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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6873 | |||||||||
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タイトル | A microtubule-dynein tethering complex regulates the axonemal inner dynein f (I1) | |||||||||
マップデータ | Chlamydomonas axoneme, FAP43-C-BCCP labeled with streptavidin | |||||||||
試料 |
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生物種 | Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 60.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Kubo T / Hou Y / Cochran DA / Witman GB / Oda T | |||||||||
引用 | ジャーナル: Mol Biol Cell / 年: 2018 タイトル: A microtubule-dynein tethering complex regulates the axonemal inner dynein f (I1). 著者: Tomohiro Kubo / Yuqing Hou / Deborah A Cochran / George B Witman / Toshiyuki Oda / 要旨: Motility of cilia/flagella is generated by a coordinated activity of thousands of dyneins. Inner dynein arms (IDAs) are particularly important for the formation of ciliary/flagellar waveforms, but ...Motility of cilia/flagella is generated by a coordinated activity of thousands of dyneins. Inner dynein arms (IDAs) are particularly important for the formation of ciliary/flagellar waveforms, but the molecular mechanism of IDA regulation is poorly understood. Here we show using cryoelectron tomography and biochemical analyses of Chlamydomonas flagella that a conserved protein FAP44 forms a complex that tethers IDA f (I1 dynein) head domains to the A-tubule of the axonemal outer doublet microtubule. In wild-type flagella, IDA f showed little nucleotide-dependent movement except for a tilt in the f β head perpendicular to the microtubule-sliding direction. In the absence of the tether complex, however, addition of ATP and vanadate caused a large conformational change in the IDA f head domains, suggesting that the movement of IDA f is mechanically restricted by the tether complex. Motility defects in flagella missing the tether demonstrates the importance of the IDA f-tether interaction in the regulation of ciliary/flagellar beating. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6873.map.gz | 8.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6873-v30.xml emd-6873.xml | 8.7 KB 8.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_6873_fsc.xml | 3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_6873.png | 59.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6873 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6873 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6873_validation.pdf.gz | 78.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_6873_full_validation.pdf.gz | 77.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6873_validation.xml.gz | 495 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6873 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6873 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6873.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 9.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Chlamydomonas axoneme, FAP43-C-BCCP labeled with streptavidin | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Axoneme, outer doublet microtubule
全体 | 名称: Axoneme, outer doublet microtubule |
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要素 |
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-超分子 #1: Axoneme, outer doublet microtubule
超分子 | 名称: Axoneme, outer doublet microtubule / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: FAP43-C-BCCP axoneme labeled with streptavidin |
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由来(天然) | 生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) 株: fap43fap244:FAP43-C-BCCP / Organelle: Flagella |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
濃度 | 0.02 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.2 |
グリッド | モデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot 5.5 sec before plunging. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 2100F |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F216 (2k x 2k) 検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 0.2 sec. / 平均電子線量: 1.6 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |