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万見
- EMDB-7026: KLP10A-AMPPNP in complex with curved tubulin and a microtubule -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7026
タイトルKLP10A-AMPPNP in complex with curved tubulin and a microtubule
マップデータMap filtered with a B-factor of -100 A^2
試料
  • 複合体: KLP10A-AMPPNP motor in complex with curved tubulin and a microtubule
    • 複合体: KLP10A-AMPPNP motor
      • タンパク質・ペプチド: Kinesin-like protein Klp10A
    • 細胞器官・細胞要素: microtubule
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta chain
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha-1B chain
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: TAXOL
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
キーワードkinesin 13 / microtubule / tubulin / depolymerization / MOTOR PROTEIN-STRUCTURAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of mitotic spindle asymmetry / establishment of meiotic spindle orientation / cortical microtubule / plus-end specific microtubule depolymerization / asymmetric protein localization involved in cell fate determination / meiotic spindle pole / mitotic spindle astral microtubule / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Kinesins / centriole assembly ...establishment of mitotic spindle asymmetry / establishment of meiotic spindle orientation / cortical microtubule / plus-end specific microtubule depolymerization / asymmetric protein localization involved in cell fate determination / meiotic spindle pole / mitotic spindle astral microtubule / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Kinesins / centriole assembly / kinetochore microtubule / meiotic spindle organization / spindle assembly involved in female meiosis I / non-motile cilium assembly / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Mitotic Prometaphase / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / PKR-mediated signaling / Separation of Sister Chromatids / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Aggrephagy / plus-end-directed microtubule motor activity / meiotic spindle / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate Formins / kinesin complex / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / microtubule depolymerization / MHC class II antigen presentation / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / microtubule motor activity / COPI-mediated anterograde transport / spindle organization / microtubule-based movement / mitotic spindle pole / cytoskeletal motor activity / centrosome duplication / chromosome, centromeric region / microtubule-based process / mitotic spindle organization / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / spindle / neuron migration / spindle pole / mitotic cell cycle / microtubule cytoskeleton / microtubule binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / cell division / GTPase activity / centrosome / GTP binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Kinesin-like protein KIF2A-like, N-terminal / Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily ...: / Kinesin-like protein KIF2A-like, N-terminal / Kinesin-like protein / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain superfamily / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Tubulin beta chain / Tubulin beta chain / Tubulin alpha-1B chain / Kinesin-like protein Klp10A
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) / Sus scrofa (ブタ)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.51 Å
データ登録者Benoit MPMH / Asenjo AB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM113164 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Cryo-EM reveals the structural basis of microtubule depolymerization by kinesin-13s.
著者: Matthieu P M H Benoit / Ana B Asenjo / Hernando Sosa /
要旨: Kinesin-13s constitute a distinct group within the kinesin superfamily of motor proteins that promote microtubule depolymerization and lack motile activity. The molecular mechanism by which kinesin- ...Kinesin-13s constitute a distinct group within the kinesin superfamily of motor proteins that promote microtubule depolymerization and lack motile activity. The molecular mechanism by which kinesin-13s depolymerize microtubules and are adapted to perform a seemingly very different activity from other kinesins is still unclear. To address this issue, here we report the near atomic resolution cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of Drosophila melanogaster kinesin-13 KLP10A protein constructs bound to curved or straight tubulin in different nucleotide states. These structures show how nucleotide induced conformational changes near the catalytic site are coupled with movement of the kinesin-13-specific loop-2 to induce tubulin curvature leading to microtubule depolymerization. The data highlight a modular structure that allows similar kinesin core motor-domains to be used for different functions, such as motility or microtubule depolymerization.
履歴
登録2017年9月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年11月1日-
マップ公開2018年5月2日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0675
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0675
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6b0c
  • 表面レベル: 0.0675
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6b0c
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7026.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7026.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 891.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map filtered with a B-factor of -100 A^2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 616 pix.
= 660.968 Å		1.07 Å/pix.
x 616 pix.
= 660.968 Å		1.07 Å/pix.
x 616 pix.
= 660.968 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.073 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0675 / ムービー #1: 0.0675
最小 - 最大-0.3483273 - 0.6051997
平均 (標準偏差)0.003076309 (±0.030299673)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ616616616
Spacing616616616
セルA=B=C: 660.96796 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0731.0731.073
M x/y/z616616616
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z660.968660.968660.968
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS616616616
D min/max/mean-0.3480.6050.003

-
添付データ

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マスク #1

ファイルemd_7026_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map (1) from the Gold Standard refinement

ファイルemd_7026_half_map_1.map
注釈Half map (1) from the Gold Standard refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map (2) from the Gold Standard refinement

ファイルemd_7026_half_map_2.map
注釈Half map (2) from the Gold Standard refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : KLP10A-AMPPNP motor in complex with curved tubulin and a microtubule

全体名称: KLP10A-AMPPNP motor in complex with curved tubulin and a microtubule
要素
  • 複合体: KLP10A-AMPPNP motor in complex with curved tubulin and a microtubule
    • 複合体: KLP10A-AMPPNP motor
      • タンパク質・ペプチド: Kinesin-like protein Klp10A
    • 細胞器官・細胞要素: microtubule
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta chain
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha-1B chain
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: TAXOL
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

