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- EMDB-70748: Rabbit muscle aldolase from mixed sample prepared with Mix-it-up -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-70748
タイトルRabbit muscle aldolase from mixed sample prepared with Mix-it-up
マップデータSharpened
試料
  • 複合体: Rabbit muscle aldolase
    • タンパク質・ペプチド: Rabbit muscle aldolase
キーワードaldolase / lyase
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Alexandrescu L / Lander GC
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)1F31NS136003-01 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM154216 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM143805 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: "Mix-it-up": Accessible time-resolved cryo-EM on the millisecond timescale
著者: Alexandrescu L / Lander GC
履歴
登録2025年5月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月4日-
マップ公開2025年6月4日-
更新2025年6月4日-
現状2025年6月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_70748.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_70748.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.94 Å/pix.
x 200 pix.
= 188. Å		0.94 Å/pix.
x 200 pix.
= 188. Å		0.94 Å/pix.
x 200 pix.
= 188. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.94 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.102
最小 - 最大-2.028838 - 2.460906
平均 (標準偏差)0.0002462091 (±0.07686887)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 188.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_70748_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Unsharpened

ファイルemd_70748_additional_1.map
注釈Unsharpened
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_70748_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_70748_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Rabbit muscle aldolase

全体名称: Rabbit muscle aldolase
要素
  • 複合体: Rabbit muscle aldolase
    • タンパク質・ペプチド: Rabbit muscle aldolase

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超分子 #1: Rabbit muscle aldolase

超分子名称: Rabbit muscle aldolase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Lypholized
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 149.04 KDa

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分子 #1: Rabbit muscle aldolase

分子名称: Rabbit muscle aldolase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Fructose-bisphosphate aldolase / 光学異性体: LEVO / EC番号: fructose-bisphosphate aldolase
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
配列文字列: HSHPALTPEQ KKELSDIAHR IVAPGKGILA ADESTGSIAK RLQSIGTENT EENRRFYRQL LLTADDRVNP CIGGVILFHE TLYQKADDGR PFPQVIKSKG GVVGIKVDKG VVPLAGTNGE TTTQGLDGLS ERCAQYKKDG ADFAKWRCVL KIGEHTPSAL AIMENANVLA ...文字列:
HSHPALTPEQ KKELSDIAHR IVAPGKGILA ADESTGSIAK RLQSIGTENT EENRRFYRQL LLTADDRVNP CIGGVILFHE TLYQKADDGR PFPQVIKSKG GVVGIKVDKG VVPLAGTNGE TTTQGLDGLS ERCAQYKKDG ADFAKWRCVL KIGEHTPSAL AIMENANVLA RYASICQQNG IVPIVEPEIL PDGDHDLKRC QYVTEKVLAA VYKALSDHHI YLEGTLLKPN MVTPGHACTQ KYSHEEIAMA TVTALRRTVP PAVTGVTFLS GGQSEEEASI NLNAINKCPL LKPWALTFSY GRALQASALK AWGGKKENLK AAQEEYVKRA LANSLACQGK YTP

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
50.0 mMNaClSodium chloride
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 35 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 14 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 23.998 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 68 % / チャンバー内温度: 296 K
詳細: Vitrification at room temperature, ambient humidity, using specialized electrospray device, "Mix-it-Up".

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
温度最低: 70.0 K / 最高: 77.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1673 / 平均露光時間: 4.22 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 30.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3.483 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.1 µm / 倍率（補正後）: 148936 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 150000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1185327
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.6.2) / タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称)
アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.6.2) / 使用した粒子像数: 185420
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.6.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.6.2)
最終 3次元分類クラス数: 50 / 平均メンバー数/クラス: 14712 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.6.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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