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- EMDB-70822: Consensus Map of PI4KA/TTC7B/FAM126A/F3IN Nanobody -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-70822
タイトルConsensus Map of PI4KA/TTC7B/FAM126A/F3IN Nanobody
マップデータConsensus Map - Half Map B
試料
  • 複合体: Dimer of heterotetramers of PI4KA,TTC7B,FAM126A, and EFR3 interfering nanobody (F3IN)
    • 複合体: PI4KA,TTC7B,FAM126A complex
    • 複合体: EFR3 interfering nanobody (F3IN)
キーワードPI4KA / TTC7B / FAM126A / Nanobody / Complex / SIGNALING PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.54 Å
データ登録者Shaw AL / Suresh S / Yip CK / Burke JE
資金援助 カナダ, 4件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-195808 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-168907 カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2018-03951 カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)AWD-007855 カナダ
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2025
タイトル: Development of an inhibitory TTC7B selective nanobody that blocks EFR3 recruitment of PI4KA.
著者: Sushant Suresh / Alexandria L Shaw / Damilola K Akintola / Martine Lunke / Sophia Doerr / Pooja Rohilla / Tamas Balla / Calvin K Yip / Scott D Hansen / Jennifer A Cobb / John E Burke /
要旨: Phosphatidylinositol 4 kinase IIIα (PI4KIIIα/PI4KA) is an essential lipid kinase that plays a critical role in regulating plasma membrane identity. PI4KA is primarily recruited to the plasma ...Phosphatidylinositol 4 kinase IIIα (PI4KIIIα/PI4KA) is an essential lipid kinase that plays a critical role in regulating plasma membrane identity. PI4KA is primarily recruited to the plasma membrane through the targeted recruitment by the proteins, EFR3A and EFR3B, which bind to the PI4KA accessory proteins TTC7 (TTC7A/B) and FAM126 (FAM126A/B). Here we characterised how both EFR3 isoforms interact with all possible TTC7-FAM126 combinations and developed a nanobody that specifically blocked EFR3-mediated PI4KA recruitment in TTC7B containing complexes. Most EFR3-TTC7-FAM126 combinations show similar binding affinities, with the exception of EFR3A-TTC7B-FAM126A, which binds with a ∼10-fold higher affinity. Moreover, we showed that EFR3B phosphorylation markedly decreased binding to TTC7-FAM126. Using a yeast display approach, we isolated a TTC7B selective nanobody that blocked EFR3 binding. Cryo-electron microscopy and hydrogen deuterium exchange mass spectrometry showed an extended interface with both PI4KA and TTC7B that sterically blocks EFR3 binding. The nanobody caused decreased membrane recruitment both on lipid bilayers and in cells, with decreased PM production of PI4P. Collectively, these findings provide new insights into PI4KA regulation and provide a tool for manipulating PI4KA complexes, that may be valuable for therapeutic targeting.
履歴
登録2025年5月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月3日-
マップ公開2025年12月3日-
更新2025年12月3日-
現状2025年12月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_70822.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_70822.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 669.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Consensus Map - Half Map B
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.77 Å/pix.
x 560 pix.
= 431.2 Å		0.77 Å/pix.
x 560 pix.
= 431.2 Å		0.77 Å/pix.
x 560 pix.
= 431.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.77 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0378
最小 - 最大-0.08269155 - 0.1825909
平均 (標準偏差)0.00020324824 (±0.0050988076)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ560560560
Spacing560560560
セルA=B=C: 431.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Consensus Map

ファイルemd_70822_half_map_1.map
注釈Consensus Map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Consensus Map - Half Map A

ファイルemd_70822_half_map_2.map
注釈Consensus Map - Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Dimer of heterotetramers of PI4KA,TTC7B,FAM126A, and EFR3 interfe...

全体名称: Dimer of heterotetramers of PI4KA,TTC7B,FAM126A, and EFR3 interfering nanobody (F3IN)
要素
  • 複合体: Dimer of heterotetramers of PI4KA,TTC7B,FAM126A, and EFR3 interfering nanobody (F3IN)
    • 複合体: PI4KA,TTC7B,FAM126A complex
    • 複合体: EFR3 interfering nanobody (F3IN)

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超分子 #1: Dimer of heterotetramers of PI4KA,TTC7B,FAM126A, and EFR3 interfe...

超分子名称: Dimer of heterotetramers of PI4KA,TTC7B,FAM126A, and EFR3 interfering nanobody (F3IN)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
分子量理論値: 767 KDa

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超分子 #2: PI4KA,TTC7B,FAM126A complex

超分子名称: PI4KA,TTC7B,FAM126A complex / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: EFR3 interfering nanobody (F3IN)

超分子名称: EFR3 interfering nanobody (F3IN) / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.75 mg/mL
緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC3H4N2Imidazole
150.0 mMNaClSodium Chloride
5.0 %C3H8O3Glycerol
0.5 mMTris(2-carboxyethyl)phosphine
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot force -5, blot time 1.5 s..
詳細Gel filtration buffer, filtered through 0.22um filter and degassed. 0.75mg/ml of PI4KA with 3 fold molar excess F3IN Nanobody, with 0.25 mM BS3 crosslinker.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 14026 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 165000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.2) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: PI4KA complex map without F3IN lowpass filtered to 20 Angstroms
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.2) / 使用した粒子像数: 282982
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain詳細

9bax

source_name: PDB, initial_model_type: experimental modelexcluding chain C and H
source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico modelNanobody F3IN

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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