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万見
- EMDB-6708: Intact ATR/Mec1-ATRIP/Ddc2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6708
タイトルIntact ATR/Mec1-ATRIP/Ddc2 complex
マップデータ
試料
  • 複合体: ATR/Mec1-ATRIP/Ddc2
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase MEC1
    • タンパク質・ペプチド: DNA damage checkpoint protein LCD1
キーワードATR/Mec1 / Kinase / Dimeric / TRANSFERASE / TRANSFERASE-DNA BINDING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ATR-ATRIP complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication / telomere maintenance via recombination / regulation of double-strand break repair / reciprocal meiotic recombination / nucleobase-containing compound metabolic process / nuclear chromosome / signal transduction in response to DNA damage / telomere maintenance via telomerase / telomere maintenance ...ATR-ATRIP complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication / telomere maintenance via recombination / regulation of double-strand break repair / reciprocal meiotic recombination / nucleobase-containing compound metabolic process / nuclear chromosome / signal transduction in response to DNA damage / telomere maintenance via telomerase / telomere maintenance / DNA damage checkpoint signaling / establishment of protein localization / chromatin organization / chromosome / DNA recombination / damaged DNA binding / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / DNA replication / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / DNA repair / protein serine/threonine kinase activity / mitochondrion / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA damage checkpoint protein, Lcd1 / DNA damage checkpoint protein / UME domain / UME (NUC010) domain / Domain in UVSB PI-3 kinase, MEI-41 and ESR-1 / Serine/threonine-protein kinase ATR-like, HEAT repeats / : / FATC domain / PIK-related kinase, FAT / FAT domain ...DNA damage checkpoint protein, Lcd1 / DNA damage checkpoint protein / UME domain / UME (NUC010) domain / Domain in UVSB PI-3 kinase, MEI-41 and ESR-1 / Serine/threonine-protein kinase ATR-like, HEAT repeats / : / FATC domain / PIK-related kinase, FAT / FAT domain / FATC / FATC domain / PIK-related kinase / FAT domain profile. / FATC domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Armadillo-type fold / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase MEC1 / DNA damage checkpoint protein LCD1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Wang X / Ran T
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
National Basic Research Program2014CB910700 中国
National Basic Research Program2013CB910200 中国
National Natural Science Foundation of China31222017 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: 3.9 Å structure of the yeast Mec1-Ddc2 complex, a homolog of human ATR-ATRIP.
著者: Xuejuan Wang / Tingting Ran / Xuan Zhang / Jiyu Xin / Zhihui Zhang / Tengwei Wu / Weiwu Wang / Gang Cai /
要旨: The ataxia telangiectasia-mutated and Rad3-related (ATR) kinase is a master regulator of DNA damage response and replication stress in humans, but the mechanism of its activation remains unclear. ATR ...The ataxia telangiectasia-mutated and Rad3-related (ATR) kinase is a master regulator of DNA damage response and replication stress in humans, but the mechanism of its activation remains unclear. ATR acts together with its partner ATRIP. Using cryo-electron microscopy, we determined the structure of intact Mec1-Ddc2 (the yeast homolog of ATR-ATRIP), which is poised for catalysis, at a resolution of 3.9 angstroms. Mec1-Ddc2 forms a dimer of heterodimers through the PRD and FAT domains of Mec1 and the coiled-coil domain of Ddc2. The PRD and Bridge domains in Mec1 constitute critical regulatory sites. The activation loop of Mec1 is inhibited by the PRD, revealing an allosteric mechanism of kinase activation. Our study clarifies the architecture of ATR-ATRIP and provides a structural framework for the understanding of ATR regulation.
履歴
登録2017年2月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年12月20日-
マップ公開2017年12月20日-
更新2025年6月25日-
現状2025年6月25日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0518
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0518
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5x6o
  • 表面レベル: 0.0518
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5x6o
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6708.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6708.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.35 Å/pix.
x 256 pix.
= 345.6 Å		1.35 Å/pix.
x 256 pix.
= 345.6 Å		1.35 Å/pix.
x 256 pix.
= 345.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0518 / ムービー #1: 0.0518
最小 - 最大-0.15051116 - 0.24395004
平均 (標準偏差)0.000500057 (±0.010790058)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 345.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z345.600345.600345.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.1510.2440.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : ATR/Mec1-ATRIP/Ddc2

