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- EMDB-6828: Cryo-EM structure of the RC-LH core complex from Roseiflexus cast... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6828
タイトルCryo-EM structure of the RC-LH core complex from Roseiflexus castenholzii
マップデータ
試料
  • 複合体: photosynthetic core complex
    • タンパク質・ペプチド: alpha
    • タンパク質・ペプチド: beta
    • タンパク質・ペプチド: LM
    • タンパク質・ペプチド: cytochrome c
機能・相同性
機能・相同性情報


organelle inner membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / chlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding ...organelle inner membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / chlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Antenna complex alpha/beta subunit ...Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Antenna complex, beta domain superfamily / Antenna complex, alpha subunit conserved site / Antenna complexes alpha subunits signature. / Light-harvesting protein B beta chain / Antenna complex, alpha/beta subunit / Light-harvesting complex / Antenna complex alpha/beta subunit / Photosynthetic reaction centre, L subunit / Multiheme cytochrome superfamily / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome subunit of photosynthetic reaction center / Reaction center protein L chain / Alpha subunit of light-harvesting 1 / Beta subunit of light-harvesting 1
類似検索 - 構成要素
生物種Roseiflexus castenholzii (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Xin YY / Shi Y / Niu TX / Wang QQ / Niu WQ / Huang XJ / Ding W / Blankenship RE / Xu XL / Sun F
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Cryo-EM structure of the RC-LH core complex from an early branching photosynthetic prokaryote.
著者: Yueyong Xin / Yang Shi / Tongxin Niu / Qingqiang Wang / Wanqiang Niu / Xiaojun Huang / Wei Ding / Lei Yang / Robert E Blankenship / Xiaoling Xu / Fei Sun /
要旨: Photosynthetic prokaryotes evolved diverse light-harvesting (LH) antennas to absorb sunlight and transfer energy to reaction centers (RC). The filamentous anoxygenic phototrophs (FAPs) are important ...Photosynthetic prokaryotes evolved diverse light-harvesting (LH) antennas to absorb sunlight and transfer energy to reaction centers (RC). The filamentous anoxygenic phototrophs (FAPs) are important early branching photosynthetic bacteria in understanding the origin and evolution of photosynthesis. How their photosynthetic machinery assembles for efficient energy transfer is yet to be elucidated. Here, we report the 4.1 Å structure of photosynthetic core complex from Roseiflexus castenholzii by cryo-electron microscopy. The RC-LH complex has a tetra-heme cytochrome c bound RC encompassed by an elliptical LH ring that is assembled from 15 LHαβ subunits. An N-terminal transmembrane helix of cytochrome c inserts into the LH ring, not only yielding a tightly bound cytochrome c for rapid electron transfer, but also opening a slit in the LH ring, which is further flanked by a transmembrane helix from a newly discovered subunit X. These structural features suggest an unusual quinone exchange model of prokaryotic photosynthetic machinery.
履歴
登録2017年9月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年5月2日-
マップ公開2018年5月2日-
更新2018年5月2日-
現状2018年5月2日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5yq7
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6828.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6828.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.12 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.058336068 - 0.144149
平均 (標準偏差)0.00085138995 (±0.0071420637)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 215.04001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.121.121.12
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z215.040215.040215.040
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-0.0580.1440.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : photosynthetic core complex

全体名称: photosynthetic core complex
要素
  • 複合体: photosynthetic core complex
    • タンパク質・ペプチド: alpha
    • タンパク質・ペプチド: beta
    • タンパク質・ペプチド: LM
    • タンパク質・ペプチド: cytochrome c

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超分子 #1: photosynthetic core complex

超分子名称: photosynthetic core complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Roseiflexus castenholzii (バクテリア)
分子量理論値: 330 KDa

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分子 #1: alpha

分子名称: alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Roseiflexus castenholzii (バクテリア)
配列文字列:
MKDRPFEFRT SVVVSTLLGL VMALLIHFVV LSSGAFNWLR AP

