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- EMDB-6973: Cryo-EM structure of the yeast pre-B complex at an average resolu... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6973
タイトルCryo-EM structure of the yeast pre-B complex at an average resolution of 3.3 angstrom (Part II: U1 snRNP region)
マップデータU1 snRNP region of the spliceosomal pre-B complex
試料
  • 細胞: Pre-B spliceosomal complex
    • RNA: x 2種
    • タンパク質・ペプチド: x 18種
  • リガンド: x 1種
キーワードspliceosme / assemply / pre-B complex / U1 snRNP / Splicing
機能・相同性
機能・相同性情報


first spliceosomal transesterification activity / mRNA splice site recognition / splicing factor binding / U4/U6 snRNP / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pICln-Sm protein complex / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / snRNP binding / small nuclear ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex ...first spliceosomal transesterification activity / mRNA splice site recognition / splicing factor binding / U4/U6 snRNP / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pICln-Sm protein complex / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / snRNP binding / small nuclear ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / commitment complex / U2-type prespliceosome assembly / U4 snRNP / U2 snRNP / U1 snRNP / poly(U) RNA binding / U2-type prespliceosome / pre-mRNA 5'-splice site binding / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / mRNA 5'-splice site recognition / Prp19 complex / U5 snRNP / spliceosomal snRNP assembly / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / RNA helicase activity / RNA helicase / mRNA binding / ATP hydrolysis activity / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Luc7-related / LUC7 N_terminus / Snu56-like U1 small nuclear ribonucleoprotein component / Snu56-like U1 small nuclear ribonucleoprotein component / SNU71 RNA binding domain / SNU71 N-terminal / U1 small nuclear ribonucleoprotein C / PRP39 C-terminal HAT repeat / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa N-terminal / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa MW N terminal ...Luc7-related / LUC7 N_terminus / Snu56-like U1 small nuclear ribonucleoprotein component / Snu56-like U1 small nuclear ribonucleoprotein component / SNU71 RNA binding domain / SNU71 N-terminal / U1 small nuclear ribonucleoprotein C / PRP39 C-terminal HAT repeat / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa N-terminal / U1 small nuclear ribonucleoprotein of 70kDa MW N terminal / : / : / U1-C, C2H2-type zinc finger / U1 zinc finger / PWI domain / PWI, domain in splicing factors / PRP39 N-terminal HAT repeat / : / Matrin/U1-C, C2H2-type zinc finger / Zinc finger matrin-type profile. / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein F / Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1-like zinc finger / Sm-like protein Lsm7/SmG / Like-Sm (LSM) domain containing protein, LSm4/SmD1/SmD3 / Sm-like protein Lsm6/SmF / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / HAT (Half-A-TPR) repeat / HAT (Half-A-TPR) repeats / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / : / Sm domain profile. / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / LSM domain superfamily / Zinc finger C2H2 superfamily / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Helicase conserved C-terminal domain / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-mRNA-splicing ATP-dependent RNA helicase PRP28 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A / Pre-mRNA-processing factor 39 / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / U1 small nuclear ribonucleoprotein component SNU71 / Small nuclear ribonucleoprotein F / Protein NAM8 / U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa homolog ...Pre-mRNA-splicing ATP-dependent RNA helicase PRP28 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A / Pre-mRNA-processing factor 39 / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / U1 small nuclear ribonucleoprotein component SNU71 / Small nuclear ribonucleoprotein F / Protein NAM8 / U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa homolog / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / U1 small nuclear ribonucleoprotein component PRP42 / 56 kDa U1 small nuclear ribonucleoprotein component / U1 small nuclear ribonucleoprotein C / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Protein LUC7 / Small nuclear ribonucleoprotein E
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Bai R / Wan R
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China31430020 中国
National Natural Science Foundation of China31621092 中国
Ministry of Science and Technology (China)2016YFA0501100 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Structures of the fully assembled spliceosome before activation.
著者: Rui Bai / Ruixue Wan / Chuangye Yan / Jianlin Lei / Yigong Shi /
要旨: The precatalytic spliceosome (B complex) is preceded by the pre-B complex. Here we report the cryo-electron microscopy structures of the pre-B and B complexes at average resolutions of 3.3 to 4.6 ...The precatalytic spliceosome (B complex) is preceded by the pre-B complex. Here we report the cryo-electron microscopy structures of the pre-B and B complexes at average resolutions of 3.3 to 4.6 and 3.9 angstroms, respectively. In the pre-B complex, the duplex between the 5' splice site (5'SS) and U1 small nuclear RNA (snRNA) is recognized by Yhc1, Luc7, and the Sm ring. In the B complex, U1 small nuclear ribonucleoprotein is dissociated, the 5'-exon-5'SS sequences are translocated near U6 snRNA, and three B-specific proteins may orient the precursor messenger RNA. In both complexes, U6 snRNA is anchored to loop I of U5 snRNA, and the duplex between the branch point sequence and U2 snRNA is recognized by the SF3b complex. Structural analysis reveals the mechanism of assembly and activation for the yeast spliceosome.
履歴
登録2018年5月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年8月29日-
マップ公開2018年8月29日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5zwn
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6973.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6973.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈U1 snRNP region of the spliceosomal pre-B complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.34 Å/pix.
x 400 pix.
= 535.2 Å		1.34 Å/pix.
x 400 pix.
= 535.2 Å		1.34 Å/pix.
x 400 pix.
= 535.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.338 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.045 / ムービー #1: 0.045
最小 - 最大-0.19564165 - 0.34690544
平均 (標準偏差)0.00067012367 (±0.009224686)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 535.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.3381.3381.338
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z535.200535.200535.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.1960.3470.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Pre-B spliceosomal complex

