[日本語] English
万見
- EMDB-7005: Negative stain reconstruction of the peroxisomal AAA-ATPase Pex1/... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7005
タイトルNegative stain reconstruction of the peroxisomal AAA-ATPase Pex1/Pex6 complex associated with substrate Pex15
マップデータNegative stain reconstruction of the Pex15 bound Pex1-Pex6 complex.
試料
  • 複合体: Complex between Pex1-Pex6 AAA-ATPase with substrate Pex15
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 23.2 Å
データ登録者Chowdhury S / Gardner BM / Castanzo DT / Stjepanovic G / Stefely MS / Hurley JH / Martin A / Lander GC
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM094497, NSF-MCB- 1150288, DP2 EB020402-01, K99GM121880 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
Department of Energy (DOE, United States) 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: The peroxisomal AAA-ATPase Pex1/Pex6 unfolds substrates by processive threading.
著者: Brooke M Gardner / Dominic T Castanzo / Saikat Chowdhury / Goran Stjepanovic / Matthew S Stefely / James H Hurley / Gabriel C Lander / Andreas Martin /
要旨: Pex1 and Pex6 form a heterohexameric motor essential for peroxisome biogenesis and function, and mutations in these AAA-ATPases cause most peroxisome-biogenesis disorders in humans. The tail-anchored ...Pex1 and Pex6 form a heterohexameric motor essential for peroxisome biogenesis and function, and mutations in these AAA-ATPases cause most peroxisome-biogenesis disorders in humans. The tail-anchored protein Pex15 recruits Pex1/Pex6 to the peroxisomal membrane, where it performs an unknown function required for matrix-protein import. Here we determine that Pex1/Pex6 from S. cerevisiae is a protein translocase that unfolds Pex15 in a pore-loop-dependent and ATP-hydrolysis-dependent manner. Our structural studies of Pex15 in isolation and in complex with Pex1/Pex6 illustrate that Pex15 binds the N-terminal domains of Pex6, before its C-terminal disordered region engages with the pore loops of the motor, which then processively threads Pex15 through the central pore. Furthermore, Pex15 directly binds the cargo receptor Pex5, linking Pex1/Pex6 to other components of the peroxisomal import machinery. Our results thus support a role of Pex1/Pex6 in mechanical unfolding of peroxins or their extraction from the peroxisomal membrane during matrix-protein import.
履歴
登録2017年9月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年12月20日-
マップ公開2017年12月20日-
更新2019年12月11日-
現状2019年12月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7005.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7005.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Negative stain reconstruction of the Pex15 bound Pex1-Pex6 complex.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 3.06 / ムービー #1: 3.06
最小 - 最大-8.168757 - 10.292679
平均 (標準偏差)-0.048110332 (±1.2685611)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ808080
Spacing808080
セルA=B=C: 328.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.14.14.1
M x/y/z808080
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z328.000328.000328.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-51-35-11
NX/NY/NZ11110799
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS808080
D min/max/mean-8.16910.293-0.048

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Complex between Pex1-Pex6 AAA-ATPase with substrate Pex15

全体名称: Complex between Pex1-Pex6 AAA-ATPase with substrate Pex15
要素
  • 複合体: Complex between Pex1-Pex6 AAA-ATPase with substrate Pex15

-
超分子 #1: Complex between Pex1-Pex6 AAA-ATPase with substrate Pex15

超分子名称: Complex between Pex1-Pex6 AAA-ATPase with substrate Pex15
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21
分子量理論値: 750 KDa

-
実験情報

-
構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.6
詳細: 60 mM HEPES pH 7.6, 50 mM NaCl, 50 mM KCl, 10 % glycerol, 10 mM MgCl2, 0.5 mM EDTA and 5mM ATP
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate
グリッドモデル: Maxtaform / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
温度最高: 298.15 K
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 15.6 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1097 / 平均露光時間: 0.4 sec. / 平均電子線量: 20.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 52000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

詳細Difference of Gaussians (DoG)-based automated particle picker, implemented in Appion image processing software was used
粒子像選択選択した数: 102101
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND3 / ソフトウェア - 詳細: implemented in Appion
詳細: EMAN1 was used for phase flipping whole micrograph before particle extraction.
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

6254


詳細: This map was low passed filtered to 60 Angstrom resolution.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3) / 使用した粒子像数: 14678
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
Projection matching processing - Number reference projections: 78118
ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る