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万見
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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6766
タイトルLocal map for the Ha region of the phycobilisome from the red alga Griffithsia pacifica
マップデータ
試料
  • 複合体: phycobilisome from the red alga Griffithsia pacifica
生物種Griffithsia pacifica (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.95 Å
データ登録者Zhang J / Ma JF / Sun S / Sui SF
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Structure of phycobilisome from the red alga Griffithsia pacifica.
著者: Jun Zhang / Jianfei Ma / Desheng Liu / Song Qin / Shan Sun / Jindong Zhao / Sen-Fang Sui /
要旨: Life on Earth depends on photosynthesis for its conversion of solar energy to chemical energy. Photosynthetic organisms have developed a variety of light-harvesting systems to capture sunlight. The ...Life on Earth depends on photosynthesis for its conversion of solar energy to chemical energy. Photosynthetic organisms have developed a variety of light-harvesting systems to capture sunlight. The largest light-harvesting complex is the phycobilisome (PBS), the main light-harvesting antenna in cyanobacteria and red algae. It is composed of phycobiliproteins and linker proteins but the assembly mechanisms and energy transfer pathways of the PBS are not well understood. Here we report the structure of a 16.8-megadalton PBS from a red alga at 3.5 Å resolution obtained by single-particle cryo-electron microscopy. We modelled 862 protein subunits, including 4 linkers in the core, 16 rod-core linkers and 52 rod linkers, and located a total of 2,048 chromophores. This structure reveals the mechanisms underlying specific interactions between linkers and phycobiliproteins, and the formation of linker skeletons. These results provide a firm structural basis for our understanding of complex assembly and the mechanisms of energy transfer within the PBS.
履歴
登録2017年6月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年10月25日-
マップ公開2017年10月25日-
更新2017年11月15日-
現状2017年11月15日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6766.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6766.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 669.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.32 Å/pix.
x 560 pix.
= 739.2 Å		1.32 Å/pix.
x 560 pix.
= 739.2 Å		1.32 Å/pix.
x 560 pix.
= 739.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.32 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.15229729 - 0.20369658
平均 (標準偏差)0.00010476452 (±0.006996343)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ560560560
Spacing560560560
セルA=B=C: 739.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.321.321.32
M x/y/z560560560
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z739.200739.200739.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS560560560
D min/max/mean-0.1520.2040.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : phycobilisome from the red alga Griffithsia pacifica

全体名称: phycobilisome from the red alga Griffithsia pacifica
要素
  • 複合体: phycobilisome from the red alga Griffithsia pacifica

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超分子 #1: phycobilisome from the red alga Griffithsia pacifica

超分子名称: phycobilisome from the red alga Griffithsia pacifica
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Griffithsia pacifica (真核生物)
分子量実験値: 16.8 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Qiagen / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: The grid was coated with holy carbon
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 289.15 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 8.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.3 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.4 µm / 倍率（補正後）: 22500 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.3 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.4 µm / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: produced by spider
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 53403
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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