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万見
- EMDB-6926: CryoEM structure of mature dengue virus-like particle at 13 Angst... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6926
タイトルCryoEM structure of mature dengue virus-like particle at 13 Angstroms resolution
マップデータThe single particle cryo-EM reconstruction of highly matured virus-like particles derived from DENV serotype 2 (mD2VLP). The images analyses were performed using EMAN2.
試料
  • ウイルス: dengue virus serotype 2 (デング熱ウイルス)
生物種dengue virus serotype 2 (デング熱ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.0 Å
データ登録者Wu SR / Chao DY
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Epitope resurfacing on dengue virus-like particle vaccine preparation to induce broad neutralizing antibody.
著者: Wen-Fan Shen / Jedhan Ucat Galula / Jyung-Hurng Liu / Mei-Ying Liao / Cheng-Hao Huang / Yu-Chun Wang / Han-Chung Wu / Jian-Jong Liang / Yi-Ling Lin / Matthew T Whitney / Gwong-Jen J Chang / ...著者: Wen-Fan Shen / Jedhan Ucat Galula / Jyung-Hurng Liu / Mei-Ying Liao / Cheng-Hao Huang / Yu-Chun Wang / Han-Chung Wu / Jian-Jong Liang / Yi-Ling Lin / Matthew T Whitney / Gwong-Jen J Chang / Sheng-Ren Chen / Shang-Rung Wu / Day-Yu Chao /
要旨: Dengue fever is caused by four different serotypes of dengue virus (DENV) which is the leading cause of worldwide arboviral diseases in humans. Virus-like particles (VLPs) containing flavivirus prM/E ...Dengue fever is caused by four different serotypes of dengue virus (DENV) which is the leading cause of worldwide arboviral diseases in humans. Virus-like particles (VLPs) containing flavivirus prM/E proteins have been demonstrated to be a potential vaccine candidate; however, the structure of dengue VLP is poorly understood. Herein VLP derived from DENV serotype-2 were engineered becoming highly matured (mD2VLP) and showed variable size distribution with diameter of ~31 nm forming the major population under cryo-electron microscopy examination. Furthermore, mD2VLP particles of 31 nm diameter possess a T = 1 icosahedral symmetry with a groove located within the E-protein dimers near the 2-fold vertices that exposed highly overlapping, cryptic neutralizing epitopes. Mice vaccinated with mD2VLP generated higher cross-reactive (CR) neutralization antibodies (NtAbs) and were fully protected against all 4 serotypes of DENV. Our results highlight the potential of 'epitope-resurfaced' mature-form D2VLPs in inducing quaternary structure-recognizing broad CR NtAbs to guide future dengue vaccine design.
履歴
登録2018年3月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年11月21日-
マップ公開2018年11月21日-
更新2018年11月21日-
現状2018年11月21日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 72
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 72
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6926.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6926.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The single particle cryo-EM reconstruction of highly matured virus-like particles derived from DENV serotype 2 (mD2VLP). The images analyses were performed using EMAN2.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4 Å/pix.
x 64 pix.
= 256. Å		4 Å/pix.
x 128 pix.
= 512. Å		4 Å/pix.
x 128 pix.
= 512. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 72. / ムービー #1: 72
最小 - 最大0. - 127.540000000000006
平均 (標準偏差)50.500480000000003 (±14.068339)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ12812864
Spacing12812864
セルA: 512.0 Å / B: 512.0 Å / C: 256.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z444
M x/y/z12812864
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z512.000512.000256.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ240240240
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS12812864
D min/max/mean0.000127.54050.500

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : dengue virus serotype 2

全体名称: dengue virus serotype 2 (デング熱ウイルス)
要素
  • ウイルス: dengue virus serotype 2 (デング熱ウイルス)

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超分子 #1: dengue virus serotype 2

超分子名称: dengue virus serotype 2 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: The particles were produced from recombinant plasmid pVD2, expressing the prM, 80% and 20% COOH terminus of the envelope proteins of DENV-2 (Asian 1 genotype, strain 16681) and Japanese ...詳細: The particles were produced from recombinant plasmid pVD2, expressing the prM, 80% and 20% COOH terminus of the envelope proteins of DENV-2 (Asian 1 genotype, strain 16681) and Japanese encephalitis virus (strain SA14-14-2), respectively
NCBI-ID: 11060 / 生物種: dengue virus serotype 2 / Sci species strain: 16681 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Aedes aegypti mosquitoes
Host system生物種: Chlorocebus aethiops (ミドリザル)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: glycoprotein E and M / 直径: 60.0 Å / T番号(三角分割数): 3

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式
50.0 mMTris-HCl
100.0 mMNaCl
0.1 mMEDTA

詳細: Solutions were made fresh to avoid contamination
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 87 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 詳細: blot for 3 seconds before plunging.
詳細the sample was monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2100F
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-12 (4k x 3k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 10.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

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画像解析

粒子像選択選択した数: 13514
CTF補正ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2)
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2) / 使用した粒子像数: 4217
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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