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- EMDB-6969: Structure of RNA polymerase complex and genome within a dsRNA vir... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6969
タイトルStructure of RNA polymerase complex and genome within a dsRNA virus provides insights into the mechanisms of transcription and assembly
マップデータIcosahedral capsid of aquareovirus
試料
  • ウイルス: Grass carp reovirus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Outer capsid VP7
    • タンパク質・ペプチド: N-terminus of outer capsid protein VP5
    • タンパク質・ペプチド: C-terminus of outer capsid protein VP5
    • タンパク質・ペプチド: Core protein VP6
    • タンパク質・ペプチド: VP1
    • タンパク質・ペプチド: VP3
  • リガンド: MYRISTIC ACID
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / viral inner capsid / host cell surface binding / viral outer capsid / 7-methylguanosine mRNA capping / mRNA guanylyltransferase activity / viral capsid / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity ...symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / viral inner capsid / host cell surface binding / viral outer capsid / 7-methylguanosine mRNA capping / mRNA guanylyltransferase activity / viral capsid / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / hydrolase activity / RNA helicase / GTP binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Outer capsid protein VP7 / Outer capsid protein VP7 / Outer capsid protein Mu1/VP4 / Mu1 membrane penetration protein, domain IV / Mu1 membrane penetration protein, domain II / Mu1/VP4 superfamily / Mu1 membrane penetration protein, domain III / Reovirus major virion structural protein Mu-1/Mu-1C (M2) / Sigma1/sigma2, reoviral / Reoviral Sigma1/Sigma2 family ...Outer capsid protein VP7 / Outer capsid protein VP7 / Outer capsid protein Mu1/VP4 / Mu1 membrane penetration protein, domain IV / Mu1 membrane penetration protein, domain II / Mu1/VP4 superfamily / Mu1 membrane penetration protein, domain III / Reovirus major virion structural protein Mu-1/Mu-1C (M2) / Sigma1/sigma2, reoviral / Reoviral Sigma1/Sigma2 family / Reovirus core-spike lambda-2 / Reovirus core-spike protein lambda-2 (L2), C-terminal / Inner capsid protein lambda-1/ VP3 / C2H2-type zinc finger / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer capsid VP7 / Core protein VP6 / Putative outer capsid VP4 / RNA helicase / VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Grass carp reovirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Liu H / Fang Q / Cheng L
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018
タイトル: Structure of RNA polymerase complex and genome within a dsRNA virus provides insights into the mechanisms of transcription and assembly.
著者: Xurong Wang / Fuxian Zhang / Rui Su / Xiaowu Li / Wenyuan Chen / Qingxiu Chen / Tao Yang / Jiawei Wang / Hongrong Liu / Qin Fang / Lingpeng Cheng /
要旨: Most double-stranded RNA (dsRNA) viruses transcribe RNA plus strands within a common innermost capsid shell. This process requires coordinated efforts by RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) together ...Most double-stranded RNA (dsRNA) viruses transcribe RNA plus strands within a common innermost capsid shell. This process requires coordinated efforts by RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) together with other capsid proteins and genomic RNA. Here we report the near-atomic resolution structure of the RdRp protein VP2 in complex with its cofactor protein VP4 and genomic RNA within an aquareovirus capsid using 200-kV cryoelectron microscopy and symmetry-mismatch reconstruction. The structure of these capsid proteins enabled us to observe the elaborate nonicosahedral structure within the double-layered icosahedral capsid. Our structure shows that the RdRp complex is anchored at the inner surface of the capsid shell and interacts with genomic dsRNA and four of the five asymmetrically arranged N termini of the capsid shell proteins under the fivefold axis, implying roles for these N termini in virus assembly. The binding site of the RNA end at VP2 is different from the RNA cap binding site identified in the crystal structure of orthoreovirus RdRp λ3, although the structures of VP2 and λ3 are almost identical. A loop, which was thought to separate the RNA template and transcript, interacts with an apical domain of the capsid shell protein, suggesting a mechanism for regulating RdRp replication and transcription. A conserved nucleoside triphosphate binding site was localized in our RdRp cofactor protein VP4 structure, and interactions between the VP4 and the genomic RNA were identified.
履歴
登録2018年5月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年7月4日-
マップ公開2018年7月4日-
更新2018年7月25日-
現状2018年7月25日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 9
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5zvt
  • 表面レベル: 9
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5zvt
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6969.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6969.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.7 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Icosahedral capsid of aquareovirus
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 900 pix.
= 838.8 Å		0.93 Å/pix.
x 900 pix.
= 838.8 Å		0.93 Å/pix.
x 900 pix.
= 838.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.932 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 9. / ムービー #1: 9
最小 - 最大-88.945359999999994 - 134.412659999999988
平均 (標準偏差)0.6796208 (±8.760672)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-450-450-450
サイズ900900900
Spacing900900900
セルA=B=C: 838.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.9320.9320.932
M x/y/z900900900
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z838.800838.800838.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-450-450-450
NC/NR/NS900900900
D min/max/mean-88.945134.4130.680

