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万見
- EMDB-6754: Electrostatic interaction between polyglutamylated tubulin and th... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6754
タイトルElectrostatic interaction between polyglutamylated tubulin and the nexin-dynein regulatory complex regulates flagellar motility
マップデータDMT structure of pf2pf3 axoneme labeled with polyE2 Fab
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Outer doublet microtubule of pf2fp3 axoneme labeled with polyE2 Fab fragments
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 50.0 Å
データ登録者Kubo T / Oda T
引用ジャーナル: Mol Biol Cell / 年: 2017
タイトル: Electrostatic interaction between polyglutamylated tubulin and the nexin-dynein regulatory complex regulates flagellar motility.
著者: Tomohiro Kubo / Toshiyuki Oda /
要旨: Tubulins undergo various posttranslational modifications. Among them, polyglutamylation is involved in the motility of eukaryotic flagella and the stability of the axonemal microtubules. However, it ...Tubulins undergo various posttranslational modifications. Among them, polyglutamylation is involved in the motility of eukaryotic flagella and the stability of the axonemal microtubules. However, it remains unclear where polyglutamylated tubulin localizes precisely within the axoneme and how tubulin polyglutamylation affects flagellar motility. In this study, we identified the three-dimensional localization of the polyglutamylated tubulin in flagella using antibody labeling and cryo-electron tomography. Polyglutamylated tubulins specifically located in close proximity to a microtubule-cross-bridging structure called the nexin-dynein regulatory complex (N-DRC). Because N-DRC is positively charged, we hypothesized that there is an electrostatic interaction between the polyglutamylated tubulin and the N-DRC, and therefore we mutated the amino acid sequences of DRC4 to modify the charge of the N-DRC. We found that both augmentation and reduction of the positive charge on DRC4 resulted in reduced flagellar motility Moreover, reduced motility in a mutant with a structurally defective N-DRC was partially restored by increasing the positive charge on DRC4. These results clearly indicate that beating motion of flagella is maintained by the electrostatic cross-bridge formed between the negatively charged polyglutamylated tubulins and the positively charged N-DRC.
履歴
登録2017年6月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年7月12日-
マップ公開2017年7月12日-
更新2018年6月20日-
現状2018年6月20日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 252
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 252
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6754.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6754.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 11.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈DMT structure of pf2pf3 axoneme labeled with polyE2 Fab
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
7.2 Å/pix.
x 120 pix.
= 864. Å		7.2 Å/pix.
x 200 pix.
= 1440. Å		7.2 Å/pix.
x 125 pix.
= 900. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 7.2 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 252. / ムービー #1: 252
最小 - 最大0.46568298 - 525.384400000000028
平均 (標準偏差)206.893810000000002 (±94.995639999999995)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200125120
Spacing125200120
セルA: 900.0 Å / B: 1440.0 Å / C: 864.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z7.27.27.2
M x/y/z125200120
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z900.0001440.000864.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS125200120
D min/max/mean0.466525.384206.894

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Outer doublet microtubule of pf2fp3 axoneme labeled with polyE2 F...

全体名称: Outer doublet microtubule of pf2fp3 axoneme labeled with polyE2 Fab fragments
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Outer doublet microtubule of pf2fp3 axoneme labeled with polyE2 Fab fragments

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超分子 #1: Outer doublet microtubule of pf2fp3 axoneme labeled with polyE2 F...

超分子名称: Outer doublet microtubule of pf2fp3 axoneme labeled with polyE2 Fab fragments
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
Organelle: cilia

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度0.02 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
詳細: 30 mM Hepes-NaOH pH 7.2, 5 mM MgCl2, 1 mM dithiothreitol, 1 mM EGTA, 50 mM NaCl
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 5.5 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3100FEF
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Omega
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 1.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 914 HIGH TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER TOMOGRAPHY HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 50.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PEET / 使用したサブトモグラム数: 846
抽出トモグラム数: 9 / 使用した粒子像数: 1035 / ソフトウェア - 名称: PEET
CTF補正ソフトウェア - 名称: IMOD
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: PEET
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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