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- EMDB-71241: High-resolution in situ ANDV single tetramer structure -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-71241
タイトルHigh-resolution in situ ANDV single tetramer structure
マップデータ
試料
  • 複合体: ANDV Gn-Gc heterotetramer in a membrane enviroment
    • 複合体: Gn
      • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein N
    • 複合体: Gc
      • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein C
  • リガンド: water
キーワードhantavirus / ANDV / viral glycoprotein / tetramer / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / host cell surface / host cell endoplasmic reticulum membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / host cell surface / host cell endoplasmic reticulum membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / signal transduction / zinc ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Hantavirus glycoprotein Gn / ITAM motif, hantavirus type / Envelope glycoprotein precursor, Hantavirus / : / Hantavirus glycoprotein Gn, head / Hantavirus ITAM motif / Hantavirus glycoprotein Gn, base / ITAM motif hantavirus type profile. / Hantavirus glycoprotein Gc / : ...Hantavirus glycoprotein Gn / ITAM motif, hantavirus type / Envelope glycoprotein precursor, Hantavirus / : / Hantavirus glycoprotein Gn, head / Hantavirus ITAM motif / Hantavirus glycoprotein Gn, base / ITAM motif hantavirus type profile. / Hantavirus glycoprotein Gc / : / Hantavirus glycoprotein Gc, N-terminal / Hantavirus glycoprotein Gc, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelopment polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Orthohantavirus andesense (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Luqiang G / McLellan JS
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: High-resolution in situ structures of hantavirus glycoprotein tetramers.
著者: Luqiang Guo / Elizabeth McFadden / Megan M Slough / E Taylor Stone / Jacob Berrigan / Eva Mittler / Kiara Hatzakis / Troy Hinkley / Heather S Kain / Zunlong Ke / Nikole L Warner / Jesse H ...著者: Luqiang Guo / Elizabeth McFadden / Megan M Slough / E Taylor Stone / Jacob Berrigan / Eva Mittler / Kiara Hatzakis / Troy Hinkley / Heather S Kain / Zunlong Ke / Nikole L Warner / Jesse H Erasmus / Kartik Chandran / Jason S McLellan /
要旨: New World hantaviruses cause severe infections in humans, with case fatality rates approaching 40%. Previous structural studies have advanced our understanding of hantavirus glycoprotein architecture ...New World hantaviruses cause severe infections in humans, with case fatality rates approaching 40%. Previous structural studies have advanced our understanding of hantavirus glycoprotein architecture and function, however, the lack of high-resolution in situ structures of the glycoprotein tetramer and its lattice organization has limited mechanistic insights into viral assembly, entry, and antigenicity. Here, we leveraged a virus-like particle (VLP) system to establish a cryo-electron microscopy workflow for lattice-forming viral glycoproteins. This enabled the determination of a 2.35 Å resolution structure of the membrane-embedded Andes virus (ANDV) glycoprotein tetramer, as well as structures of dimers of tetramers and a complex with antibody ADI-65534. These structures reveal previously uncharacterized features of glycoprotein organization, stability, and pH-sensing. Immunization of mice with self-amplifying replicon RNA (repRNA) encoding ANDV-VLPs elicited high levels of glycoprotein-binding antibodies but equivalent titers of neutralizing antibodies compared to repRNA-encoded native ANDV glycoprotein complex. Collectively, these findings advance our understanding of hantavirus glycoprotein assemblies and their function, laying a foundation for structure-based vaccine design efforts.
履歴
登録2025年6月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月30日-
マップ公開2025年7月30日-
更新2025年7月30日-
現状2025年7月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_71241.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_71241.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 448 pix.
= 372.736 Å		0.83 Å/pix.
x 448 pix.
= 372.736 Å		0.83 Å/pix.
x 448 pix.
= 372.736 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.06366452 - 0.18976977
平均 (標準偏差)0.0006003547 (±0.0071433163)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 372.73602 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_71241_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_71241_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ANDV Gn-Gc heterotetramer in a membrane enviroment

全体名称: ANDV Gn-Gc heterotetramer in a membrane enviroment
要素
  • 複合体: ANDV Gn-Gc heterotetramer in a membrane enviroment
    • 複合体: Gn
      • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein N
    • 複合体: Gc
      • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein C
  • リガンド: water

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超分子 #1: ANDV Gn-Gc heterotetramer in a membrane enviroment

超分子名称: ANDV Gn-Gc heterotetramer in a membrane enviroment / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Orthohantavirus andesense (ウイルス)

