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万見
- EMDB-6750: Representative tomogram for the Trypanosoma brucei zoid cell with... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6750
タイトルRepresentative tomogram for the Trypanosoma brucei zoid cell without flagellar wave
マップデータ
試料
  • 細胞: Trypanosoma brucei cell
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Sun SY / Kaelber JT / Chen M / Shi J / Schmid MF / Chiu W / He CY
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018
タイトル: Flagellum couples cell shape to motility in .
著者: Stella Y Sun / Jason T Kaelber / Muyuan Chen / Xiaoduo Dong / Yasaman Nematbakhsh / Jian Shi / Matthew Dougherty / Chwee Teck Lim / Michael F Schmid / Wah Chiu / Cynthia Y He /
要旨: In the unicellular parasite the causative agent of human African sleeping sickness, complex swimming behavior is driven by a flagellum laterally attached to the long and slender cell body. Using ...In the unicellular parasite the causative agent of human African sleeping sickness, complex swimming behavior is driven by a flagellum laterally attached to the long and slender cell body. Using microfluidic assays, we demonstrated that can penetrate through an orifice smaller than its maximum diameter. Efficient motility and penetration depend on active flagellar beating. To understand how active beating of the flagellum affects the cell body, we genetically engineered to produce anucleate cytoplasts (zoids and minis) with different flagellar attachment configurations and different swimming behaviors. We used cryo-electron tomography (cryo-ET) to visualize zoids and minis vitrified in different motility states. We showed that flagellar wave patterns reflective of their motility states are coupled to cytoskeleton deformation. Based on these observations, we propose a mechanism for how flagellum beating can deform the cell body via a flexible connection between the flagellar axoneme and the cell body. This mechanism may be critical for to disseminate in its host through size-limiting barriers.
履歴
登録2017年6月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年6月13日-
マップ公開2018年6月13日-
更新2018年12月26日-
現状2018年12月26日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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添付画像

emd_6750.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6750.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 733.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
ボクセルのサイズX=Y=Z: 57.33 Å
密度
最小 - 最大-128. - 127.
平均 (標準偏差)35.983806999999999 (±16.796652000000002)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin52-249-25
サイズ19861606241
Spacing16061986241
セルA: 92071.984 Å / B: 113857.38 Å / C: 13816.53 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeenvelope stored as signed bytes (from -128 lowest to 127 highest)
Å/pix. X/Y/Z57.3300024906657.33000151057457.33
M x/y/z16061986241
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z92071.984113857.38313816.530
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-24952-25
NC/NR/NS16061986241
D min/max/mean-128.000127.00035.984

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Trypanosoma brucei cell

全体名称: Trypanosoma brucei cell
要素
  • 細胞: Trypanosoma brucei cell

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超分子 #1: Trypanosoma brucei cell

超分子名称: Trypanosoma brucei cell / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
グリッドモデル: EMS lacey carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細2,000-3,000 cells/ml
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Electron Microsocpy Science / 直径: 25 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 1.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 40

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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