全体名称: ATR/Mec1-ATRIP/Ddc2
要素
  • 複合体: ATR/Mec1-ATRIP/Ddc2
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase MEC1
    • タンパク質・ペプチド: DNA damage checkpoint protein LCD1

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超分子 #1: ATR/Mec1-ATRIP/Ddc2

超分子名称: ATR/Mec1-ATRIP/Ddc2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: ATR/Mec1 "butterfly"
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: Serine/threonine-protein kinase MEC1

分子名称: Serine/threonine-protein kinase MEC1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 273.680812 KDa
配列文字列: MESHVKYLDE LILAIKDLNS GVDSKVQIKK VPTDPSSSQE YAKSLKILNT LIRNLKDQRR NNIMKNDTIF SKTVSALALL LEYNPFLLV MKDSNGNFEI QRLIDDFLNI SVLNYDNYHR IWFMRRKLGS WCKACVEFYG KPAKFQLTAH FENTMNLYEQ A LTEVLLGK ...文字列:
MESHVKYLDE LILAIKDLNS GVDSKVQIKK VPTDPSSSQE YAKSLKILNT LIRNLKDQRR NNIMKNDTIF SKTVSALALL LEYNPFLLV MKDSNGNFEI QRLIDDFLNI SVLNYDNYHR IWFMRRKLGS WCKACVEFYG KPAKFQLTAH FENTMNLYEQ A LTEVLLGK TELLKFYDTL KGLYILLYWF TSEYSTFGNS IAFLDSSLGF TKFDFNFQRL IRIVLYVFDS CELAALEYAE IQ LKYISLV VDYVCNRTIS TALDAPALVC CEQLKFVLTT MHHFLDNKYG LLDNDPTMAK GILRLYSLCI SNDFSKCFVD HFP IDQWAD FSQSEHFPFT QLTNKALSIV YFDLKRRSLP VEALKYDNKF NIWVYQSEPD SSLKNVTSPF DDRYKQLEKL RLLV LKKFN KTERGTLLKY RVNQLSPGFF QRAGNDFKLI LNEASVSIQT CFKTNNITRL TSWTVILGRL ACLESEKFSG TLPNS TKDM DNWYVCHLCD IEKTGNPFVR INPNRPEAAG KSEIFRILHS NFLSHPNIDE FSESLLSGIL FSLHRIFSHF QPPKLT DGN GQINKSFKLV QKCFMNSNRY LRLLSTRIIP LFNISDSHNS EDEHTATLIK FLQSQKLPVV KENLVIAWTQ LTLTTSN DV FDTLLLKLID IFNSDDYSLR IMMTLQIKNM AKILKKTPYQ LLSPILPVLL RQLGKNLVER KVGFQNLIEL LGYSSKTI L DIFQRYIIPY AIIQYKSDVL SEIAKIMCDG DTSLINQMKV NLLKKNSRQI FAVALVKHGL FSLDILETLF LNRAPTFDK GYITAYLPDY KTLAEITKLY KNSVTKDASD SENANMILCS LRFLITNFEK DKRHGSKYKN INNWTDDQEQ AFQKKLQDNI LGIFQVFSS DIHDVEGRTT YYEKLRVING ISFLIIYAPK KSIISALAQI SICLQTGLGL KEVRYEAFRC WHLLVRHLND E ELSTVIDS LIAFILQKWS EFNGKLRNIV YSILDTLIKE KSDLILKLKP YTTLALVGKP ELGILARDGQ FARMVNKIRS TT DLIPIFA NNLKSSNKYV INQNLDDIEV YLRRKQTERS IDFTPKKVGQ TSDITLVLGA LLDTSHKFRN LDKDLCEKCA KCI SMIGVL DVTKHEFKRT TYSENEVYDL NDSVQTIKFL