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超分子 #2: Gn

超分子名称: Gn / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 / 詳細: Gn ectodomain and two Gn transmembrane domains
由来(天然)生物種: Orthohantavirus andesense (ウイルス)

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超分子 #3: Gc

超分子名称: Gc / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 / 詳細: Gc ectodomain and transmembrane domain
由来(天然)生物種: Orthohantavirus andesense (ウイルス)

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分子 #1: Glycoprotein N

分子名称: Glycoprotein N / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Orthohantavirus andesense (ウイルス)
分子量理論値: 72.192648 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MEGWYLVVLG VCYTLTLAMP KTIYELKMEC PHTVGLGQGY IIGSTELGLI SIEAASDIKL ESSCNFDLHT TSMAQKSFTQ VEWRKKSDT TDTTNAASTT FEAQTKTVNL RGTCILAPEL YDTLKKVKKT VLCYDLTCNQ THCQPTVYLI APVLTCMSIR S CMASVFTS ...文字列:
MEGWYLVVLG VCYTLTLAMP KTIYELKMEC PHTVGLGQGY IIGSTELGLI SIEAASDIKL ESSCNFDLHT TSMAQKSFTQ VEWRKKSDT TDTTNAASTT FEAQTKTVNL RGTCILAPEL YDTLKKVKKT VLCYDLTCNQ THCQPTVYLI APVLTCMSIR S CMASVFTS RIQVIYEKTH CVTGQLIEGQ CFNPAHTLTL SQPAHTYDTV TLPISCFFTP KKSEQLKVIK TFEGILTKTG CT ENALQGY YVCFLGSHSE PLIVPSLEDI RSAEVVSRML VHPRGEDHDA IQNSQSHLRI VGPITAKVPS TSSTDTLKGT AFA GVPMYS SLSTLVRNAD PEFVFSPGIV PESNHSTCDK KTVPITWTGY LPISGEMEKV TGCTVFCTLA GPGASCEAYS ENGI FNISS PTCLVNKVQR FRGSEQKINF ICQRVDQDVV VYCNGQKKVI LTKTLVIGQC IYTFTSLFSL MPDVAHSLAV ELCVP GLHG WATVMLLSTF CFGWVLIPAV TLIILKCLRV LTFSCSHYTN ESKFKFILEK KKIEYQKTMG SMVCDVCHHE CETAKE LES HRQSCINGQC PYCMTITEAT ESALQAHYSI CKLTGRFQEA LKKSLKKPEV KKGCYRTLGV FRYKSRCYVG LVWCLLL TC EIVIWAASA

UniProtKB: Envelopment polyprotein

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分子 #2: Glycoprotein C

分子名称: Glycoprotein C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Orthohantavirus andesense (ウイルス)
分子量理論値: 58.843688 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ETPLMESGWS DTAHGVGEIP MKTDLELDFS LPSSSSYSYR RKLTNPANKE ESIPFHFQME KQVIHAEIQP LGHWMDATFN IKTAFHCYG ACQKYSYPWQ TSKCFFEKDY QYETGWGCNP GDCPGVGTGC TACGVYLDKL KSVGKAYKII SLKYTRKVCI Q LGTEQTCK ...文字列:
ETPLMESGWS DTAHGVGEIP MKTDLELDFS LPSSSSYSYR RKLTNPANKE ESIPFHFQME KQVIHAEIQP LGHWMDATFN IKTAFHCYG ACQKYSYPWQ TSKCFFEKDY QYETGWGCNP GDCPGVGTGC TACGVYLDKL KSVGKAYKII SLKYTRKVCI Q LGTEQTCK HIDANDCLVT PSVKVCIVGT VSKLQPSDTL LFLGPLEQGG IILKQWCTTS CAFGDPGDIM STPSGMRCPE HT GSFRKIC GFATTPVCEY QGNTISGYKR MMATKDSFQS FNLTEPHITT NKLEWIDPDG NTRDHVNLVL NRDVSFQDLS DNP CKVDLH TQAIEGAWGS GVGFTLTCTV GLTECPSFMT SIKACDLAMC YGSTVTNLAR GSNTVKVVGK GGHSGSSFKC CHDT DCSSE GLLASAPHLE RVTGFNQIDS DKVYDDGAPP CTFKCWFTKL GEWLLGILNG NWIVVVVLVV ILILSIIMFS VLCPR RGHK KTVGSLEVLF QGPGHHHHHH HHSAWSHPQF EKGGGSGGGG SGGSAWSHPQ FEK

UniProtKB: Envelopment polyprotein

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分子 #7: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 452 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.2) / 使用した粒子像数: 253514
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9p3i:
High-resolution in situ ANDV single tetramer structure

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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