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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | E. coli TolAQR | |||||||||
![]() | E. coli TolAQR complex in DMNG | |||||||||
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![]() | Tol-Pal system / TolAQR / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.4 Å | |||||||||
![]() | Celia H / Botos I | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structures of the E. coli Ton and Tol motor complexes 著者: Celia H / Botos I / Ghirlando R / Duche D / Beach BM / Lloubes R / Buchanan SK | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17.8 KB 17.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 4.2 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 67 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.2 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 7.5 MB 7.4 MB 7.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 757 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 756.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | E. coli TolAQR complex in DMNG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.78 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: sharpened map
ファイル | emd_70142_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | sharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: halfmap A
ファイル | emd_70142_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | halfmap A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: halfmap B
ファイル | emd_70142_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | halfmap B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : TolAQR complex
全体 | 名称: TolAQR complex |
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要素 |
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-超分子 #1: TolAQR complex
超分子 | 名称: TolAQR complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Tol-Pal system protein TolQ
分子 | 名称: Tol-Pal system protein TolQ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MTDMNILDLF LKASLLVKLI MLILIGFSIA SWAIIIQRTR ILNAAAREAE AFEDKFWSGI ELSRLYQESQ GKRDNLTGSE QIFYSGFKE FVRLHRANSH APEAVVEGAS RAMRISMNRE LENLETHIPF LGTVGSISPY IGLFGTVWGI MHAFIALGAV K QATLQMVA ...文字列: MTDMNILDLF LKASLLVKLI MLILIGFSIA SWAIIIQRTR ILNAAAREAE AFEDKFWSGI ELSRLYQESQ GKRDNLTGSE QIFYSGFKE FVRLHRANSH APEAVVEGAS RAMRISMNRE LENLETHIPF LGTVGSISPY IGLFGTVWGI MHAFIALGAV K QATLQMVA PGIAEALIAT AIGLFAAIPA VMAYNRLNQR VNKLELNYDN FMEEFTAILH RQAFTVSESN KG |
-分子 #2: Tol-Pal system protein TolA
分子 | 名称: Tol-Pal system protein TolA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MGSWSHPQFE KGSSKATEQN DKLKRAIIIS AVLHVILFAA LIWSSFDENI EASAGGGGGS SIDAVMVDSG AVVEQYKRMQ SQESSAKRS DEQRKMKEQQ AAEELREKQA AEQERLKQLE KERLAAQEQK KQAEEAAKQA ELKQKQAEEA AAKAAADAKA K AEADAKAA ...文字列: MGSWSHPQFE KGSSKATEQN DKLKRAIIIS AVLHVILFAA LIWSSFDENI EASAGGGGGS SIDAVMVDSG AVVEQYKRMQ SQESSAKRS DEQRKMKEQQ AAEELREKQA AEQERLKQLE KERLAAQEQK KQAEEAAKQA ELKQKQAEEA AAKAAADAKA K AEADAKAA EEAAKKAAAD AKKKAEAEAA KAAAEAQKKA EAAAAALKKK AEAAEAAAAE ARKKAATEAA EKAKAEAEKK AA AEKAAAD KKAAAEKAAA DKKAAEKAAA EKAAADKKAA AEKAAADKKA AAAKAAAEKA AAAKAAAEAD DIFGELSSGK NAP KTGGGA KGNNASPAGS GNTKNNGASG ADINNYAGQI KSAIESKFYD ASSYAGKTCT LRIKLAPDGM LLDIKPEGGD PALC QAALA AAKLAKIPKP PSQAVYEVFK NAPLDFKP |
-分子 #3: Tol-Pal system protein TolR
分子 | 名称: Tol-Pal system protein TolR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MARARGRGRR DLKSEINIVP LLDVLLVLLL IFMATAPIIT QSVEVDLPDA TESQAVSSND NPPVIVEVSG IGQYTVVVEK DRLERLPPE QVVAEVSSRF KANPKTVFLI GGAKDVPYDE IIKALNLLHS AGVKSVGLMT QPI |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 69.9 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD 最大 デフォーカス(公称値): 2.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |