EMDB-70726: Structure of the sweet receptor in the apo state

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-70726

タイトル

Structure of the sweet receptor in the apo state

マップデータ

Structure of the sweet receptor in the apo state

試料

複合体: Human TAS1R2 and mouse TAS1R3 sweet receptor in the apo state

キーワード

Membrane protein / GPCR / apo state / SIGNALING PROTEIN

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.07 Å

データ登録者

Wang H / Chen X / Dai Y / Lee CH

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the sweet receptor in the apo state
著者: Wang H / Chen X / Dai Y / Lee CH

履歴

登録	2025年5月20日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年9月3日	-
マップ公開	2025年9月3日	-
更新	2025年9月3日	-
現状	2025年9月3日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

添付画像	emd_70726.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_70726.map.gz	49.8 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-70726-v30.xml emd-70726.xml	12.9 KB 12.9 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_70726.png	47.9 KB
Filedesc metadata	emd-70726.cif.gz	3.8 KB
その他	emd_70726_half_map_1.map.gz emd_70726_half_map_2.map.gz	49 MB 49 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-70726 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-70726	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_70726_validation.pdf.gz	756 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_70726_full_validation.pdf.gz	755.5 KB	表示
XML形式データ	emd_70726_validation.xml.gz	11.9 KB	表示
CIF形式データ	emd_70726_validation.cif.gz	14.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-70726 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-70726	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	70730C 9opyC C: 同じ文献を引用 (文献)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_70726.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

注釈

Structure of the sweet receptor in the apo state

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.3 Å/pix. x 240 pix. = 311.52 Å	1.3 Å/pix. x 240 pix. = 311.52 Å	1.3 Å/pix. x 240 pix. = 311.52 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.298 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.559
最小 - 最大	-5.831264 - 7.5227585
平均 (標準偏差)	0.0052222395 (±0.114921086)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: Half Map A

ファイル

emd_70726_half_map_1.map

注釈

Half Map A

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_70726_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Human TAS1R2 and mouse TAS1R3 sweet receptor in the apo state

全体	名称: Human TAS1R2 and mouse TAS1R3 sweet receptor in the apo state
要素	複合体: Human TAS1R2 and mouse TAS1R3 sweet receptor in the apo state

-
超分子 #1: Human TAS1R2 and mouse TAS1R3 sweet receptor in the apo state

超分子	名称: Human TAS1R2 and mouse TAS1R3 sweet receptor in the apo state タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	TFS KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.6 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大デフォーカス（公称値）: 2.1 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.1 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデル	モデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.07 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 422847
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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