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- EMDB-6743: Structure of M-LHCII and CP24 complexes in the stacked C2S2M2-typ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6743
タイトルStructure of M-LHCII and CP24 complexes in the stacked C2S2M2-type PSII-LHCII supercomplex from Pisum sativum
マップデータNone
試料
  • 複合体: M-LHCII and CP24 complexes in the stacked C2S2M2-type PSII-LHCII supercomplex from Pisum sativum
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein 8, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Light harvesting chlorophyll a/b-binding protein Lhcb6, CP24
  • リガンド: CHLOROPHYLL B
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: BETA-CAROTENE
キーワードPhotosystem II / M-LHCII and CP24 complexes / PSII-LHCII / C2S2M2 supercomplex / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


photosynthesis, light harvesting / photosystem I / photosystem II / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein 8, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Pisum sativum (エンドウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Su XD / Ma J / Wei XP / Cao P / Zhu DJ / Chang WR / Liu ZF / Zhang XZ / Li M
資金援助 中国, 4件
OrganizationGrant number国
The Strategic Priority Research Program of CASXDB08020302 中国
The Key Research Program of Frontier Sciences of CASQYZDB-SSW-SMC005 中国
National 973 project grant2011CBA00900 中国
National Natural Science Foundation of China31570724 and 31270793 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: Structure and assembly mechanism of plant CSM-type PSII-LHCII supercomplex.
著者: Xiaodong Su / Jun Ma / Xuepeng Wei / Peng Cao / Dongjie Zhu / Wenrui Chang / Zhenfeng Liu / Xinzheng Zhang / Mei Li /
要旨: In plants, the photosynthetic machinery photosystem II (PSII) consists of a core complex associated with variable numbers of light-harvesting complexes II (LHCIIs). The supercomplex, comprising a ...In plants, the photosynthetic machinery photosystem II (PSII) consists of a core complex associated with variable numbers of light-harvesting complexes II (LHCIIs). The supercomplex, comprising a dimeric core and two strongly bound and two moderately bound LHCIIs (CSM), is the dominant form in plants acclimated to limited light. Here we report cryo-electron microscopy structures of two forms of CSM (termed stacked and unstacked) from at 2.7- and 3.2-angstrom resolution, respectively. In each CSM, the moderately bound LHCII assembles specifically with a peripheral antenna complex CP24-CP29 heterodimer and the strongly bound LHCII, to establish a pigment network that facilitates light harvesting at the periphery and energy transfer into the core. The high mobility of peripheral antennae, including the moderately bound LHCII and CP24, provides insights into functional regulation of plant PSII.
履歴
登録2017年5月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年9月27日-
マップ公開2017年9月27日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.028
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.028
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5xnn
  • 表面レベル: 0.028
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6743.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6743.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈None
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 150 pix.
= 156. Å		1.04 Å/pix.
x 150 pix.
= 156. Å		1.04 Å/pix.
x 150 pix.
= 156. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.028 / ムービー #1: 0.028
最小 - 最大-0.08030502 - 0.112424865
平均 (標準偏差)0.00075674115 (±0.0074199056)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-75-75-75
サイズ150150150
Spacing150150150
セルA=B=C: 156.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.041.041.04
M x/y/z150150150
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z156.000156.000156.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-75-75-75
NC/NR/NS150150150
D min/max/mean-0.0800.1120.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : M-LHCII and CP24 complexes in the stacked C2S2M2-type PSII-LHCII ...

全体名称: M-LHCII and CP24 complexes in the stacked C2S2M2-type PSII-LHCII supercomplex from Pisum sativum
要素
  • 複合体: M-LHCII and CP24 complexes in the stacked C2S2M2-type PSII-LHCII supercomplex from Pisum sativum
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein 8, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: Light harvesting chlorophyll a/b-binding protein Lhcb6, CP24
  • リガンド: CHLOROPHYLL B
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
  • リガンド: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: BETA-CAROTENE

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超分子 #1: M-LHCII and CP24 complexes in the stacked C2S2M2-type PSII-LHCII ...

