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万見
- EMDB-70793: Human antibody Fab MPV498 bound to hMPV B2 post-fusion F -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-70793
タイトルHuman antibody Fab MPV498 bound to hMPV B2 post-fusion F
マップデータMPV458-B2postF
試料
  • 複合体: MPV498 Fab bound to hMPV B2 post-fusion F protein
    • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0
    • タンパク質・ペプチド: MPV498 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: MPV498 Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: water
キーワードhMPV / Human respiratory disease / cryoem / human metapneumovirus / IMMUNE SYSTEM / ANTIVIRAL PROTEIN
機能・相同性Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / Fusion glycoprotein F0
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト) / human metapneumovirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Ghazi Esfahani B / Mousa J / Khalil AM
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI143865 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human metapneumovirus-specific antibodies isolated from infected children target diverse epitopes and have prophylactic efficacy in mice
著者: Khalil AM / Ghazi Esfahani B / Mousa J
履歴
登録2025年5月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月3日-
マップ公開2025年9月3日-
更新2025年9月3日-
現状2025年9月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_70793.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_70793.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈MPV458-B2postF
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.79 Å/pix.
x 420 pix.
= 331.8 Å		0.79 Å/pix.
x 420 pix.
= 331.8 Å		0.79 Å/pix.
x 420 pix.
= 331.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.79 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.7
最小 - 最大-2.6458654 - 3.5832722
平均 (標準偏差)-0.0009465618 (±0.07553149)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 331.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_70793_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_70793_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_70793_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : MPV498 Fab bound to hMPV B2 post-fusion F protein

全体名称: MPV498 Fab bound to hMPV B2 post-fusion F protein
要素
  • 複合体: MPV498 Fab bound to hMPV B2 post-fusion F protein
    • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0
    • タンパク質・ペプチド: MPV498 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: MPV498 Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: water

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超分子 #1: MPV498 Fab bound to hMPV B2 post-fusion F protein

超分子名称: MPV498 Fab bound to hMPV B2 post-fusion F protein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 421 KDa

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分子 #1: Fusion glycoprotein F0

分子名称: Fusion glycoprotein F0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: human metapneumovirus (ウイルス)
分子量理論値: 50.664488 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: LKESYLEESC STITEGYLSV LRTGWYTNVF TLEVGDVENL TCTDGPSLIK TELDLTKSAL RELKTVSADQ LAREEQIENP RQSRFVLGA IALGVATAAA VTAGIAIAKT IRLESEVNAI KGALKTTNEA VSTLGNGVRV LATAVRELKE FVSKNLTSAI N KNKCDIAD ...文字列:
LKESYLEESC STITEGYLSV LRTGWYTNVF TLEVGDVENL TCTDGPSLIK TELDLTKSAL RELKTVSADQ LAREEQIENP RQSRFVLGA IALGVATAAA VTAGIAIAKT IRLESEVNAI KGALKTTNEA VSTLGNGVRV LATAVRELKE FVSKNLTSAI N KNKCDIAD LKMAVSFSQF NRRFLNVVRQ FSDNAGITPA ISLDLMTDAE LARAVSYMPT SAGQIKLMLE NRAMVRRKGF GI LIGVYGS SVIYMVQLPI FGVIDTPCWI IKAAPSCSEK DGNYACLLRE DQGWYCKNAG STVYYPNEKD CETRGDHVFC DTA AGINVA EQSRECNINI STTNYPCKVS TGRHPISMVA LSPLGALVAC YKGVSCSIGS NRVGIIKQLP KGCSYITNQD ADTV TIDNT VYQLSKVEGE QHVIKGRPVS SSFDPIRFPE DQFNVALDQV FESIENSQAL VDQSNKILNS

UniProtKB: Fusion glycoprotein F0

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分子 #2: MPV498 Fab heavy chain

分子名称: MPV498 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.434042 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QVQLQESGPG LVKPSETLSL TCTVSGGSIS SYYWSWIRQP AGKGLEWIGR IYTSGNTNYN PSLKSRVTMS LDTSKNQVSL KLSSVTAAD TAVYYCARSR VATTPVGLRD WLDPWGQGTL VTVSS

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分子 #3: MPV498 Fab light chain

分子名称: MPV498 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.810029 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
TPSLSASVGD RVTITCRASQ SISSYLNWYQ QKPGKAPKLL IYAASSLQSG VPSRFSGSGS GTDFTLTISS LQPEDFATYY CQQSYSTPL FFGQGTKLEI K

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 9 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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分子 #5: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 12 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON APOLLO (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7m0i

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.61 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 111000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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