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万見
- EMDB-6964: Fit R10 Fab coordinates into the cryo-EM of EV71 in complex with A9 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6964
タイトルFit R10 Fab coordinates into the cryo-EM of EV71 in complex with A9
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of EV71 and A9 neutralizing antibody Fab
    • 複合体: EV71
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1
      • タンパク質・ペプチド: VP2
      • タンパク質・ペプチド: VP3
    • 複合体: A9 neutralizing antibody Fab
      • タンパク質・ペプチド: R10 ANTIBODY LIGHT CHAIN
      • タンパク質・ペプチド: R10 ANTIBODY HEAVY CHAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / viral capsid ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / symbiont entry into host cell / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain ...Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterovirus A71 (エンテロウイルス) / Mus musculoides (ネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.8 Å
データ登録者Wang X / Zhu L / Wang N
引用ジャーナル: mBio / 年: 2018
タイトル: Neutralization Mechanisms of Two Highly Potent Antibodies against Human Enterovirus 71.
著者: Ling Zhu / Kangwei Xu / Nan Wang / Lei Cao / Junlan Wu / Qiang Gao / Elizabeth E Fry / David I Stuart / Zihe Rao / Junzhi Wang / Xiangxi Wang /
要旨: Despite significant advances in health care, outbreaks of infections by enteroviruses (EVs) continue to plague the Asia-Pacific region every year. Enterovirus 71 (EV71) causes hand-foot-and-mouth ...Despite significant advances in health care, outbreaks of infections by enteroviruses (EVs) continue to plague the Asia-Pacific region every year. Enterovirus 71 (EV71) causes hand-foot-and-mouth disease (HFMD), for which there are currently no therapeutics. Here, we report two new antibodies, A9 and D6, that potently neutralize EV71. A9 exhibited a 50% neutralizing concentration (neut) value of 0.1 nM against EV71, which was 10-fold lower than that observed for D6. Investigation into the mechanisms of neutralization revealed that binding of A9 to EV71 blocks receptor binding but also destabilizes and damages the virus capsid structure. In contrast, D6 destabilizes the capsid only slightly but interferes more potently with the attachment of the virus to the host cells. Cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of A9 and D6 bound with EV71 shed light on the locations and nature of the epitopes recognized by the two antibodies. Although some regions of the epitopes recognized by the two antibodies overlap, there are differences that give rise to dissimilarities in potency as well as in the mechanisms of neutralization. Interestingly, the overlapping regions of the epitopes encompass the site that the virus uses to bind SCARB2, explaining the reason for the observed blocking of the virus-receptor interaction by the two antibodies. We also identified structural elements that might play roles in modulating the stability of the EV71 particles, including particle integrity. The molecular features of the A9 and D6 epitopes unveiled in this study open up new avenues for rationally designing antiviral drugs. During the course of viral infections, the human body produces neutralizing antibodies which play a defining role in clearing the virus. From this study, we report two new, highly potent neutralizing antibodies, A9 and D6, against enterovirus 71 (EV71), the causative agent of HFMD. Both antibodies prevent the virus from entering the host cell, a step that is important for establishing a successful infection. A9 destabilizes and damages the virus capsid that forms an outer protective covering around the genome of the virus, while also interfering with virus attachment to the host cells. In contrast, D6 only prevents binding of the virus to its receptor(s). The mechanism of neutralization of A9 is unique and has not been observed before for neutralizing antibodies targeting EVs. The two antibodies that we are reporting in this study have potential to be developed into much-needed therapeutic interventions for treatment of HFMD, outbreaks of which are reported every year in the Asia-Pacific region.
履歴
登録2018年5月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年12月25日-
マップ公開2019年12月25日-
更新2021年1月6日-
現状2021年1月6日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5zuf
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5zuf
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6964.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6964.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.12881522 - 0.18014663
平均 (標準偏差)0.00038155378 (±0.010382689)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 648.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z480480480
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z648.000648.000648.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS480480480
D min/max/mean-0.1290.1800.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of EV71 and A9 neutralizing antibody Fab

全体名称: Complex of EV71 and A9 neutralizing antibody Fab
要素
  • 複合体: Complex of EV71 and A9 neutralizing antibody Fab
    • 複合体: EV71
      • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1
      • タンパク質・ペプチド: VP2
      • タンパク質・ペプチド: VP3
    • 複合体: A9 neutralizing antibody Fab
      • タンパク質・ペプチド: R10 ANTIBODY LIGHT CHAIN
      • タンパク質・ペプチド: R10 ANTIBODY HEAVY CHAIN

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超分子 #1: Complex of EV71 and A9 neutralizing antibody Fab

超分子名称: Complex of EV71 and A9 neutralizing antibody Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: EV71

超分子名称: EV71 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
組換発現生物種: Chlorocebus aethiops (ミドリザル)

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超分子 #3: A9 neutralizing antibody Fab

超分子名称: A9 neutralizing antibody Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#5
由来(天然)生物種: Mus musculoides (ネズミ)
組換発現生物種: Mus musculoides (ネズミ)

