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- EMDB-70484: Cryo-EM structure of the assembled MS2 CPM58 VLP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-70484
タイトルCryo-EM structure of the assembled MS2 CPM58 VLP
マップデータ
試料
  • ウイルス: Escherichia phage MS2 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: MS2 CPM58
キーワードbacteriophage / circular permutation / virus like particle
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of viral translation / T=3 icosahedral viral capsid / regulation of translation / structural molecule activity / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Levivirus coat protein / Levivirus coat protein / Bacteriophage RNA-type, capsid
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia phage MS2 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Liang S / Jung J / Tullman-Ercek D
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)CBET-2043973. 米国
引用ジャーナル: ACS Nano / 年: 2025
タイトル: Synthetic Rewiring of Virus-like Particles via Circular Permutation Enables Modular Peptide Display and Protein Encapsulation.
著者: Shiqi Liang / Kaavya Butaney / Daniel de Castro Assumpção / James Jung / Nolan W Kennedy / Danielle Tullman-Ercek /
要旨: Virus-like particles (VLPs) are self-assembling nanoparticles derived from viruses with the potential as scaffolds for myriad applications. They are also excellent testbeds for engineering protein ...Virus-like particles (VLPs) are self-assembling nanoparticles derived from viruses with the potential as scaffolds for myriad applications. They are also excellent testbeds for engineering protein superstructures. Engineers often employ techniques such as amino acid substitutions and insertions/deletions. Yet evolution also utilizes circular permutation, a powerful natural strategy that has not been fully explored in engineering self-assembling protein nanoparticles. Here, we demonstrate this technique using the MS2 VLP as a model self-assembling proteinaceous nanoparticle. We constructed a comprehensive circular permutation library of the fused MS2 coat protein dimer construct. The strategy revealed terminal locations, validated via cryo-electron microscopy, that enabled C-terminal peptide tagging and led to a protein encapsulation strategy via covalent bonding - a feature the native coat protein does not permit. Our systematic study demonstrates the power of circular permutation for engineering features as well as quantitatively and systematically exploring VLP structural determinants.
履歴
登録2025年5月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月5日-
マップ公開2025年11月5日-
更新2025年11月26日-
現状2025年11月26日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_70484.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_70484.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.89 Å/pix.
x 512 pix.
= 457.728 Å		0.89 Å/pix.
x 512 pix.
= 457.728 Å		0.89 Å/pix.
x 512 pix.
= 457.728 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.894 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.25
最小 - 最大-1.9632446 - 2.6391625
平均 (標準偏差)0.005894183 (±0.0953204)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 457.728 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_70484_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_70484_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Escherichia phage MS2

全体名称: Escherichia phage MS2 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Escherichia phage MS2 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: MS2 CPM58

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超分子 #1: Escherichia phage MS2

超分子名称: Escherichia phage MS2 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 12022 / 生物種: Escherichia phage MS2 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
分子量理論値: 2.4696 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: CPM58 VLP / 直径: 300.0 Å / T番号(三角分割数): 3

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分子 #1: MS2 CPM58

分子名称: MS2 CPM58 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage MS2 (ファージ)
分子量理論値: 27.458957 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: YTIKVEVPKV ATQTVGGVEL PVAAWRSYLN MELTIPIFAT NSDCELIVKA MQGLLKDGNP IPSAIAANSG IYASNFTQFV LVDNGGTGD VTVAPSNFAN GVAEWISSNS RSQAYKVTCS VRQSSAQNRK YTIKVEVPKV ATQTVGGVEL PVAAWRSYLN M ELTIPIFA ...文字列:
YTIKVEVPKV ATQTVGGVEL PVAAWRSYLN MELTIPIFAT NSDCELIVKA MQGLLKDGNP IPSAIAANSG IYASNFTQFV LVDNGGTGD VTVAPSNFAN GVAEWISSNS RSQAYKVTCS VRQSSAQNRK YTIKVEVPKV ATQTVGGVEL PVAAWRSYLN M ELTIPIFA TNSDCELIVK AMQGLLKDGN PIPSAIAANS GIYASNFTQF VLVDNGGTGD VTVAPSNFAN GVAEWISSNS RS QAYKVTC SVRQSSAQNR K

UniProtKB: Capsid protein, Capsid protein, Capsid protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 288 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
温度最低: 77.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5849 / 平均露光時間: 5.33 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 20.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 539975
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.2) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.62 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.2) / 使用した粒子像数: 109941
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.2)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.6.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1zdi


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9oh5:
Cryo-EM structure of the assembled MS2 CPM58 VLP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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