全体名称: Pre-B spliceosomal complex
要素
  • 細胞: Pre-B spliceosomal complex
    • RNA: pre-mRNA
    • RNA: U1 snRNA
    • タンパク質・ペプチド: U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa homolog
    • タンパク質・ペプチド: U1 small nuclear ribonucleoprotein C
    • タンパク質・ペプチド: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
    • タンパク質・ペプチド: U1 small nuclear ribonucleoprotein component PRP42
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-processing factor 39
    • タンパク質・ペプチド: Protein NAM8
    • タンパク質・ペプチド: 56 kDa U1 small nuclear ribonucleoprotein component
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein E
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein F
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein G
    • タンパク質・ペプチド: U1 small nuclear ribonucleoprotein component SNU71
    • タンパク質・ペプチド: Protein LUC7
    • タンパク質・ペプチド: U1 snRNP
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-splicing ATP-dependent RNA helicase PRP28
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: Pre-B spliceosomal complex

超分子名称: Pre-B spliceosomal complex / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#20
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
分子 #1: pre-mRNA

分子名称: pre-mRNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
分子量理論値: 7.130372 KDa
配列文字列:
AAAAAAAAAA GGUAUGUAUU AA

+
分子 #2: U1 snRNA

分子名称: U1 snRNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
分子量理論値: 182.114516 KDa
配列文字列: AUACUUACCU UAAGAUAUCA GAGGAGAUCA AGAAGUCCUA CUGAUCAAAC AUGCGCUUCC AAUAGUAGAA GGACGUUAAG CAUUUAUCA UUGAACUAUA AUUGUUCAUU GAAGUCAUUG AUGCAAACUC CUUGGUCACA CACACAUACG GCGCGGAAGG C GUGUUUGC ...文字列:
AUACUUACCU UAAGAUAUCA GAGGAGAUCA AGAAGUCCUA CUGAUCAAAC AUGCGCUUCC AAUAGUAGAA GGACGUUAAG CAUUUAUCA UUGAACUAUA AUUGUUCAUU GAAGUCAUUG AUGCAAACUC CUUGGUCACA CACACAUACG GCGCGGAAGG C GUGUUUGC UGACGUUUCC AUUCCCUUGU UUCAAUCAUU GGUUAAUCCC UUGAUUCCUU UGGGGAUUUU UGGGUUAAAC UG AUUUUUG GGGCCCUUUG UUUCUUCUGC CUGGAGAAGU UUGACACCAA AUUCAAAUUG GUGUUAGGGG AGCUGGGGCC UUU CAAAAG AGAGCUUUGU AGAGGCAUUC UUUUUGACUA CUUUUCUCUA GCGUGCCAUU UUAGUUUUUG ACGGCAGAUU CGAA UGAAC UUAAGUUUAU GAUGAAGGUA UGGCUGUUGA GAUUAUUUGG UCGGGAUUGU AGUUUGAAGA UGUGCUCUUU UGAGC AGUC UCAACUUUGC UCGUUCCCGU UAUGGGAAAA AUUUUGGAAG GUCUUGGUAG GAACGGGUGG AUCUUAUAAU UUUUGA UUU AUUUU