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_6969_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Grass carp reovirus

全体名称: Grass carp reovirus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Grass carp reovirus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Outer capsid VP7
    • タンパク質・ペプチド: N-terminus of outer capsid protein VP5
    • タンパク質・ペプチド: C-terminus of outer capsid protein VP5
    • タンパク質・ペプチド: Core protein VP6
    • タンパク質・ペプチド: VP1
    • タンパク質・ペプチド: VP3
  • リガンド: MYRISTIC ACID

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超分子 #1: Grass carp reovirus

超分子名称: Grass carp reovirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6 / NCBI-ID: 128987 / 生物種: Grass carp reovirus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
Host system生物種: Ctenopharyngodon idella (ソウギョ)

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分子 #1: Outer capsid VP7

分子名称: Outer capsid VP7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Grass carp reovirus (ウイルス)
分子量理論値: 29.844648 KDa
組換発現生物種: Ctenopharyngodon idella (ソウギョ)
配列文字列: MPLHMIPQVA HAMVRAAAAG RLTLYTRTRT ETTNFDHAEY VTCGRYTICA FCLTTLAPHA NVKTIQDSHA CSRQPNEAIR SLVEVSDKA QTALVGSRTV DYHELDVKAG FVAPTADETI APSKDIVELP FRTCDLDDSS ATACVRNHCQ AGHDGVIHLP I LSGDFKLP ...文字列:
MPLHMIPQVA HAMVRAAAAG RLTLYTRTRT ETTNFDHAEY VTCGRYTICA FCLTTLAPHA NVKTIQDSHA CSRQPNEAIR SLVEVSDKA QTALVGSRTV DYHELDVKAG FVAPTADETI APSKDIVELP FRTCDLDDSS ATACVRNHCQ AGHDGVIHLP I LSGDFKLP NEHPTKPLDD THPHDKVLTR CPKTGLLLVH DTHAHATAVV ATAATRAILM HDLLTSANAD DGHQARSACY GP AFNNLTF ACHSTCASDM AHFDCGQIVG LDLHVEPSD

-
分子 #2: N-terminus of outer capsid protein VP5

分子名称: N-terminus of outer capsid protein VP5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Grass carp reovirus (ウイルス)
分子量理論値: 4.302686 KDa
組換発現生物種: Ctenopharyngodon idella (ソウギョ)
配列文字列:
MGNVQTSVNT YNITGDGNSF TPTSDMTSTA APAIDLKPGV LN

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分子 #3: C-terminus of outer capsid protein VP5

分子名称: C-terminus of outer capsid protein VP5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Grass carp reovirus (ウイルス)
分子量理論値: 64.362086 KDa
組換発現生物種: Ctenopharyngodon idella (ソウギョ)
配列文字列: PTGKLWRPVG TSVATIDSLA IVSDRFGQYS FVNEGMRETF SKALFDINMW QPLFQATKTG CGPIVLSSFT TTTSGYVGAT AGDALDNPV TNGVFISTVQ IMNLQRTIAA RMRDVALWQK HLDTAMTMLT PDISAGSASC NWKSLLAFAK DILPLDNLCL T YPNEFYNV ...文字列:
PTGKLWRPVG TSVATIDSLA IVSDRFGQYS FVNEGMRETF SKALFDINMW QPLFQATKTG CGPIVLSSFT TTTSGYVGAT AGDALDNPV TNGVFISTVQ IMNLQRTIAA RMRDVALWQK HLDTAMTMLT PDISAGSASC NWKSLLAFAK DILPLDNLCL T YPNEFYNV AIHRYPALKP GNPDTKLPDA QAHPLGEVAG AFNAATSEVG SLVGSSSTLS QAISTMAGKD LDLIEADTPL PV SVFTPSL APRSYRPAFI KPEDAKWIAE FNNSSLIRKT LTYSGATYTV QLGPGPTRVI DMNAMIDSVL TLDVSGTILP YDT NPDLST SVPAFVLIQT SVPIQQVTTA ANITAITVVS AAGASAINLA INVRGQPRFN MLHLQATFER ETITGIPYIY GLGT FLIPS PTSSSNFSNP TLMDGLLTVT PVLLRETTYK GEVVDAIVPA TVMANQTSEE VASALANDAI VLVSNHLNKL ANVVG DAIP VASRTDDSAT SAIVSRLAVQ HKLSQVGQAS PTPPDYPLLW RRAKRAASMF VSNPSLALQV GIPVLTQSGM LSALTS GVG TALRTGSLGK GVTDASEKLR ARQSLTVAKQ AFFDQIGSLW PGK