+
超分子 #1: KLP10A-AMPPNP motor in complex with curved tubulin and a microtubule

超分子名称: KLP10A-AMPPNP motor in complex with curved tubulin and a microtubule
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3

+
超分子 #2: KLP10A-AMPPNP motor

超分子名称: KLP10A-AMPPNP motor / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

+
超分子 #3: microtubule

超分子名称: microtubule / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2, #1
詳細: Chains A and B make up a curved microtubule protofilament.
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)

+
分子 #1: Tubulin alpha-1B chain

分子名称: Tubulin alpha-1B chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: brain
分子量理論値: 50.204445 KDa
配列文字列: MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL DRIRKLADQC TGLQGFLVFH SFGGGTGSGF TSLLMERLSV D YGKKSKLE ...文字列:
MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL DRIRKLADQC TGLQGFLVFH SFGGGTGSGF TSLLMERLSV D YGKKSKLE FSIYPAPQVS TAVVEPYNSI LTTHTTLEHS DCAFMVDNEA IYDICRRNLD IERPTYTNLN RLISQIVSSI TA SLRFDGA LNVDLTEFQT NLVPYPRIHF PLATYAPVIS AEKAYHEQLS VAEITNACFE PANQMVKCDP RHGKYMACCL LYR GDVVPK DVNAAIATIK TKRSIQFVDW CPTGFKVGIN YQPPTVVPGG DLAKVQRAVC MLSNTTAIAE AWARLDHKFD LMYA KRAFV HWYVGEGMEE GEFSEAREDM AALEKDYEEV GVDSVEGEGE EEGEEY

UniProtKB: Tubulin alpha-1B chain

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分子 #2: Tubulin beta chain

分子名称: Tubulin beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: brain
分子量理論値: 49.999887 KDa
配列文字列: MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGSYHGDS DLQLERINVY YNEATGNKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKESESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS ...文字列:
MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGSYHGDS DLQLERINVY YNEATGNKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKESESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS VMPSPKVSDT VVEPYNATLS VHQLVENTDE TYCIDNEALY DICFRTLKLT TPTYGDLNHL VSATMSGVTT CL RFPGQLN ADLRKLAVNM VPFPRLHFFM PGFAPLTSRG SQQYRALTVP ELTQQMFDSK NMMAACDPRH GRYLTVAAIF RGR MSMKEV DEQMLNVQNK NSSYFVEWIP NNVKTAVCDI PPRGLKMSAT FIGNSTAIQE LFKRISEQFT AMFRRKAFLH WYTG EGMDE MEFTEAESNM NDLVSEYQQY QDATADEQGE FEEEEGEDEA

UniProtKB: Tubulin beta chain

+
分子 #3: Kinesin-like protein Klp10A

分子名称: Kinesin-like protein Klp10A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 41.810918 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MRGSHHHHHH GMASMTGGQQ MGRDLYDDDD KDPSSRSITV CVRKRPISRK EVNRKEIDVI SVPRKDMLIV HEPRSKVDLT KFLENHKFR FDYAFNDTCD NAMVYKYTAK PLVKTIFEGG MATCFAYGQT GSGKTHTMGG EFNGKVQDCK NGIYAMAAKD V FVTLNMPR ...文字列:
MRGSHHHHHH GMASMTGGQQ MGRDLYDDDD KDPSSRSITV CVRKRPISRK EVNRKEIDVI SVPRKDMLIV HEPRSKVDLT KFLENHKFR FDYAFNDTCD NAMVYKYTAK PLVKTIFEGG MATCFAYGQT GSGKTHTMGG EFNGKVQDCK NGIYAMAAKD V FVTLNMPR YRAMNLVVSA SFFEIYSGKV FDLLSDKQKL RVLEDGKQQV QVVGLTEKVV DGVEEVLKLI QHGNAARTSG QT SANSNSS RSHAVFQIVL RPQGSTKIHG KFSFIDLAGN ERGVDTSSAD RQTRMEGAEI NKSLLALKEC IRALGKQSAH LPF RVSKLT QVLRDSFIGE KSKTCMIAMI SPGLSSCEHT LNTLRYADRV KELVVKDI

UniProtKB: Kinesin-like protein Klp10A

+
分子 #4: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 3 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #6: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: GDP
分子量理論値: 443.201 Da
Chemical component information

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #7: TAXOL

分子名称: TAXOL / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: TA1
分子量理論値: 853.906 Da
Chemical component information

ChemComp-TA1:
TAXOL / パクリタキセル / 薬剤, 化学療法薬*YM

+
分子 #8: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: ANP
分子量理論値: 506.196 Da
Chemical component information

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

-
試料調製

緩衝液pH: 6.8
構成要素:
濃度名称
80.0 mMK-PIPES
20.0 uMPaclitaxel
3.0 mMMagnesium chloride
1.0 mMEGTA
2.0 mMAMP-PNP
グリッド材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-50 / 平均電子線量: 1.25 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 46598 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 5.57 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 168.089 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.51 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.11)
詳細: 2 independent reconstructions, each using a distinct half of every filament.
使用した粒子像数: 16942
Segment selection詳細: manual picking of filaments
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9.11)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6b0c:
KLP10A-AMPPNP in complex with curved tubulin and a microtubule

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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