+
分子 #3: U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa homolog

分子名称: U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 34.506148 KDa
配列文字列: MNYNLSKYPD DVSRLFKPRP PLSYKRPTDY PYAKRQTNPN ITGVANLLST SLKHYMEEFP EGSPNNHLQR YEDIKLSKIK NAQLLDRRL QNWNPNVDPH IKDTDPYRTI FIGRLPYDLD EIELQKYFVK FGEIEKIRIV KDKITQKSKG YAFIVFKDPI S SKMAFKEI ...文字列:
MNYNLSKYPD DVSRLFKPRP PLSYKRPTDY PYAKRQTNPN ITGVANLLST SLKHYMEEFP EGSPNNHLQR YEDIKLSKIK NAQLLDRRL QNWNPNVDPH IKDTDPYRTI FIGRLPYDLD EIELQKYFVK FGEIEKIRIV KDKITQKSKG YAFIVFKDPI S SKMAFKEI GVHRGIQIKD RICIVDIERG RTVKYFKPRR LGGGLGGRGY SNRDSRLPGR FASASTSNPA ERNYAPRLPR RE TSSSAYS ADRYGSSTLD ARYRGNRPLL SAATPTAAVT SVYKSRNSRT RESQPAPKEA PDY

UniProtKB: U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa homolog

+
分子 #4: U1 small nuclear ribonucleoprotein C

分子名称: U1 small nuclear ribonucleoprotein C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 27.106016 KDa
配列文字列: MTRYYCEYCH SYLTHDTLSV RKSHLVGKNH LRITADYYRN KARDIINKHN HKRRHIGKRG RKERENSSQN ETLKVTCLSN KEKRHIMHV KKMNQKELAQ TSIDTLKLLY DGSPGYSKVF VDANRFDIGD LVKASKLPQR ANEKSAHHSF KQTSRSRDET C ESNPFPRL ...文字列:
MTRYYCEYCH SYLTHDTLSV RKSHLVGKNH LRITADYYRN KARDIINKHN HKRRHIGKRG RKERENSSQN ETLKVTCLSN KEKRHIMHV KKMNQKELAQ TSIDTLKLLY DGSPGYSKVF VDANRFDIGD LVKASKLPQR ANEKSAHHSF KQTSRSRDET C ESNPFPRL NNPKKLEPPK ILSQWSNTIP KTSIFYSVDI LQTTIKESKK RMHSDGIRKP SSANGYKRRR YGN

UniProtKB: U1 small nuclear ribonucleoprotein C

+
分子 #5: U1 small nuclear ribonucleoprotein A

分子名称: U1 small nuclear ribonucleoprotein A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 34.438105 KDa
配列文字列: MSALYFQNLP SRPANKENYT RLLLKHINPN NKYAINPSLP LPHNKLQISS QPLMLLDDQM GLLEVSISRS SKMTNQAFLT FVTQEEADR FLEKYTTTAL KVQGRKVRMG KARTNSLLGL SIEMQKKKGN DETYNLDIKK VLKARKLKRK LRSDDICAKK F RLKRQIRR ...文字列:
MSALYFQNLP SRPANKENYT RLLLKHINPN NKYAINPSLP LPHNKLQISS QPLMLLDDQM GLLEVSISRS SKMTNQAFLT FVTQEEADR FLEKYTTTAL KVQGRKVRMG KARTNSLLGL SIEMQKKKGN DETYNLDIKK VLKARKLKRK LRSDDICAKK F RLKRQIRR LKHKLRSRKV EEAEIDRIVK EFETRRLENM KSQQENLKQS QKPLKRAKVS NTMENPPNKV LLIQNLPSGT TE QLLSQIL GNEALVEIRL VSVRNLAFVE YETVADATKI KNQLGSTYKL QNNDVTIGFA K

