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- EMDB-46778: E. coli TonB-ExbBD TonB bound to ExbB chain C -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46778
タイトルE. coli TonB-ExbBD TonB bound to ExbB chain C
マップデータTonB-ExbBD with TonB bound to ExbB chainC
試料
  • 複合体: TonB-ExbBD complex
    • タンパク質・ペプチド: Biopolymer transport protein ExbB
    • タンパク質・ペプチド: Protein TonB
    • タンパク質・ペプチド: Biopolymer transport protein ExbD
  • リガンド: (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE
キーワードTon system / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


receptor-mediated bacteriophage irreversible attachment to host cell / colicin transport / ferrichrome import into cell / energy transducer activity / bacteriocin transport / cobalamin transport / siderophore transport / intracellular monoatomic cation homeostasis / transmembrane transporter complex / plasma membrane protein complex ...receptor-mediated bacteriophage irreversible attachment to host cell / colicin transport / ferrichrome import into cell / energy transducer activity / bacteriocin transport / cobalamin transport / siderophore transport / intracellular monoatomic cation homeostasis / transmembrane transporter complex / plasma membrane protein complex / protein import / cell envelope / transmembrane transporter activity / cell outer membrane / transmembrane transport / protein transport / outer membrane-bounded periplasmic space / intracellular iron ion homeostasis / protein stabilization / protein domain specific binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / TonB polyproline region / Gram-negative bacterial TonB protein / : / TonB C-terminal domain profile. / TonB-system energizer ExbB type-1 / TonB, C-terminal / Gram-negative bacterial TonB protein C-terminal / TonB system transport protein ExbD type-1 / TonB/TolA, C-terminal ...: / TonB polyproline region / Gram-negative bacterial TonB protein / : / TonB C-terminal domain profile. / TonB-system energizer ExbB type-1 / TonB, C-terminal / Gram-negative bacterial TonB protein C-terminal / TonB system transport protein ExbD type-1 / TonB/TolA, C-terminal / : / Biopolymer transport protein ExbD/TolR / Biopolymer transport protein ExbD/TolR / MotA/TolQ/ExbB proton channel / MotA/TolQ/ExbB proton channel family
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein TonB / Biopolymer transport protein ExbB / Biopolymer transport protein ExbD
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Celia H / Botos I
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)ZIA DK011011-17 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structures of the E. coli Ton and Tol motor complexes.
著者: Herve Celia / Istvan Botos / Rodolfo Ghirlando / Denis Duché / Bridgette M Beach / Roland Lloubes / Susan K Buchanan /
要旨: The Ton and Tol motor proteins use the proton gradient at the inner membrane of Gram-negative bacteria as an energy source. The generated force is transmitted through the periplasmic space to protein ...The Ton and Tol motor proteins use the proton gradient at the inner membrane of Gram-negative bacteria as an energy source. The generated force is transmitted through the periplasmic space to protein components associated with the outer membrane, either to maintain the outer membrane integrity for the Tol system, or to allow essential nutrients to enter the cell for Ton. We have solved the high-resolution structures of the E. coli TonB-ExbB-ExbD and TolA-TolQ-TolR complexes, revealing the inner membrane embedded engine parts of the Ton and Tol systems, and showing how TonB and TolA interact with the ExbBD and TolQR subcomplexes. Structural similarities between the two motor complexes suggest a common mechanism for the opening of the proton channel and the propagation of the proton motive force into movement of the TonB and TolA subunits. Because TonB and TolA bind at preferential ExbB or TolQ subunits, we propose a new mechanism of assembly of TonB and TolA with their respective ExbBD and TolQR subcomplexes and discuss its impact on the mechanism of action for the Ton and Tol systems.
履歴
登録2024年8月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月9日-
マップ公開2025年7月9日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46778.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46778.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈TonB-ExbBD with TonB bound to ExbB chainC
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 212.48 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 212.48 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 212.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.08
最小 - 最大-0.16394104 - 0.47020903
平均 (標準偏差)-0.00031592866 (±0.017716283)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 212.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: halfmap B

