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- EMDB-70179: Structure of the human prohibitin complex in the closed state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-70179
タイトルStructure of the human prohibitin complex in the closed state
マップデータ
試料
  • 細胞: Human prohibitin complex consisting of PHB1 and PHB2
    • タンパク質・ペプチド: Prohibitin-2
    • タンパク質・ペプチド: Prohibitin 1
キーワードMitochondria / Membrane / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial prohibitin complex / regulation of cardiolipin metabolic process / regulation of cytochrome-c oxidase activity / : / complement component C3a binding / proteinase activated receptor binding / host-mediated perturbation of viral RNA genome replication / regulation of branching involved in mammary gland duct morphogenesis / negative regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / Processing of SMDT1 ...mitochondrial prohibitin complex / regulation of cardiolipin metabolic process / regulation of cytochrome-c oxidase activity / : / complement component C3a binding / proteinase activated receptor binding / host-mediated perturbation of viral RNA genome replication / regulation of branching involved in mammary gland duct morphogenesis / negative regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / Processing of SMDT1 / sphingolipid binding / negative regulation of nuclear receptor-mediated glucocorticoid signaling pathway / T-helper 17 type immune response / Cellular response to mitochondrial stress / RIG-I signaling pathway / positive regulation of complement activation / mammary gland branching involved in thelarche / complement component C3b binding / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / : / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / cellular response to interleukin-6 / mammary gland epithelial cell proliferation / sister chromatid cohesion / positive regulation of immunoglobulin production / DNA biosynthetic process / positive regulation of interleukin-17 production / progesterone receptor signaling pathway / B cell activation / mammary gland alveolus development / : / : / mitophagy / estrogen receptor signaling pathway / epigenetic regulation of gene expression / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / antiviral innate immune response / nuclear estrogen receptor binding / cell periphery / mitochondrion organization / RAF activation / negative regulation of cell growth / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of protein catabolic process / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / histone deacetylase binding / nuclear matrix / protein import into nucleus / osteoblast differentiation / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / transcription corepressor activity / positive regulation of neuron apoptotic process / cell migration / regulation of apoptotic process / early endosome / mitochondrial outer membrane / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / mitochondrial inner membrane / protein stabilization / protein heterodimerization activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of DNA-templated transcription / symbiont entry into host cell / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / cell surface / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / protein homodimerization activity / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Prohibitin / Band 7 domain / SPFH domain / Band 7 family / prohibitin homologues / Band 7/SPFH domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Prohibitin 1 / Prohibitin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 21.0 Å
データ登録者Rose K / Herrmann E / Hurley JH
資金援助 米国, ドイツ, 4件
OrganizationGrant number国
Aligning Science Across Parkinsons (ASAP)ASAP-000350 米国
Alexander von Humboldt Foundation ドイツ
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24 GM139168 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24 GM139166 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: In situ cryo-ET visualization of mitochondrial depolarization and mitophagic engulfment.
著者: Kevin Rose / Eric Herrmann / Eve Kakudji / Javier Lizarrondo / A Yasemin Celebi / Florian Wilfling / Samantha C Lewis / James H Hurley /
要旨: Defective mitochondrial quality control in response to loss of mitochondrial membrane polarization is implicated in Parkinson's disease by mutations in and . Parkin-expressing U2 osteosarcoma (U2OS) ...Defective mitochondrial quality control in response to loss of mitochondrial membrane polarization is implicated in Parkinson's disease by mutations in and . Parkin-expressing U2 osteosarcoma (U2OS) cells were treated with the depolarizing agents oligomycin and antimycin A (OA) and subjected to cryo-focused ion beam milling and in situ cryo-electron tomography. Mitochondria were fragmented and devoid of matrix calcium phosphate crystals. Phagophores were visualized, with bridge-like lipid transporter densities connected to mitophagic phagophores. A subpopulation of ATP synthases relocalized from cristae to the inner boundary membrane. The structure of the dome-shaped prohibitin complex, a dodecamer of PHB1-PHB2 dimers, was determined in situ by subtomogram averaging in untreated and treated cells and found to exist in open and closed conformations, with the closed conformation being enriched by OA treatment. These findings provide a set of native snapshots of the manifold nano-structural consequences of mitochondrial depolarization and provide a baseline for future in situ dissection of Parkin-dependent mitophagy.
履歴
登録2025年4月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年5月7日-
マップ公開2025年5月7日-
更新2025年8月13日-
現状2025年8月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_70179.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_70179.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4.2 Å/pix.
x 120 pix.
= 504. Å		4.2 Å/pix.
x 120 pix.
= 504. Å		4.2 Å/pix.
x 120 pix.
= 504. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.2 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0002
最小 - 最大-0.0006150886 - 0.0024347354
平均 (標準偏差)0.000025362704 (±0.00015668389)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ120120120
Spacing120120120
セルA=B=C: 503.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_70179_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_70179_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_70179_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human prohibitin complex consisting of PHB1 and PHB2