UniProtKB: U1 small nuclear ribonucleoprotein A

+
分子 #6: U1 small nuclear ribonucleoprotein component PRP42

分子名称: U1 small nuclear ribonucleoprotein component PRP42 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 65.22202 KDa
配列文字列: MDKYTALIHD ENFSTLTLNV SRYPKSLAYW EKLLNYIVKA SAPICKSTEP QLLKLIRCTY SSMLNEFPYL ENYYIDFALL EYKLGNVSM SHKIFQRGLQ AFNQRSLLLW TSYLKFCNNV ISHQKQLFKK YETAEEYVGL HFFSGEFWDL YLEQISSRCT S SKKYWNVL ...文字列:
MDKYTALIHD ENFSTLTLNV SRYPKSLAYW EKLLNYIVKA SAPICKSTEP QLLKLIRCTY SSMLNEFPYL ENYYIDFALL EYKLGNVSM SHKIFQRGLQ AFNQRSLLLW TSYLKFCNNV ISHQKQLFKK YETAEEYVGL HFFSGEFWDL YLEQISSRCT S SKKYWNVL RKILEIPLHS FSKFYALWLQ RIDDIMDLKQ LSQLTSKDEL LKKLKIDINY SGRKGPYLQD AKKKLKKITK EM YMVVQYQ VLEIYSIFES KIYINYYTSP ETLVSSDEIE TWIKYLDYTI TLQTDSLTHL NFQRALLPLA HYDLVWIKYS KWL INSKND LLGAKNVLLM GLKFSLKKTE IIKLLYSVIC KLNEYVLLRN LLEKIESSYS DNVENVDDFE IFWDYLQFKT FCQN SLYSS RYSDSQSNGL LNKELFDKVW KRLSCKEKKS GQEILLNNLV QFYSKDTVEF VEKNIFQKII EFGWEYYLQN GMFWN CYCR LIYFDTSRSY LDKRQYIVRK IWPQIDKKFA QSVLPSLTEF CESYFPEEMD TLEEMFTEEP

UniProtKB: U1 small nuclear ribonucleoprotein component PRP42

+
分子 #7: Pre-mRNA-processing factor 39

分子名称: Pre-mRNA-processing factor 39 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 74.834742 KDa
配列文字列: MPDETNFTIE DIEPRPDALR GLDTQFLQDN TALVQAYRGL DWSDISSLTQ MVDVIEQTVV KYGNPNDSIK LALETILWQI LRKYPLLFG FWKRFATIEY QLFGLKKSIA VLATSVKWFP TSLELWCDYL NVLCVNNPNE TDFIRNNFEI AKDLIGKQFL S HPFWDKFI ...文字列:
MPDETNFTIE DIEPRPDALR GLDTQFLQDN TALVQAYRGL DWSDISSLTQ MVDVIEQTVV KYGNPNDSIK LALETILWQI LRKYPLLFG FWKRFATIEY QLFGLKKSIA VLATSVKWFP TSLELWCDYL NVLCVNNPNE TDFIRNNFEI AKDLIGKQFL S HPFWDKFI EFEVGQKNWH NVQRIYEYII EVPLHQYARF FTSYKKFLNE KNLKTTRNID IVLRKTQTTV NEIWQFESKI KQ PFFNLGQ VLNDDLENWS RYLKFVTDPS KSLDKEFVMS VFDRCLIPCL YHENTWMMYI KWLTKKNISD EVVVDIYQKA NTF LPLDFK TLRYDFLRFL KRKYRSNNTL FNNIFNETVS RYLKIWPNDI LLMTEYLCML KRHSFKNSLD QSPKEILEKQ TSFT KILET SITNYINNQI DAKVHLQTLI NDKNLSIVVV ELIKTTWLVL KNNMQTRKYF NLYQKNILIK NSVPFWLTYY KFEKS NVNF TKLNKFIREL GVEIYLPTTV MNDILTDYKT FYLTHSNIVT YESSIIDSNT FDPILYPELK MSNPKYDPVL NTTANV DWH KKTEWKEAGH IGITTERPQI SNSIIECNSG TLIQKPISLP NFRNLEKINQ VKINDLYTEE FLKEGK

