PDB-9oxj: CryoEM structure of FlaA filament from Shewanella oneidensis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9oxj

タイトル

CryoEM structure of FlaA filament from Shewanella oneidensis

要素

Flagellin

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / FlaA filament

機能・相同性

機能・相同性情報

bacterial-type flagellum / structural molecule activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Shewanella oneidensis MR-1 (バクテリア)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Qing, L. / Fan, H.C. / Liu, Y. / Miller, J.F. / Huang, Y. / Zhou, Z.H.

資金援助

米国, 4件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM071940	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	1S10OD018111	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	DBI-1338135	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	DMR-1548924	米国

引用

ジャーナル: Acs Nano / 年: 2025
タイトル: Curvature Generation and Engineering Principles from Shewanella oneidensis Multi-flagellin Flagellum
著者: Lou, Q. / Fan, H. / Liu, Y. / Miller, J.F. / Huang, Y. / Zhou, Z.H.

履歴

登録	2025年6月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9oxj.cif.gz	1.8 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9oxj.ent.gz	1.5 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9oxj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9oxj_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9oxj_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	9oxj_validation.xml.gz	269.6 KB	表示
CIF形式データ	9oxj_validation.cif.gz	379.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/9oxj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/9oxj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	70985MC 70983C 70984C 70986C 70987C 9oxkC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Flagellin

B: Flagellin

C: Flagellin

D: Flagellin

E: Flagellin

F: Flagellin

G: Flagellin

H: Flagellin

I: Flagellin

J: Flagellin

K: Flagellin

L: Flagellin

M: Flagellin

N: Flagellin

O: Flagellin

P: Flagellin

Q: Flagellin

R: Flagellin

S: Flagellin

T: Flagellin

U: Flagellin

V: Flagellin

W: Flagellin

X: Flagellin

Y: Flagellin

Z: Flagellin

a: Flagellin

b: Flagellin

c: Flagellin

d: Flagellin

e: Flagellin

f: Flagellin

g: Flagellin

h: Flagellin

i: Flagellin

j: Flagellin

k: Flagellin

l: Flagellin

m: Flagellin

n: Flagellin

o: Flagellin

p: Flagellin

q: Flagellin

r: Flagellin

s: Flagellin

1.29 MDa, 45 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	... Flagellin 分子量: 28569.881 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Shewanella oneidensis MR-1 (バクテリア) 参照: UniProt: Q8ECA5
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: FlaA filament / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量	実験値: NO
由来(天然)	生物種: Shewanella oneidensis MR-1 (バクテリア)
緩衝液	pH: 7.4
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE-PROPANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: TFS KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影	電子線照射量: 60 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア	名称: RELION / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成	解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 4596 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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