全体名称: Human prohibitin complex consisting of PHB1 and PHB2
要素
  • 細胞: Human prohibitin complex consisting of PHB1 and PHB2
    • タンパク質・ペプチド: Prohibitin-2
    • タンパク質・ペプチド: Prohibitin 1

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超分子 #1: Human prohibitin complex consisting of PHB1 and PHB2

超分子名称: Human prohibitin complex consisting of PHB1 and PHB2
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Prohibitin-2

分子名称: Prohibitin-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 33.341355 KDa
配列文字列: MAQNLKDLAG RLPAGPRGMG TALKLLLGAG AVAYGVRESV FTVEGGHRAI FFNRIGGVQQ DTILAEGLHF RIPWFQYPII YDIRARPRK ISSPTGSKDL QMVNISLRVL SRPNAQELPS MYQRLGLDYE ERVLPSIVNE VLKSVVAKFN ASQLITQRAQ V SLLIRREL ...文字列:
MAQNLKDLAG RLPAGPRGMG TALKLLLGAG AVAYGVRESV FTVEGGHRAI FFNRIGGVQQ DTILAEGLHF RIPWFQYPII YDIRARPRK ISSPTGSKDL QMVNISLRVL SRPNAQELPS MYQRLGLDYE ERVLPSIVNE VLKSVVAKFN ASQLITQRAQ V SLLIRREL TERAKDFSLI LDDVAITELS FSREYTAAVE AKQVAQQEAQ RAQFLVEKAK QEQRQKIVQA EGEAEAAKML GE ALSKNPG YIKLRKIRAA QNISKTIATS QNRIYLTADN LVLNLQDESF TRGSDSLIKG KK

UniProtKB: Prohibitin-2

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分子 #2: Prohibitin 1

分子名称: Prohibitin 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.838029 KDa
配列文字列: MAAKVFESIG KFGLALAVAG GVVNSALYNV DAGHRAVIFD RFRGVQDIVV GEGTHFLIPW VQKPIIFDCR SRPRNVPVIT GSKDLQNVN ITLRILFRPV ASQLPRIFTS IGEDYDERVL PSITTEILKS VVARFDAGEL ITQRELVSRQ VSDDLTERAA T FGLILDDV ...文字列:
MAAKVFESIG KFGLALAVAG GVVNSALYNV DAGHRAVIFD RFRGVQDIVV GEGTHFLIPW VQKPIIFDCR SRPRNVPVIT GSKDLQNVN ITLRILFRPV ASQLPRIFTS IGEDYDERVL PSITTEILKS VVARFDAGEL ITQRELVSRQ VSDDLTERAA T FGLILDDV SLTHLTFGKE FTEAVEAKQV AQQEAERARF VVEKAEQQKK AAIISAEGDS KAAELIANSL ATAGDGLIEL RK LEAAEDI AYQLSRSRNI TYLPAGQSVL LQLPQ

UniProtKB: Prohibitin 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 310.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法 #1

Microscopy ID1
顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 25 eV
撮影Image recording ID: 1
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 2.1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 43000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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電子顕微鏡法 #1~

Microscopy ID1
顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影Image recording ID: 2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 3.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 64000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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電子顕微鏡法 #1~~

Microscopy ID1
顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影Image recording ID: 3
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 3.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 42000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

Image recording ID1
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0) / 使用したサブトモグラム数: 1156
抽出トモグラム数: 77 / 使用した粒子像数: 2677 / 手法: Manual picking / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0)
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 800 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9o6s:
Structure of the human prohibitin complex in the closed state

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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