UniProtKB: Pre-mRNA-processing factor 39

+
分子 #8: Protein NAM8

分子名称: Protein NAM8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 57.01084 KDa
配列文字列: MSYKQTTYYP SRGNLVRNDS SPYTNTISSE TNNSSTSVLS LQGASNVSLG TTGNQLYMGD LDPTWDKNTV RQIWASLGEA NINVRMMWN NTLNNGSRSS MGPKNNQGYC FVDFPSSTHA ANALLKNGML IPNFPNKKLK LNWATSSYSN SNNSLNNVKS G NNCSIFVG ...文字列:
MSYKQTTYYP SRGNLVRNDS SPYTNTISSE TNNSSTSVLS LQGASNVSLG TTGNQLYMGD LDPTWDKNTV RQIWASLGEA NINVRMMWN NTLNNGSRSS MGPKNNQGYC FVDFPSSTHA ANALLKNGML IPNFPNKKLK LNWATSSYSN SNNSLNNVKS G NNCSIFVG DLAPNVTESQ LFELFINRYA STSHAKIVHD QVTGMSKGYG FVKFTNSDEQ QLALSEMQGV FLNGRAIKVG PT SGQQQHV SGNNDYNRSS SSLNNENVDS RFLSKGQSFL SNGNNNMGFK RNHMSQFIYP VQQQPSLNHF TDPNNTTVFI GGL SSLVTE DELRAYFQPF GTIVYVKIPV GKCCGFVQYV DRLSAEAAIA GMQGFPIANS RVRLSWGRSA KQTALLQQAM LSNS LQVQQ QQPGLQQPNY GYIPSSTCEA PVLPDNNVSS TMLPGCQILN YSNPYANANG LGSNNFSFYS NNNATNTQAT SLLAD TSSM DLSGTGGQQV IMQGSEAVVN STNAMLNRLE QGSNGFMFA

UniProtKB: Protein NAM8

+
分子 #9: 56 kDa U1 small nuclear ribonucleoprotein component

分子名称: 56 kDa U1 small nuclear ribonucleoprotein component / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 56.575277 KDa
配列文字列: MRPRRRGLAY HHTKPKGQLS QGHYPTTSND GQRRKVGNSE AFQSFDIWKN LDRIRSTKKN AGQFIKGSLL ILPMRTEDKQ QFDECMDEL HKYISKDILR CYPQKEQKDE GMLFYIVLKD FNILDSCFVL SVLLAFQKRL WMAPSEKSYF RVPKNINLTG S FYLPKNIE ...文字列:
MRPRRRGLAY HHTKPKGQLS QGHYPTTSND GQRRKVGNSE AFQSFDIWKN LDRIRSTKKN AGQFIKGSLL ILPMRTEDKQ QFDECMDEL HKYISKDILR CYPQKEQKDE GMLFYIVLKD FNILDSCFVL SVLLAFQKRL WMAPSEKSYF RVPKNINLTG S FYLPKNIE TGRGHIITSY RREQPSSSIV EVGFNVVPDF QQFQVKACHV SKFMNELSNF FSQVEFGKCE ANVINYFKRE YN RTYSQIS LALYELPLIG DGLFDIKSYI SKTRPIIETS KAQMIKHISE MKAYNEISGL QGDQFPRQQR PLSNSPSSNS ISS SQTIEA GATSYQTQPQ RHAVNKPSNV LNSSNRHSGP KTFEDGRYSE GNKPGFMTQD EIKQHCIGTI KASMDAVKKK SSYQ ILKTY VRCPRQNYID IVYQNLNDLR SKTNCNIVVL NLNNLHESQM WLESLNTTNY TIFAQAPHPS TIRVISIGGV GEYIV KALE LILNILEH

UniProtKB: 56 kDa U1 small nuclear ribonucleoprotein component

+
分子 #10: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 22.42699 KDa
配列文字列: MSKIQVAHSS RLANLIDYKL RVLTQDGRVY IGQLMAFDKH MNLVLNECIE ERVPKTQLDK LRPRKDSKDG TTLNIKVEKR VLGLTILRG EQILSTVVED KPLLSKKERL VRDKKEKKQA QKQTKLRKEK EKKPGKIAKP NTANAKHTSS NSREIAQPSS S RYNGGNDN ...文字列:
MSKIQVAHSS RLANLIDYKL RVLTQDGRVY IGQLMAFDKH MNLVLNECIE ERVPKTQLDK LRPRKDSKDG TTLNIKVEKR VLGLTILRG EQILSTVVED KPLLSKKERL VRDKKEKKQA QKQTKLRKEK EKKPGKIAKP NTANAKHTSS NSREIAQPSS S RYNGGNDN IGANRSRFNN EAPPQTRKFQ PPPGFKRK