ファイルemd_46778_half_map_1.map
注釈halfmap B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: halfmap A

ファイルemd_46778_half_map_2.map
注釈halfmap A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : TonB-ExbBD complex

全体名称: TonB-ExbBD complex
要素
  • 複合体: TonB-ExbBD complex
    • タンパク質・ペプチド: Biopolymer transport protein ExbB
    • タンパク質・ペプチド: Protein TonB
    • タンパク質・ペプチド: Biopolymer transport protein ExbD
  • リガンド: (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE

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超分子 #1: TonB-ExbBD complex

超分子名称: TonB-ExbBD complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 / 詳細: TonB bound to ExbB chainC
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Biopolymer transport protein ExbB

分子名称: Biopolymer transport protein ExbB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 26.312322 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGNNLMQTDL SVWGMYQHAD IVVKCVMIGL ILASVVTWAI FFSKSVEFFN QKRRLKREQQ LLAEARSLNQ ANDIAADFGS KSLSLHLLN EAQNELELSE GSDDNEGIKE RTSFRLERRV AAVGRQMGRG NGYLATIGAI SPFVGLFGTV WGIMNSFIGI A QTQTTNLA ...文字列:
MGNNLMQTDL SVWGMYQHAD IVVKCVMIGL ILASVVTWAI FFSKSVEFFN QKRRLKREQQ LLAEARSLNQ ANDIAADFGS KSLSLHLLN EAQNELELSE GSDDNEGIKE RTSFRLERRV AAVGRQMGRG NGYLATIGAI SPFVGLFGTV WGIMNSFIGI A QTQTTNLA VVAPGIAEAL LATAIGLVAA IPAVVIYNVF ARQIGGFKAM LGDVAAQVLL LQSRDLDLEA SAAAHPVRVA QK LRAG

UniProtKB: Biopolymer transport protein ExbB

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分子 #2: Protein TonB

分子名称: Protein TonB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 28.495709 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTLDLPRRFP WPTLLSVCIH GAVVAGLLYT SVHQVIELPA PAQPISVTMV TPADLEPPQA VQPPPEPVVE PEPEPEPIPE PPKEAPVVI EKPKPKPKPK PKPVKKVQEQ PKRDVKPVES RPASPFENTA PARLTSSTAT AATSKPVTSV ASGPRALSRN Q PQYPARAQ ...文字列:
MTLDLPRRFP WPTLLSVCIH GAVVAGLLYT SVHQVIELPA PAQPISVTMV TPADLEPPQA VQPPPEPVVE PEPEPEPIPE PPKEAPVVI EKPKPKPKPK PKPVKKVQEQ PKRDVKPVES RPASPFENTA PARLTSSTAT AATSKPVTSV ASGPRALSRN Q PQYPARAQ ALRIEGQVKV KFDVTPDGRV DNVQILSAKP ANMFEREVKN AMRRWRYEPG KPGSGIVVNI LFKINGTTEI QG GGSENLY FQGGSAWSHP QFEK

UniProtKB: Protein TonB

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分子 #3: Biopolymer transport protein ExbD

分子名称: Biopolymer transport protein ExbD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 18.161674 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MAMHLNENLD DNGEMHDINV TPFIDVMLVL LIIFMVAAPL ATVDVKVNLP ASTSTPQPRP EKPVYLSVKA DNSMFIGNDP VTDETMITA LNALTEGKKD TTIFFRADKT VDYETLMKVM DTLHQAGYLK IGLVGEETAK AKENLYFQGN AGSGHHHHHH H HHH

UniProtKB: Biopolymer transport protein ExbD

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分子 #4: (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY...

分子名称: (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: PEV
分子量理論値: 720.012 Da
Chemical component information

ChemComp-PEV:
(1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE / POPE, リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 69.9 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 227584
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9ddo:
E. coli TonB-ExbBD TonB bound to ExbB chain C

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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