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分子 #2: beta

分子名称: beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Roseiflexus castenholzii (バクテリア)
配列文字列:
MTDKPQNDLV PDQWKPLFNN AQWLVHDIVV KTIYGGLIIA VIAHVLCWAW TPWIR

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分子 #3: LM

分子名称: LM / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Roseiflexus castenholzii (バクテリア)
配列文字列: MSAVPRALPL PSGETLPAEA ISSTGSQAAS AEVIPFSIIE EFYKRPGKTL AARFFGVDPF DFWIGRFYVG LFGAISIIGI ILGVAFYLYE GVVNEGTLNI LAMRIEPPPV SQGLNVDPAQ PGFFWFLTMV AATIAFVGWL LRQIDISLKL DMGMEVPIAF GAVVSSWITL ...文字列:
MSAVPRALPL PSGETLPAEA ISSTGSQAAS AEVIPFSIIE EFYKRPGKTL AARFFGVDPF DFWIGRFYVG LFGAISIIGI ILGVAFYLYE GVVNEGTLNI LAMRIEPPPV SQGLNVDPAQ PGFFWFLTMV AATIAFVGWL LRQIDISLKL DMGMEVPIAF GAVVSSWITL QWLRPIAMGA WGHGFPLGIT HHLDWVSNIG YQYYNFFYNP FHAIGITLLF ASTLFLHMHG SAVLSEAKRN ISDQNIHVFW RNILGYSIGE IGIHRVAFWT GAASVLFSNL CIFLSGTFVK DWNAFWGFWD KMPIWNGVGQ GALVAGLSLL GVGLVLGRGR ETPGPIDLHD EEYRDGLEGT IAKPPGHVGW MQRLLGEGQV GPIYVGLWGV ISFITFFASA FIILVDYGRQ VGWNPIIYLR EFWNLAVYPP PTEYGLSWNV PWDKGGAWLA ATFFLHISVL TWWARLYTRA KATGVGTQLA WGFASALSLY FVIYLFHPLA LGNWSAAPGH GFRAILDWTN YVSIHWGNFY YNPFHMLSIF FLLGSTLLLA MHGATIVATS KWKSEMEFTE MMAEGPGTQR AQLFWRWVMG WNANSYNIHI WAWWFAAFTA ITGAIGLFLS GTLVPDWYAW GETAKIVAPW PNPDWAQYVF R

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分子 #4: cytochrome c

分子名称: cytochrome c / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Roseiflexus castenholzii (バクテリア)
配列文字列: MIQQPPTLFP EITNTVRGRF YIVAGIISVV MAVASIAIFW WIFYTITPAP APPLQNPIYV NYTQEPTDYI SAESLAAMNA YIQANPQPQA VQVLKGMTTA QISAYMVAQV SGGLKVDCSY CHNIANFAQQ DGYPNAAKKV TARKMMLMSA DLNQNYTAKL PASVGGYQIT ...文字列:
MIQQPPTLFP EITNTVRGRF YIVAGIISVV MAVASIAIFW WIFYTITPAP APPLQNPIYV NYTQEPTDYI SAESLAAMNA YIQANPQPQA VQVLKGMTTA QISAYMVAQV SGGLKVDCSY CHNIANFAQQ DGYPNAAKKV TARKMMLMSA DLNQNYTAKL PASVGGYQIT CATCHNGKAA GLEPYPIEIM NTLPNDWRLP LELDYPGGLV VTGRKDVSNH EVEQNQFAMY HMNVSMGQGC TFCHNARYFP SYEIAQKNHS IIMLQMTKHI QETYVAPGGR IADGIMAGKS PSCWLCHQGA NIPPGAAKPG QVPAVLSSTP

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 289 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.0 µm / 倍率（補正後）: 73661 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: The startup model was generated by EMAN2.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 148618
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
Projection matching processing - Angular sampling: 7.5 degrees
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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