UniProtKB: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B

+
分子 #11: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 16.296798 KDa
配列文字列:
MKLVNFLKKL RNEQVTIELK NGTTVWGTLQ SVSPQMNAIL TDVKLTLPQP RLNKLNSNGI AMASLYLTGG QQPTASDNIA SLQYINIRG NTIRQIILPD SLNLDSLLVD QKQLNSLRRS GQIANDPSKK RRRDFGAPAN KRPRRGL

UniProtKB: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1

+
分子 #12: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 12.876066 KDa
配列文字列:
MSSQIIDRPK HELSRAELEE LEEFEFKHGP MSLINDAMVT RTPVIISLRN NHKIIARVKA FDRHCNMVLE NVKELWTEKK GKNVINRER FISKLFLRGD SVIVVLKTPV E

UniProtKB: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2

+
分子 #13: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 11.240139 KDa
配列文字列:
MTMNGIPVKL LNEAQGHIVS LELTTGATYR GKLVESEDSM NVQLRDVIAT EPQGAVTHMD QIFVRGSQIK FIVVPDLLKN APLFKKNSS RPMPPIRGPK RR

UniProtKB: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3

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分子 #14: Small nuclear ribonucleoprotein E

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 10.385098 KDa
配列文字列:
MSNKVKTKAM VPPINCIFNF LQQQTPVTIW LFEQIGIRIK GKIVGFDEFM NVVIDEAVEI PVNSADGKED VEKGTPLGKI LLKGDNITL ITSAD

UniProtKB: Small nuclear ribonucleoprotein E

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分子 #15: Small nuclear ribonucleoprotein F

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 9.669945 KDa
配列文字列:
MSESSDISAM QPVNPKPFLK GLVNHRVGVK LKFNSTEYRG TLVSTDNYFN LQLNEAEEFV AGVSHGTLGE IFIRCNNVLY IRELPN

UniProtKB: Small nuclear ribonucleoprotein F

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分子 #16: Small nuclear ribonucleoprotein G

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 8.490809 KDa
配列文字列:
MVSTPELKKY MDKKILLNIN GSRKVAGILR GYDIFLNVVL DDAMEINGED PANNHQLGLQ TVIRGNSIIS LEALDAI

UniProtKB: Small nuclear ribonucleoprotein G

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分子 #17: U1 small nuclear ribonucleoprotein component SNU71

分子名称: U1 small nuclear ribonucleoprotein component SNU71 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 71.383453 KDa
配列文字列: MRDIVFVSPQ LYLSSQEGWK SDSAKSGFIP ILKNDLQRFQ DSLKHIVDAR NSLSETLLNS NDDGSIHNSD QNTGLNKDKE ASIADNNSA NKCATSSSRY QELKQFLPIS LDQQIHTVSL QGVSSSFSRG QIESLLDHCL NLALTETQSN SALKVEAWSS F SSFLDTQD ...文字列:
MRDIVFVSPQ LYLSSQEGWK SDSAKSGFIP ILKNDLQRFQ DSLKHIVDAR NSLSETLLNS NDDGSIHNSD QNTGLNKDKE ASIADNNSA NKCATSSSRY QELKQFLPIS LDQQIHTVSL QGVSSSFSRG QIESLLDHCL NLALTETQSN SALKVEAWSS F SSFLDTQD IFIRFSKVDE DEAFVNTLNY CKALFAFIRK LHEDFKIELH LDLNTKEYVE DRTGTIPSVK PEKASEFYSV FK NIEDQTD ERNSKKEQLD DSSTQYKVDT NTLSDLPSDA LDQLCKDIIE FRTKVVSIEK EKKMKSTYEE SRRQRHQMQK VFD QIRKNH SGAKGSANTE EEDTNMEDED EEDDTEDDLA LEKRKEERDL EESNRRYEDM LHQLHSNTEP KIKSIRADIM SAEN YEEHL EKNRSLYLKE LLHLANDVHY DHHRSFKEQE ERRDEEDRAK NGNAKELAPI QLSDGKAISA GKAAAITLPE GTVKS ENYN ADKNVSESSE HVKIKFDFKK AIDHSVESSS EDEGYRESEL PPTKPSERSA AEDRLPFTAD ELNIRLTNLK ESRYVD ELV REFLGVYEDE LVEYILENIR VNQSKQALLN ELRETFDEDG ETIADRLWSR KEFRLG

