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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6919 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of HPV45 L1-only VLP | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 | HPV45 L1-only VLP != Human papillomavirus type 45 HPV45 L1-only VLP
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生物種 | Human papillomavirus type 45 (パピローマウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Li SW / Li ZH / He MZ | |||||||||
引用 | ジャーナル: Emerg Microbes Infect / 年: 2018 タイトル: N-terminal truncations on L1 proteins of human papillomaviruses promote their soluble expression in Escherichia coli and self-assembly in vitro. 著者: Minxi Wei / Daning Wang / Zhihai Li / Shuo Song / Xianglin Kong / Xiaobing Mo / Yurou Yang / Maozhou He / Zhongyi Li / Bo Huang / Zhijie Lin / Huirong Pan / Qingbing Zheng / Hai Yu / Ying Gu ...著者: Minxi Wei / Daning Wang / Zhihai Li / Shuo Song / Xianglin Kong / Xiaobing Mo / Yurou Yang / Maozhou He / Zhongyi Li / Bo Huang / Zhijie Lin / Huirong Pan / Qingbing Zheng / Hai Yu / Ying Gu / Jun Zhang / Shaowei Li / Ningshao Xia / 要旨: Human papillomavirus (HPV) is the causative agent in genital warts and nearly all cervical, anogenital, and oropharyngeal cancers. Nine HPV types (6, 11, 16, 18, 31, 33, 45, 52, and 58) are ...Human papillomavirus (HPV) is the causative agent in genital warts and nearly all cervical, anogenital, and oropharyngeal cancers. Nine HPV types (6, 11, 16, 18, 31, 33, 45, 52, and 58) are associated with about 90% of cervical cancers and 90% of genital warts. HPV neutralization by vaccine-elicited neutralizing antibodies can block viral infection and prevent HPV-associated diseases. However, there is only one commercially available HPV vaccine, Gardasil 9, produced from Saccharomyces cerevisiae that covers all nine types, raising the need for microbial production of broad-spectrum HPV vaccines. Here, we investigated whether N-terminal truncations of the major HPV capsid proteins L1, improve their soluble expression in Escherichia coli. We found that N-terminal truncations promoted the soluble expression of HPV 33 (truncated by 10 amino acids [aa]), 52 (15 aa), and 58 (10 aa). The resultant HPV L1 proteins were purified in pentamer form and extensively characterized with biochemical, biophysical, and immunochemical methods. The pentamers self-assembled into virus-like particles (VLPs) in vitro, and 3D cryo-EM reconstructions revealed that all formed T = 7 icosahedral particles having 50-60-nm diameters. Moreover, we formulated a nine-valent HPV vaccine candidate with aluminum adjuvant and L1 VLPs from four genotypes used in this study and five from previous work. Immunogenicity assays in mice and non-human primates indicated that this HPV nine-valent vaccine candidate elicits neutralizing antibody titers comparable to those induced by Gardasil 9. Our study provides a method for producing a nine-valent HPV vaccine in E. coli and may inform strategies for the soluble expression of other vaccine candidates. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6919.map.gz | 96.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6919-v30.xml emd-6919.xml | 7.8 KB 7.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_6919.png | 172.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6919 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6919 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6919_validation.pdf.gz | 77.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_6919_full_validation.pdf.gz | 76.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6919_validation.xml.gz | 493 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6919 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6919 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6919.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 262.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.22 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : HPV45 L1-only VLP
全体 | 名称: HPV45 L1-only VLP |
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要素 |
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-超分子 #1: Human papillomavirus type 45
超分子 | 名称: Human papillomavirus type 45 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 10593 / 生物種: Human papillomavirus type 45 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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Host system | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON I (4k x 4k) 平均電子線量: 25.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1200 |
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初期 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |
最終 角度割当 | タイプ: COMMON LINE |