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分子 #1: Capsid protein VP1

分子名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
分子量理論値: 32.787902 KDa
組換発現生物種: Chlorocebus aethiops (ミドリザル)
配列文字列: GDRVADVIES SIEDSSSRAL THALPAPTGQ NTQVSSHRLD TGKVPALQAA EIGASSNASD ESMIETRCVL NSHSTAETTL DSFFSRAGL VGEIDLPLKG TTNPNGYANW DIDITGYAQM RRKVELFTYM RFDAEFTFVA CTPTGEVVPQ LLQYMFVPPG A PKPDSRES ...文字列:
GDRVADVIES SIEDSSSRAL THALPAPTGQ NTQVSSHRLD TGKVPALQAA EIGASSNASD ESMIETRCVL NSHSTAETTL DSFFSRAGL VGEIDLPLKG TTNPNGYANW DIDITGYAQM RRKVELFTYM RFDAEFTFVA CTPTGEVVPQ LLQYMFVPPG A PKPDSRES LAWQTATNPS VFVKLSDPPA QVSVPFMSPA SAYQWFYDGY PTFGEHKQEK DLEYGAMPNN MMGTFSVRTV GT SKSKYPL VVRIYMRMKH VRAWIPRPMR NQNYLFKANP NYAGNSIKPT GASRTAITTL

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分子 #2: VP2

分子名称: VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
分子量理論値: 26.874252 KDa
組換発現生物種: Chlorocebus aethiops (ミドリザル)
配列文字列: SDRVAQLTIG NSTITTQEAA NIIVGYGEWP SYCSDSDATA VDKPTRPDVS VNRFYTLDTK LWEKSSKGWY WKFPDVLTET GVFGQNAQF HYLYRSGFCI HVQCNASKFH QGALLVAVLP EYVIGTVAGG TGTEDTHPPY KQTQPGADGF ELQHPYVLDA G IPISQLTV ...文字列:
SDRVAQLTIG NSTITTQEAA NIIVGYGEWP SYCSDSDATA VDKPTRPDVS VNRFYTLDTK LWEKSSKGWY WKFPDVLTET GVFGQNAQF HYLYRSGFCI HVQCNASKFH QGALLVAVLP EYVIGTVAGG TGTEDTHPPY KQTQPGADGF ELQHPYVLDA G IPISQLTV CPHQWINLRT NNCATIIVPY INALPFDSAL NHCNFGLLVV PISPLDYDQG ATPVIPITIT LAPMCSEFAG LR QAVTQ

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分子 #3: VP3

分子名称: VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
分子量理論値: 26.468225 KDa
組換発現生物種: Chlorocebus aethiops (ミドリザル)
配列文字列: GFPTELKPGT NQFLTTDDGV SAPILPNFHP TPCIHIPGEV RNLLELCQVE TILEVNNVPT NATSLMERLR FPVSAQAGKG ELCAVFRAD PGRNGPWQST LLGQLCGYYT QWSGSLEVTF MFTGSFMATG KMLIAYTPPG GPLPKDRATA MLGTHVIWDF G LQSSVTLV ...文字列:
GFPTELKPGT NQFLTTDDGV SAPILPNFHP TPCIHIPGEV RNLLELCQVE TILEVNNVPT NATSLMERLR FPVSAQAGKG ELCAVFRAD PGRNGPWQST LLGQLCGYYT QWSGSLEVTF MFTGSFMATG KMLIAYTPPG GPLPKDRATA MLGTHVIWDF G LQSSVTLV IPWISNTHYR AHARDGVFDY YTTGLVSIWY QTNYVVPIGA PNTAYIIALA AAQKNFTMKL CKDASDILQT GT IQ

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分子 #4: R10 ANTIBODY LIGHT CHAIN

分子名称: R10 ANTIBODY LIGHT CHAIN / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculoides (ネズミ)
分子量理論値: 23.283535 KDa
組換発現生物種: Mus musculoides (ネズミ)
配列文字列: DIVLTQSPAI MSASPGEKVT MTCSASSSVS YIHWYQQKSG TSPKRWIYDT SRLAFGVPGR FSGSGSGTSY SLTISSMEAE DAATYYCQQ WSSNYTFGGG TNLEIKRADA APTVSIFPPS SEQLTSGGAS VVCFLNNFYP KDINVKWKID GSERQNGVLN S WTDQDSKD ...文字列:
DIVLTQSPAI MSASPGEKVT MTCSASSSVS YIHWYQQKSG TSPKRWIYDT SRLAFGVPGR FSGSGSGTSY SLTISSMEAE DAATYYCQQ WSSNYTFGGG TNLEIKRADA APTVSIFPPS SEQLTSGGAS VVCFLNNFYP KDINVKWKID GSERQNGVLN S WTDQDSKD STYSMSSTLT LTKDEYERHN SYTCEATHKT STSPIVKSFN RNEC

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分子 #5: R10 ANTIBODY HEAVY CHAIN

分子名称: R10 ANTIBODY HEAVY CHAIN / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculoides (ネズミ)
分子量理論値: 23.67165 KDa
組換発現生物種: Mus musculoides (ネズミ)
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EVKLVESGGG SVKPGGSLKL SCAASGFSFS TYGMSWVRQT PEKRLEWVAT ISGGGGYTYY PDSVKGRFTI SRDNARNILY LQMSSLRSG DTAMYYCARR VTTVAEYYFD YWGQGTTLTV SSPKTTPPSV YPLAPAAAQT NSMVTLGCLV KGYFPEPVTV T WNSGSLSS GVHTFPAVLQ SDLYTLSSSV TVPSSTWPSE TVTCNVAHPA SSTKVDKKIV PR

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 20.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1100
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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