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分子 #4: Core protein VP6

分子名称: Core protein VP6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Grass carp reovirus (ウイルス)
分子量理論値: 44.606535 KDa
組換発現生物種: Ctenopharyngodon idella (ソウギョ)
配列文字列: MAQRQFFGLT YNFYGQPAPL FDLNDLQELA GCYARPWTSR FSHLAISTGS LPVWSARYPS VASRNIVVNT LLGAHLNPFA GGQITSHQG ITWRDPVLSS LAPVPAIQPP PVWAVAENVL LDSNNYPTYV LNLSSMWPIN QDVHIMTMWA LSDQGPIYHL E VPVDPMPA ...文字列:
MAQRQFFGLT YNFYGQPAPL FDLNDLQELA GCYARPWTSR FSHLAISTGS LPVWSARYPS VASRNIVVNT LLGAHLNPFA GGQITSHQG ITWRDPVLSS LAPVPAIQPP PVWAVAENVL LDSNNYPTYV LNLSSMWPIN QDVHIMTMWA LSDQGPIYHL E VPVDPMPA ATTAALMAYT GVPIAHLAQT AYRFAGQLPQ SPDSTMVSTI RWLSAIWFGS LTGRLNRSRT CNGFYFEFAK PA LNPDQAV LKWNDGARAA PPAAAQSSYI RCISPHWQHQ IVEVAGALMS QSVTAVTGLP ALIDEATLPA WSQGVANLTG NGQ GVVPCL DYNPVPMAAA RHLQWRQDGL ITAAQEAQLN NDYTAYALTI ERHLTAMLVA NPIAAGRMPI QPFNAADFGQ AGQT AAAVA LAQAMFV

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分子 #5: VP1

分子名称: VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Grass carp reovirus (ウイルス)
分子量理論値: 141.512156 KDa
組換発現生物種: Ctenopharyngodon idella (ソウギョ)
配列文字列: MAAVFGIQLV PKLNTSTTRR TFLPLRFDLL LDRLQSTNLH GVLYRALDFN PVDRSATVIQ TYPPLNAWSP HHAFIENPLD YRDWTEFIH DRALAFVGVL TQRYPLTQNA QRYTNPLVLG AAFGDFLNAR SIDIFLDRLF YDPTQDSPIT AITKFPYQWT I DSNVTTDS ...文字列:
MAAVFGIQLV PKLNTSTTRR TFLPLRFDLL LDRLQSTNLH GVLYRALDFN PVDRSATVIQ TYPPLNAWSP HHAFIENPLD YRDWTEFIH DRALAFVGVL TQRYPLTQNA QRYTNPLVLG AAFGDFLNAR SIDIFLDRLF YDPTQDSPIT AITKFPYQWT I DSNVTTDS VRTSAGCKYI TLYGYDPSRP STPATYGKHR PTYATVFYYS TLPARSRLLA NLAAGPTVLE HFDSPTYGPH LL LPQTGDV LGYSSSLISQ AALLMVESVM DALRDNANAS ASTAVTRLDQ SYHPVTSFDP STFNTLLQRA TNLALLAVQG VQS ESAIPA IPTMSDVRSF VARLMAEGDP QQWFPYRVDQ ILYWPESPFV PPIGPFYAPF RPVNFPFTTG SYTVVPDASR PLRL LPQYR NATITVQQAD DAYEDTALSP LITTHGFCVT GGVFTSIYDI SGDPTAYPPA QLVDAPNDYF DRERMARRDL FRRLR APAD RSAIKDRAVF DFLASLVNPT TANPVLDTSF SMAYLGASSA HANADEPVIL ADIRSGSIPG LPIPRRIVQF GYDVVH GSL LDLSRAVPTG TFGLVYADLD QVEDAGTDMP AANRAAIAML GTALQMTTAG GVSVLKVNFP TRAFWTQVFN LYATHAT TL HLVKPTIVNS SEVFLVFGGR QSNGALRSTT ALQRALLSLY ARNAAIDRAV THIPFFGVPD DGTSDLGIDA VRLFDPMF S DAVANLPSNA LASLVSRVVP SSIMFTRVPS NGPVSTTIYG KRTFLSNRRR ARLRDVPMLI TTTLVHQRRF TTPPTFTLF SSEAVPVTTL VAAGYNSFIS EQTRNPNLAH LLDLGTGPEC RILSLIPPTL QVTMSDSRPC AELMASFDPA LTAYVQGDYS TAAFWNGIR CDSATAIFTI GAAAAAAGTD LIAFVQQLIP RIVAAGGTRM WLQLNTPLYE VSSLPDLIEI DLRDHVYRFN G GERVEPYA DPVPLQQAIA ALLPAAALSW HTLSPTCDWL PYIIGVGSPL NLSDINTAIS YSRLTPILHI DTTTPPLRVN PV PTPLNQQ CAIRITSLDP AAVLSVQHNG VEVIGGTPGN VISVAGAAAL QYILANQEFL LQFTPTLPGI FDVFLTTLGQ PPV PRGSFT ITPPPTTVAL NMPPPRQLDF TDVGNDARIT CDPYYQLAVC IFKDGQYVRV NPEKASVVTN APNRDLHFVL DLAD NHVLL YLCDVTPSGL GDRIAFPIVD IYRIAFPRNT PVRASLPYTG GGAHLTSGGN PFMSLTTPPA VLPAGVALAA LSTSV ATQY PTYTLPAGVY EYVIE

