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万見
- EMDB-70350: Human MPC1-2 Complex IMS-open -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-70350
タイトルHuman MPC1-2 Complex IMS-open
マップデータ
試料
  • 複合体: MPC1-2
    • タンパク質・ペプチド: human MPC1
    • タンパク質・ペプチド: Human MPC2
キーワードMEMBRANE PROTEIN
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.77 Å
データ登録者Qi X / Sun Y / Wang Y
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR230054 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structure of human mitochondrial pyruvate carrier MPC1 and MPC2 complex.
著者: Yingyuan Sun / Yaru Wang / Zheng Xing / Dongyu Li / Rong Wang / Baozhi Chen / Ning Zhou / Alyssa Ayala / Benjamin P Tu / Xiaofeng Qi /
要旨: The Mitochondrial Pyruvate Carrier (MPC) bridges cytosolic and mitochondrial metabolism by transporting pyruvate into mitochondria for ATP production and biosynthesis of various essential molecules. ...The Mitochondrial Pyruvate Carrier (MPC) bridges cytosolic and mitochondrial metabolism by transporting pyruvate into mitochondria for ATP production and biosynthesis of various essential molecules. MPC functions as a heterodimer composed of MPC1 and MPC2 in most mammalian cells. Here, we present the cryogenic electron microscopy (cryo-EM) structures of the human MPC1-2 complex in the mitochondrial intermembrane space (IMS)-open state and the inhibitor-bound in the mitochondrial matrix-open state. Structural analysis shows that the transport channel of MPC is formed by the interaction of transmembrane helix (TM) 1 and TM2 of MPC1 with TM2 and TM1 of MPC2, respectively. UK5099, a potent MPC inhibitor, shares the same binding site with pyruvate at the matrix side of the transport channel, stabilizing MPC in its matrix-open conformation. Notably, a functional W82F mutation in MPC2 leads to the complex in an IMS-open conformation. Structural comparisons across different conformations, combined with yeast rescue assays, reveal the mechanisms of substrate binding and asymmetric conformational changes in MPC during pyruvate transport across the inner mitochondrial membrane (IMM) as well as the inhibitory mechanisms of MPC inhibitors.
履歴
登録2025年4月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月30日-
マップ公開2025年7月30日-
更新2026年2月11日-
現状2026年2月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_70350.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_70350.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.74 Å/pix.
x 340 pix.
= 250.92 Å		0.74 Å/pix.
x 340 pix.
= 250.92 Å		0.74 Å/pix.
x 340 pix.
= 250.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.738 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.13
最小 - 最大-0.9530354 - 1.2365738
平均 (標準偏差)-0.000024010864 (±0.019374348)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ340340340
Spacing340340340
セルA=B=C: 250.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_70350_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_70350_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : MPC1-2

全体名称: MPC1-2
要素
  • 複合体: MPC1-2
    • タンパク質・ペプチド: human MPC1
    • タンパク質・ペプチド: Human MPC2

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超分子 #1: MPC1-2

超分子名称: MPC1-2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: human MPC1

分子名称: human MPC1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAGALVRKAA DYVRSKDFRD YLMSTHFWGP VANWGLPIAA INDMKKSPEI ISGRMTFALC CYSLTFMRFA YKVQPRNWLL FACHATNEVA QLIQGGRLIK HEMTKTASAG GGGSGGGGSG GGGSEEGKLV IWINGDKGYN GLAEVGKKFE KDTGIKVTVE HPDKLEEKFP ...文字列:
MAGALVRKAA DYVRSKDFRD YLMSTHFWGP VANWGLPIAA INDMKKSPEI ISGRMTFALC CYSLTFMRFA YKVQPRNWLL FACHATNEVA QLIQGGRLIK HEMTKTASAG GGGSGGGGSG GGGSEEGKLV IWINGDKGYN GLAEVGKKFE KDTGIKVTVE HPDKLEEKFP QVAATGDGPD IIFWAHDRFG GYAQSGLLAE ITPDKAFQDK LYPFTWDAVR YNGKLIAYPI AVEALSLIYN KDLLPNPPKT WEEIPALDKE LKAKGKSALM FNLQEPYFTW PLIAADGGYA FKYENGKYDI KDVGVDNAGA KAGLTFLIDL IKNKHMNADT DYSIAEAAFN KGETAMTING PWAWSNIDTS KVNYGVTVLP TFKGQPSKPF VGVLSAGINA ASPNKELAKE FLENYLLTDE GLEAVNKDKP LGAVALKSYE EELVKDPRVA ATMENAQKGE IMPNIPQMSA FWYAVRTAVI NAASGRQTVD AALAAAQ

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分子 #2: Human MPC2

分子名称: Human MPC2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSAAGARGLR ATYHRLLDKV ELMLPEKLRP LYNHPAGPRT VFFWAPIMKW GLVCAGLADM ARPAEKLSTA QSAVLMATGF IFSRYSLVII PKNWSLFAVN FFVGAAGASQ LFRIWRYNQE LKAKDLGRKL LEAARAGQLD EVRILLANGA DVNAADNTGT TPLHLAAYSG ...文字列:
MSAAGARGLR ATYHRLLDKV ELMLPEKLRP LYNHPAGPRT VFFWAPIMKW GLVCAGLADM ARPAEKLSTA QSAVLMATGF IFSRYSLVII PKNWSLFAVN FFVGAAGASQ LFRIWRYNQE LKAKDLGRKL LEAARAGQLD EVRILLANGA DVNAADNTGT TPLHLAAYSG HLEIVEVLLK HGADVDASDV FGYTPLHLAA YWGHLEIVEV LLKNGADVNA MDSDGMTPLH LAAKWGYLEI VEVLLKHGAD VNAQDKFGKT AFDISIDNGN EDLAEILQKL N

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.77 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 382429
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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