL LFLGPLEQGG IILKQWCTTS CAFGDPGDIM STPSGMRCPE HT GSFRKIC GFATTPVCEY QGNTISGYKR MMATKDSFQS FNLTEPHITT NKLEWIDPDG NTRDHVNLVL NRDVSFQDLS DNP CKVDLH TQAIEGAWGS GVGFTLTCTV GLTECPSFMT SIKACDLAMC YGSTVTNLAR GSNTVKVVGK GGHSGSSFKC CHDT DCSSE GLLASAPHLE RVTGFNQIDS DKVYDDGAPP CTFKCWFTKL GEWLLGILNG NWIVVVVLVV ILILSIIMFS VLCPR RGHK KTVGSGSALP GNPDHREMGE TLPEEVGEYR QPSGGSVPVS PGPPSGLEPT SSSPYGGGSF NSSINNIHEM EIQLKD ALE KNQQWLVYDQ QREVYVKGLL AKIFELEKKT ETAAGGGSHH HHHHHH

UniProtKB: Envelopment polyprotein

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 4 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 12483
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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