超分子名称: M-LHCII and CP24 complexes in the stacked C2S2M2-type PSII-LHCII supercomplex from Pisum sativum
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)

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分子 #1: Chlorophyll a-b binding protein 8, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein 8, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
分子量理論値: 24.952113 KDa
配列文字列: RKSATTKKVA SSGSPWYGPD RVKYLGPFSG ESPSYLTGEF PGDYGWDTAG LSADPETFSK NRELEVIHSR WAMLGALGCV FPELLSRNG VKFGEAVWFK AGSQIFSEGG LDYLGNPSLV HAQSILAIWA TQVILMGAVE GYRIAGGPLG EVVDPLYPGG S FDPLGLAD ...文字列:
RKSATTKKVA SSGSPWYGPD RVKYLGPFSG ESPSYLTGEF PGDYGWDTAG LSADPETFSK NRELEVIHSR WAMLGALGCV FPELLSRNG VKFGEAVWFK AGSQIFSEGG LDYLGNPSLV HAQSILAIWA TQVILMGAVE GYRIAGGPLG EVVDPLYPGG S FDPLGLAD DPEAFAELKV KELKNGRLAM FSMFGFFVQA IVTGKGPLEN LADHLSDPVN NNAWSYATNF VPGK

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein 8, chloroplastic

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分子 #2: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

分子名称: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
分子量理論値: 26.54524 KDa
配列文字列: RKSANPLRDV VAMGTSKFTM GNDLWYGPDR VKYLGPFSAQ TPSYLTGEFP GDYGWDTAGL SADPEAFAKN RALEVIHGRW AMLGALGCI TPEVLQKWVR VDFKEPVWFK AGSQIFSEGG LDYLGNPNLV HAQSILAVLG FQIVLMGLVE GFRINGLPDV G EGNDLYPG ...文字列:
RKSANPLRDV VAMGTSKFTM GNDLWYGPDR VKYLGPFSAQ TPSYLTGEFP GDYGWDTAGL SADPEAFAKN RALEVIHGRW AMLGALGCI TPEVLQKWVR VDFKEPVWFK AGSQIFSEGG LDYLGNPNLV HAQSILAVLG FQIVLMGLVE GFRINGLPDV G EGNDLYPG GQYFDPLGLA DDPVTFAELK VKEIKNGRLA MFSMFGFFVQ AIVTGKGPLE NLLDHLDNPV ANNAWVYATK FV PGA

UniProtKB: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

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分子 #3: Light harvesting chlorophyll a/b-binding protein Lhcb6, CP24

分子名称: Light harvesting chlorophyll a/b-binding protein Lhcb6, CP24
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pisum sativum (エンドウ)
分子量理論値: 22.858957 KDa
配列文字列: AASAPKKSWI PGVSFGGNLV DPEWLDGSLP GDFGFDPLGL GKDPAFLKWY REAELIHGRW AMAAVLGIFV GQAWSGVPWF EAGADPNAI APFSFGTLLG TQLILMGWVE SKRWVDFFNP DSQSVEWATP WSKTAENFVN STGEQGYPGG KFFDPLSLAG T IENGVYIP ...文字列:
AASAPKKSWI PGVSFGGNLV DPEWLDGSLP GDFGFDPLGL GKDPAFLKWY REAELIHGRW AMAAVLGIFV GQAWSGVPWF EAGADPNAI APFSFGTLLG TQLILMGWVE SKRWVDFFNP DSQSVEWATP WSKTAENFVN STGEQGYPGG KFFDPLSLAG T IENGVYIP DTDKLERLKL AEIKHARLAM LAMLIFYFEA GQGKTPLGAL GL

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分子 #4: CHLOROPHYLL B

分子名称: CHLOROPHYLL B / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 23 / 式: CHL
分子量理論値: 907.472 Da
Chemical component information

ChemComp-CHL:
CHLOROPHYLL B

+
分子 #5: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 30 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

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分子 #6: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

分子名称: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 7 / 式: LUT
分子量理論値: 568.871 Da
Chemical component information

ChemComp-LUT:
(3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL

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分子 #7: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BE...

分子名称: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 4 / 式: XAT
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-XAT:
(3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / 13-cis-ビオラキサンチン

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分子 #8: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY...

分子名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5- ...名称: (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL
タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 3 / 式: NEX
分子量理論値: 600.87 Da
Chemical component information

ChemComp-NEX:
(1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL

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分子 #9: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 4 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / リン脂質*YM

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分子 #10: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.0 mg/mL
緩衝液pH: 5.7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 136521
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-5xnn:
Structure of M-LHCII and CP24 complexes in the stacked C2S2M2-type PSII-LHCII supercomplex from Pisum sativum

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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