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- EMDB-7058: Structure of TRPV5 in complex with econazole -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7058
タイトルStructure of TRPV5 in complex with econazole
マップデータTRPV5 in complex with econazole
試料
  • 複合体: Full-length TRPV5 in complex with econazole
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 5
  • リガンド: 1-[(2R)-2-[(4-chlorobenzyl)oxy]-2-(2,4-dichlorophenyl)ethyl]-1H-imidazole
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードTRPV5 / Econazole / Transient Receptor Potential Channel / Cryo-EM / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of urine volume / calcium ion import across plasma membrane / calcium ion homeostasis / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / calcium ion transport / protein homotetramerization / calmodulin binding / apical plasma membrane / identical protein binding ...regulation of urine volume / calcium ion import across plasma membrane / calcium ion homeostasis / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / calcium ion transport / protein homotetramerization / calmodulin binding / apical plasma membrane / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 5 / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 5/6 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily ...Transient receptor potential cation channel subfamily V member 5 / Transient receptor potential cation channel subfamily V member 5/6 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 5
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å
データ登録者Hughes TET / Lodowski DT
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)NIGMS 1R01GM103899-01A1 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2018
タイトル: Structural basis of TRPV5 channel inhibition by econazole revealed by cryo-EM.
著者: Taylor E T Hughes / David T Lodowski / Kevin W Huynh / Aysenur Yazici / John Del Rosario / Abhijeet Kapoor / Sandip Basak / Amrita Samanta / Xu Han / Sudha Chakrapani / Z Hong Zhou / Marta ...著者: Taylor E T Hughes / David T Lodowski / Kevin W Huynh / Aysenur Yazici / John Del Rosario / Abhijeet Kapoor / Sandip Basak / Amrita Samanta / Xu Han / Sudha Chakrapani / Z Hong Zhou / Marta Filizola / Tibor Rohacs / Seungil Han / Vera Y Moiseenkova-Bell /
要旨: The transient receptor potential vanilloid 5 (TRPV5) channel is a member of the transient receptor potential (TRP) channel family, which is highly selective for Ca, that is present primarily at the ...The transient receptor potential vanilloid 5 (TRPV5) channel is a member of the transient receptor potential (TRP) channel family, which is highly selective for Ca, that is present primarily at the apical membrane of distal tubule epithelial cells in the kidney and plays a key role in Ca reabsorption. Here we present the structure of the full-length rabbit TRPV5 channel as determined using cryo-EM in complex with its inhibitor econazole. This structure reveals that econazole resides in a hydrophobic pocket analogous to that occupied by phosphatidylinositides and vanilloids in TRPV1, thus suggesting conserved mechanisms for ligand recognition and lipid binding among TRPV channels. The econazole-bound TRPV5 structure adopts a closed conformation with a distinct lower gate that occludes Ca permeation through the channel. Structural comparisons between TRPV5 and other TRPV channels, complemented with molecular dynamics (MD) simulations of the econazole-bound TRPV5 structure, allowed us to gain mechanistic insight into TRPV5 channel inhibition by small molecules.
履歴
登録2017年9月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年11月8日-
マップ公開2017年12月27日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6b5v
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7058.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7058.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈TRPV5 in complex with econazole
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 192 pix.
= 211.2 Å		1.1 Å/pix.
x 192 pix.
= 211.2 Å		1.1 Å/pix.
x 192 pix.
= 211.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.07627523 - 0.13983618
平均 (標準偏差)0.0016641174 (±0.008344924)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-192-1920
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 211.20001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.11.11.1
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z211.200211.200211.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-192-1920
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-0.0760.1400.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Full-length TRPV5 in complex with econazole

全体名称: Full-length TRPV5 in complex with econazole
要素
  • 複合体: Full-length TRPV5 in complex with econazole
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 5
  • リガンド: 1-[(2R)-2-[(4-chlorobenzyl)oxy]-2-(2,4-dichlorophenyl)ethyl]-1H-imidazole
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: Full-length TRPV5 in complex with econazole

超分子名称: Full-length TRPV5 in complex with econazole / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

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分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 5

分子名称: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
分子量理論値: 82.899656 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MGACPPKAKG PWAQLQKLLI SWPVGEQDWE QYRDRVNMLQ QERIRDSPLL QAAKENDLRL LKILLLNQSC DFQQRGAVGE TALHVAALY DNLEAATLLM EAAPELAKEP ALCEPFVGQT ALHIAVMNQN LNLVRALLAR GASVSARATG AAFRRSPHNL I YYGEHPLS ...文字列:
MGACPPKAKG PWAQLQKLLI SWPVGEQDWE QYRDRVNMLQ QERIRDSPLL QAAKENDLRL LKILLLNQSC DFQQRGAVGE TALHVAALY DNLEAATLLM EAAPELAKEP ALCEPFVGQT ALHIAVMNQN LNLVRALLAR GASVSARATG AAFRRSPHNL I YYGEHPLS FAACVGSEEI VRLLIEHGAD IRAQDSLGNT VLHILILQPN KTFACQMYNL LLSYDEHSDH LQSLELVPNH QG LTPFKLA GVEGNTVMFQ HLMQKRKHVQ WTCGPLTSTL YDLTEIDSWG EELSFLELVV SSKKREARQI LEQTPVKELV SFK WKKYGR PYFCVLASLY ILYMICFTTC CIYRPLKLRD DNRTDPRDIT ILQQKLLQEA YVTHQDNIRL VGELVTVTGA VIIL LLEIP DIFRVGASRY FGQTILGGPF HVIIITYASL VLLTMVMRLT NMNGEVVPLS FALVLGWCSV MYFARGFQML GPFTI MIQK MIFGDLMRFC WLMAVVILGF ASAFHITFQT EDPNNLGEFS DYPTALFSTF ELFLTIIDGP ANYSVDLPFM YCITYA AFA IIATLLMLNL FIAMMGDTHW RVAQERDELW RAQVVATTVM LERKMPRFLW PRSGICGYEY GLGDRWFLRV ENHHDQN PL RVLRYVEAFK CSDKEDGQEQ LSEKRPSTVE SGMLSRASVA FQTPSLSRTT SQSSNSHRGW EILRRNTLGH LNLGLDLG E GDGEEVYHF

UniProtKB: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 5

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分子 #2: 1-[(2R)-2-[(4-chlorobenzyl)oxy]-2-(2,4-dichlorophenyl)ethyl]-1H-i...

分子名称: 1-[(2R)-2-[(4-chlorobenzyl)oxy]-2-(2,4-dichlorophenyl)ethyl]-1H-imidazole
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: ECL
分子量理論値: 381.684 Da
Chemical component information

ChemComp-ECL:
1-[(2R)-2-[(4-chlorobenzyl)oxy]-2-(2,4-dichlorophenyl)ethyl]-1H-imidazole / 1-[(βR)-β-(4-クロロベンジルオキシ)-2,4-ジクロロフェネチル]-1H-イミダゾ-ル

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分子 #3: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClSodium Chloride
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
0.064 mMC43H80O22DMNG
2.0 mMC9H15O6PTCEP
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 実像数: 3313 / 平均露光時間: 0.2 sec. / 平均電子線量: 2.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 45455
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 925927
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

6580

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 50566
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6b5v:
Structure of TRPV5 in complex with econazole

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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