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- EMDB-6948: Volta phase contrast cryotomogram of a cryo-FIB lamella of an int... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6948
タイトルVolta phase contrast cryotomogram of a cryo-FIB lamella of an interphase HeLa cell
マップデータTomogram of a HeLa cell cryo-FIB lamella.
試料
  • 細胞: HeLa cell, interphase
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Cai S / Bock D / Pilhofer M / Gan L
資金援助 シンガポール, スイス, 4件
OrganizationGrant number国
Ministry of Education (Singapore)R-154-000-624-112 シンガポール
Ministry of Education (Singapore)R-154-000-A49-114 シンガポール
Swiss National Science Foundation スイス
European Research Council スイス
引用ジャーナル: Mol Biol Cell / 年: 2018
タイトル: The in situ structures of mono-, di-, and trinucleosomes in human heterochromatin.
著者: Shujun Cai / Désirée Böck / Martin Pilhofer / Lu Gan /
要旨: The in situ three-dimensional organization of chromatin at the nucleosome and oligonucleosome levels is unknown. Here we use cryo-electron tomography to determine the in situ structures of HeLa ...The in situ three-dimensional organization of chromatin at the nucleosome and oligonucleosome levels is unknown. Here we use cryo-electron tomography to determine the in situ structures of HeLa nucleosomes, which have canonical core structures and asymmetric, flexible linker DNA. Subtomogram remapping suggests that sequential nucleosomes in heterochromatin follow irregular paths at the oligonucleosome level. This basic principle of higher-order repressive chromatin folding is compatible with the conformational variability of the two linker DNAs at the single-nucleosome level.
履歴
登録2018年4月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年11月7日-
マップ公開2018年11月7日-
更新2020年8月5日-
現状2020年8月5日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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添付画像

emd_6948.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6948.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.8 GB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈Tomogram of a HeLa cell cryo-FIB lamella.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
6.9 Å/pix.
x 270 pix.
= 1863. Å		6.9 Å/pix.
x 1854 pix.
= 12792.601 Å		6.9 Å/pix.
x 1920 pix.
= 13248. Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.9 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-9269 - 4075
平均 (標準偏差)106.19745 (±303.7211)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-3233135
サイズ18541920270
Spacing19201854270
セルA: 13248.0 Å / B: 12792.601 Å / C: 1863.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z6.96.90000053937436.9
M x/y/z19201854270
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z13248.00012792.6011863.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ352352352
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS33-32135
NC/NR/NS19201854270
D min/max/mean-9269.0004075.000106.197

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : HeLa cell, interphase

全体名称: HeLa cell, interphase
要素
  • 細胞: HeLa cell, interphase

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超分子 #1: HeLa cell, interphase

超分子名称: HeLa cell, interphase / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: cervix

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7 / 詳細: yeast-extract supplemented
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 kV / 集束イオンビーム - 電流: 0.025 nA / 集束イオンビーム - Dose rate: 1 ions/(cm2*s) / 集束イオンビーム - 時間: 1 sec. / 集束イオンビーム - 温度: 119 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 2000 nm / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 200 nm
集束イオンビーム - 詳細: The value given for _emd_sectioning_focused_ion_beam.instrument is Helios NanoLab600i. This is not in a list of allowed values set(['DB235', 'OTHER']) so OTHER is ...集束イオンビーム - 詳細: The value given for _emd_sectioning_focused_ion_beam.instrument is Helios NanoLab600i. This is not in a list of allowed values set(['DB235', 'OTHER']) so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 61 / 平均電子線量: 2.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 14493 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.9) / 使用した粒子像数: 61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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