EMDB-70987: CryoEM structure of hook from Shewanella oneidensis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-70987

タイトル

CryoEM structure of hook from Shewanella oneidensis

マップデータ

CryoEM structure of the hook from Shewanella oneidensis. The above primary density map was upsampled from a pixel size of 1.1 A to 1.0 A and flipped to the correct handedness.

試料

複合体: Hook

キーワード

Hook / Shewanella oneidensis / STRUCTURAL PROTEIN

生物種

Shewanella oneidensis MR-1 (バクテリア)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.18 Å

データ登録者

Lou Q / Fan HC / Liu Y / Miller JF / Huang Y / Zhou ZH

資金援助

米国, 4件

Organization	Grant number	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM071940	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	1S10OD018111	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	DBI-1338135	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	DMR-1548924	米国

引用

ジャーナル: Acs Nano / 年: 2025
タイトル: Curvature Generation and Engineering Principles from Shewanella oneidensis Multi-flagellin Flagellum
著者: Lou Q / Fan H / Liu Y / Miller JF / Huang Y / Zhou ZH

履歴

登録	2025年6月3日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年7月16日	-
マップ公開	2025年7月16日	-
更新	2025年7月16日	-
現状	2025年7月16日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_70987.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_70987.map.gz	369.6 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-70987-v30.xml emd-70987.xml	12.6 KB 12.6 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_70987.png	139 KB
Filedesc metadata	emd-70987.cif.gz	4 KB
その他	emd_70987_half_map_1.map.gz emd_70987_half_map_2.map.gz	335.7 MB 335.7 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-70987 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-70987	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_70987_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_70987_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	emd_70987_validation.xml.gz	17.6 KB	表示
CIF形式データ	emd_70987_validation.cif.gz	19.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-70987 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-70987	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	70983C 70984C 70985C 70986C 9oxjC 9oxkC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_70987.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 479.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

CryoEM structure of the hook from Shewanella oneidensis. The above primary density map was upsampled from a pixel size of 1.1 A to 1.0 A and flipped to the correct handedness.

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1 Å/pix. x 501 pix. = 501. Å	1 Å/pix. x 501 pix. = 501. Å	1 Å/pix. x 501 pix. = 501. Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 3.5
最小 - 最大	-0.1848857 - 12.984534
平均 (標準偏差)	0.12355841 (±0.7596379)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: Half Map B

ファイル

emd_70987_half_map_1.map

注釈

Half Map B

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half Map A

ファイル

emd_70987_half_map_2.map

注釈

Half Map A

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Hook

全体	名称: Hook
要素	複合体: Hook

-
超分子 #1: Hook

超分子	名称: Hook / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Shewanella oneidensis MR-1 (バクテリア)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	filament

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.4
凍結	凍結剤: ETHANE-PROPANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデル	モデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 14363
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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