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万見
- EMDB-68372: Co-transcriptional histone H3K36 methylation complex containing R... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-68372
タイトルCo-transcriptional histone H3K36 methylation complex containing RNA polymerase II elongation complex, Set2, and the upstream nucleosome. (temp115, Spt6-Set2(AID) reconstruction)
マップデータ
試料
  • 複合体: Co-transcriptional histone H3K36 methylation complex containing RNA polymerase II elongation complex, Set2, and the upstream nucleosome. (temp115)
キーワードchromatin / nucleosome / TRANSCRIPTION
生物種Komagataella phaffii GS115 (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.77 Å
データ登録者Kujirai T / Ehara H / Ito T / Henmi M / Sekine S / Kurumizaka H
資金援助 日本, 12件
OrganizationGrant number国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP24ama121009 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20H05690 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP24H00062 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20H03201 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP23K17392 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP22K15033 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP24H02328 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP23H05475 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP20H05906 日本
Japan Science and TechnologyJPMJER1901 日本
Japan Science and TechnologyJPMJCR24T3 日本
Other privateDaiichi Sankyo Foundation for Life Science
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2026
タイトル: Structural basis of transcription-coupled H3K36 trimethylation by Set2 in coordination with FACT.
著者: Tomoya Kujirai / Haruhiko Ehara / Tomoko Ito / Masami Henmi / Eriko Oya / Takehiko Kobayashi / Shun-Ichi Sekine / Hitoshi Kurumizaka /
要旨: Trimethylation of the histone H3K36 residue (H3K36me3) plays an indispensable role in ensuring transcription fidelity by suppressing undesired cryptic transcription in chromatin. H3K36me3 ...Trimethylation of the histone H3K36 residue (H3K36me3) plays an indispensable role in ensuring transcription fidelity by suppressing undesired cryptic transcription in chromatin. H3K36me3 modification is accomplished by Set2/SETD2 during transcription elongation by the RNA polymerase II elongation complex (EC). Here, we found that Set2-mediated H3K36me3 deposition occurs on the nucleosome reassembling behind the EC. The histone chaperone FACT suppresses H3K36me3 deposition on the downstream nucleosome, thereby ensuring that Set2 targets specifically on the reassembling upstream nucleosome. Cryo-electron microscopy structures of the nucleosome-transcribing EC complexed with Set2 revealed that Set2 is anchored by the Spt6 subunit of the EC to capture both of the H3 N-terminal tails in a stepwise manner during the nucleosome reassembly process. Abrogation of the Set2-EC interaction leads to defective transcription-coupled H3K36me3 deposition. These insights elucidate the structure-based mechanism of transcription-coupled H3K36me3 deposition in chromatin.
履歴
登録2026年1月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月4日-
マップ公開2026年2月4日-
更新2026年4月29日-
現状2026年4月29日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_68372.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_68372.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.48 Å/pix.
x 220 pix.
= 324.5 Å		1.48 Å/pix.
x 220 pix.
= 324.5 Å		1.48 Å/pix.
x 220 pix.
= 324.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.475 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.035
最小 - 最大-0.051182486 - 0.15036032
平均 (標準偏差)0.00012757558 (±0.002985952)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 324.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_68372_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_68372_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Co-transcriptional histone H3K36 methylation complex containing R...

全体名称: Co-transcriptional histone H3K36 methylation complex containing RNA polymerase II elongation complex, Set2, and the upstream nucleosome. (temp115)
要素
  • 複合体: Co-transcriptional histone H3K36 methylation complex containing RNA polymerase II elongation complex, Set2, and the upstream nucleosome. (temp115)

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超分子 #1: Co-transcriptional histone H3K36 methylation complex containing R...

超分子名称: Co-transcriptional histone H3K36 methylation complex containing RNA polymerase II elongation complex, Set2, and the upstream nucleosome. (temp115)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#30
由来(天然)生物種: Komagataella phaffii GS115 (菌類)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 58.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.77 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 23223
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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