+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6926 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CryoEM structure of mature dengue virus-like particle at 13 Angstroms resolution | |||||||||
マップデータ | The single particle cryo-EM reconstruction of highly matured virus-like particles derived from DENV serotype 2 (mD2VLP). The images analyses were performed using EMAN2. | |||||||||
試料 |
| |||||||||
生物種 | dengue virus serotype 2 (デング熱ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Wu SR / Chao DY | |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2018 タイトル: Epitope resurfacing on dengue virus-like particle vaccine preparation to induce broad neutralizing antibody. 著者: Wen-Fan Shen / Jedhan Ucat Galula / Jyung-Hurng Liu / Mei-Ying Liao / Cheng-Hao Huang / Yu-Chun Wang / Han-Chung Wu / Jian-Jong Liang / Yi-Ling Lin / Matthew T Whitney / Gwong-Jen J Chang / ...著者: Wen-Fan Shen / Jedhan Ucat Galula / Jyung-Hurng Liu / Mei-Ying Liao / Cheng-Hao Huang / Yu-Chun Wang / Han-Chung Wu / Jian-Jong Liang / Yi-Ling Lin / Matthew T Whitney / Gwong-Jen J Chang / Sheng-Ren Chen / Shang-Rung Wu / Day-Yu Chao / 要旨: Dengue fever is caused by four different serotypes of dengue virus (DENV) which is the leading cause of worldwide arboviral diseases in humans. Virus-like particles (VLPs) containing flavivirus prM/E ...Dengue fever is caused by four different serotypes of dengue virus (DENV) which is the leading cause of worldwide arboviral diseases in humans. Virus-like particles (VLPs) containing flavivirus prM/E proteins have been demonstrated to be a potential vaccine candidate; however, the structure of dengue VLP is poorly understood. Herein VLP derived from DENV serotype-2 were engineered becoming highly matured (mD2VLP) and showed variable size distribution with diameter of ~31 nm forming the major population under cryo-electron microscopy examination. Furthermore, mD2VLP particles of 31 nm diameter possess a T = 1 icosahedral symmetry with a groove located within the E-protein dimers near the 2-fold vertices that exposed highly overlapping, cryptic neutralizing epitopes. Mice vaccinated with mD2VLP generated higher cross-reactive (CR) neutralization antibodies (NtAbs) and were fully protected against all 4 serotypes of DENV. Our results highlight the potential of 'epitope-resurfaced' mature-form D2VLPs in inducing quaternary structure-recognizing broad CR NtAbs to guide future dengue vaccine design. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6926.map.gz | 1.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-6926-v30.xml emd-6926.xml | 12.3 KB 12.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_6926.png | 125.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6926 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6926 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6926_validation.pdf.gz | 78.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_6926_full_validation.pdf.gz | 77.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6926_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6926 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6926 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6926.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | The single particle cryo-EM reconstruction of highly matured virus-like particles derived from DENV serotype 2 (mD2VLP). The images analyses were performed using EMAN2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : dengue virus serotype 2
全体 | 名称: dengue virus serotype 2 (デング熱ウイルス) |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: dengue virus serotype 2
超分子 | 名称: dengue virus serotype 2 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 詳細: The particles were produced from recombinant plasmid pVD2, expressing the prM, 80% and 20% COOH terminus of the envelope proteins of DENV-2 (Asian 1 genotype, strain 16681) and Japanese ...詳細: The particles were produced from recombinant plasmid pVD2, expressing the prM, 80% and 20% COOH terminus of the envelope proteins of DENV-2 (Asian 1 genotype, strain 16681) and Japanese encephalitis virus (strain SA14-14-2), respectively NCBI-ID: 11060 / 生物種: dengue virus serotype 2 / Sci species strain: 16681 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes |
---|---|
宿主 | 生物種: Aedes aegypti mosquitoes |
Host system | 生物種: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: glycoprotein E and M / 直径: 60.0 Å / T番号(三角分割数): 3 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL | ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: Solutions were made fresh to avoid contamination | ||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 87 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 詳細: blot for 3 seconds before plunging. | ||||||||
詳細 | the sample was monodisperse |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 2100F |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-12 (4k x 3k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 10.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient |
---|