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分子 #6: VP3

分子名称: VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Grass carp reovirus (ウイルス)
分子量理論値: 132.203312 KDa
組換発現生物種: Ctenopharyngodon idella (ソウギョ)
配列文字列: MPRRSARKAQ SAIASPADTN VVPAKDAPTT NSPPSTTSPN QAAADANQQQ AGIVSSQSGP NAVGDSAPSS SVNNDGDIIT RPTSDSIAA VANATKPAAV VSDPQSMKVT PIVNPSSYVC NVCNARFSTM SALSEHLRSD HRDDASTLLA TPMINNAIRS F LTAWDDIR ...文字列:
MPRRSARKAQ SAIASPADTN VVPAKDAPTT NSPPSTTSPN QAAADANQQQ AGIVSSQSGP NAVGDSAPSS SVNNDGDIIT RPTSDSIAA VANATKPAAV VSDPQSMKVT PIVNPSSYVC NVCNARFSTM SALSEHLRSD HRDDASTLLA TPMINNAIRS F LTAWDDIR ILSPDVSSKS LSAYLDSAVA NGPELIIEDT GLCTSFMLLD NIPSAHLTKE LIGFTWFMQM YQMTPPLPEG AV NRIVCMT NWASLGDEGR GLEVRLPPPT DSSVHAYKTV LSRGYIDNAQ FNPLALRSNV LLMLLQFTLS NLKINKSSTF TSD VTTITS GRMIRAFEGR PELLALAYPG RAVLPTQTKN AQFLSTAIAD RIGRLDRANL IGGEVSAMVE CMELCDALTL HIRE TYIML LRSMHQDPTQ IVQIVNECAN NLLNSTIPIS LRPTILCPWF ASSEDLRLQQ VMHLVNISSN TAAALPLVEA LSTLL RSVT PLVLDPTVLT NAITTISEST TQTISPISEI LRLLQPMGND YAAFWKCIAS WAYNGLVTTV LSEDAFPDSS QSITHL PSM WKCLFLTLAG PMTSDPHSPV KVFMALANLL AQPEPIAIGV PGMHQTTPAS QFSHPGVWPP GFLNPQLINP QQAPLLR AF AEHIRANWPQ PSEFGYGSTL QGSANLFIPS NRMVYPWPNQ PLPRLTVAPT YDSAMSNWIS TTIAFFIRVV NSVNMTAT V NDLTRRTMTG VMTAMRQVKT MTPFYIQHMC PTELSVLASV TVTPPFQVPF TRLVQNDVIT NVLVARVDPA QRGDAAVDI RATHATFAAA LPVDPAAIVV AMLCGQTETN LIPSHHYGKA FAPLFASNAM FTRNQRAVIT REAFVCARSA VAQCQDAGFL VPRPLDALR QFDVTSAAAA EIMHAVNDAF KTAFDLDGAL LDGLALYGDP RIADLSAAYL QYGGNVVREH VPPGPSHIHR A LQQVESTF MAEMNLFNVA RGNLYLVQTA TNGNWSPMAP VAAPPFVRGG PNVRVVGRFG TIVPRPNGLE PQLIDDGNVP RD IAGDWVY PSDVLQVSVA VFRDYVWPMV KAGRTRVLVE LGHYVYTLHY YDPQISLDEA PILEEWLSKI NPAGIPPVPF CIP IPQVYP CITARRVHYA FTSENNNDSL FSTNAASIDT AFGENAAVSP LRWPGLVDPN YRVGTNDLPN RITLYNSLYR YNFT YPTLD GIMYVRSAT

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分子 #7: MYRISTIC ACID

分子名称: MYRISTIC ACID / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 10 / 式: MYR
分子量理論値: 228.371 Da
Chemical component information

ChemComp-MYR:
MYRISTIC ACID / ミリスチン酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 41000
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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