UniProtKB: U1 small nuclear ribonucleoprotein component SNU71

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分子 #18: Protein LUC7

分子名称: Protein LUC7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 30.245885 KDa
配列文字列: MSTMSTPAAE QRKLVEQLMG RDFSFRHNRY SHQKRDLGLH DPKICKSYLV GECPYDLFQG TKQSLGKCPQ MHLTKHKIQY EREVKQGKT FPEFEREYLA ILSRFVNECN GQISVALQNL KHTAEERMKI QQVTEELDVL DVRIGLMGQE IDSLIRADEV S MGMLQSVK ...文字列:
MSTMSTPAAE QRKLVEQLMG RDFSFRHNRY SHQKRDLGLH DPKICKSYLV GECPYDLFQG TKQSLGKCPQ MHLTKHKIQY EREVKQGKT FPEFEREYLA ILSRFVNECN GQISVALQNL KHTAEERMKI QQVTEELDVL DVRIGLMGQE IDSLIRADEV S MGMLQSVK LQELISKRKE VAKRVRNITE NVGQSAQQKL QVCEVCGAYL SRLDTDRRLA DHFLGKIHLG YVKMREDYDR LM KNNRTTN ASKTATTLPG RRFV

UniProtKB: Protein LUC7

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分子 #19: U1 snRNP

分子名称: U1 snRNP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
分子量理論値: 3.500827 KDa
配列文字列:
AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAA

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分子 #20: Pre-mRNA-splicing ATP-dependent RNA helicase PRP28

分子名称: Pre-mRNA-splicing ATP-dependent RNA helicase PRP28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA helicase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 66.733188 KDa
配列文字列: MARPIDVSQL IAGINKKKGL DENTSGKISK PRFLNKQERS KQERLKENEE SLTPTQSDSA KVEIKKVNSR DDSFFNETND KKRNPSKQN GSKFHFSWNE SEDTLSGYDP IVSTRAIDLL WKGKTPKNAA ESSYMGKHWT EKSLHEMNER DWRILKEDYA I VTKGGTVE ...文字列:
MARPIDVSQL IAGINKKKGL DENTSGKISK PRFLNKQERS KQERLKENEE SLTPTQSDSA KVEIKKVNSR DDSFFNETND KKRNPSKQN GSKFHFSWNE SEDTLSGYDP IVSTRAIDLL WKGKTPKNAA ESSYMGKHWT EKSLHEMNER DWRILKEDYA I VTKGGTVE NPLRNWEELN IIPRDLLRVI IQELRFPSPT PIQRITIPNV CNMKQYRDFL GVASTGSGKT LAFVIPILIK MS RSPPRPP SLKIIDGPKA LILAPTRELV QQIQKETQKV TKIWSKESNY DCKVISIVGG HSLEEISFSL SEGCDILVAT PGR LIDSLE NHLLVMKQVE TLVLDEADKM IDLGFEDQVT NILTKVDINA DSAVNRQTLM FTATMTPVIE KIAAGYMQKP VYAT IGVET GSEPLIQQVV EYADNDEDKF KKLKPIVAKY DPPIIIFINY KQTADWLAEK FQKETNMKVT ILHGSKSQEQ REHSL QLFR TNKVQIMIAT NVAARGLDIP NVSLVVNFQI SKKMDDYIHR IGRTGRAANE GTAVSFVSAA EDESLIRELY KYVRKH DPL NSNIFSEAVK NKYNVGKQLS NEIIY

UniProtKB: Pre-mRNA-splicing ATP-dependent RNA helicase PRP28

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分子 #21: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 3 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.9
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 500657
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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