IWVINDILVP AFWQSENPSK QLFVALVIQE SLKYCGLSSE SWDM NHKEL YPNEAKLWEK FNSVSKTTIY PLLSSLYLAQ SWKEYVPLKY PSNNFKEGYK IWVKRFTLDL LKTGTTENHP LHVFS SLIR EDDGSLSNFL LPYISLDIII KAEKGTPYAD ILNGIIIEFD SIFTCNLEGM NNLQVDSLRM CYESIFRVFE YCKKWA TEF KQNYSKLHGT FIIKDTKTTN MLLRIDEFLR TTPSDLLAQR SLETDSFERS ALYLEQCYRQ NPHDKNQNGQ LLKNLQI TY EEIGDIDSLD GVLRTFATGN LVSKIEELQY SENWKLAQDC FNVLGKFSDD PKTTTRMLKS MYDHQLYSQI ISNSSFHS S DGKISLSPDV KEWYSIGLEA ANLEGNVQTL KNWVEQIESL RNIDDREVLL QYNIAKALIA ISNEDPLRTQ KYIHNSFRL IGTNFITSSK ETTLLKKQNL LMKLHSLYDL SFLSSAKDKF EYKSNTTILD YRMERIGADF VPNHYILSMR KSFDQLKMNE QADADLGKT FFTLAQLARN NARLDIASES LMHCLERRLP QAELEFAEIL WKQGENDRAL KIVQEIHEKY QENSSVNARD R AAVLLKFT EWLDLSNNSA SEQIIKQYQD IFQIDSKWDK PYYSIGLYYS RLLERKKAEG YITNGRFEYR AISYFLLAFE KN TAKVREN LPKVITFWLD IAAASISEAP GNRKEMLSKA TEDICSHVEE ALQHCPTYIW YFVLTQLLSR LLHSHQSSAQ IIM HILLSL AVEYPSHILW YITALVNSNS SKRVLRGKHI LEKYRQHSQN PHDLVSSALD LTKALTRVCL QDVKSITSRS GKSL EKDFK FDMNVAPSAM VVPVRKNLDI ISPLESNSMR GYQPFRPVVS IIRFGSSYKV FSSLKKPKQL NIIGSDGNIY GIMCK KEDV RQDNQYMQFA TTMDFLLSKD IASRKRSLGI NIYSVLSLRE DCGILEMVPN VVTLRSILST KYESLKIKYS LKSLHD RWQ HTAVDGKLEF YMEQVDKFPP ILYQWFLENF PDPINWFNAR NTYARSYAVM AMVGHILGLG DRHCENILLD IQTGKVL HV DFDCLFEKGK RLPVPEIVPF RLTPNLLDAL GIIGTEGTFK KSSEVTLALM RKNEVALMNV IETIMYDRNM DHSIQKAL K VLRNKIRGID PQDGLVLSVA GQTETLIQEA TSEDNLSKMY IGWLPFW

UniProtKB: Serine/threonine-protein kinase MEC1

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分子 #2: DNA damage checkpoint protein LCD1

分子名称: DNA damage checkpoint protein LCD1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 86.533594 KDa
配列文字列: MRRETVGEFS SDDDDDILLE LGTRPPRFTQ IPPSSAALQT QIPTTLEVTT TTLNNKQSKN DNQLVNQLNK AQGEASMLRD KINFLNIER EKEKNIQAVK VNELQVKHLQ ELAKLKQELQ KLEDEKKFLQ MEARGKSKRE VITNVKPPST TLSTNTNTIT P DSSSVAIE ...文字列:
MRRETVGEFS SDDDDDILLE LGTRPPRFTQ IPPSSAALQT QIPTTLEVTT TTLNNKQSKN DNQLVNQLNK AQGEASMLRD KINFLNIER EKEKNIQAVK VNELQVKHLQ ELAKLKQELQ KLEDEKKFLQ MEARGKSKRE VITNVKPPST TLSTNTNTIT P DSSSVAIE AKPQSPQSKK RKISDNLLKK NMVPLNPNRI IPDETSLFLE SILLHQIIGA DLSTIEILNR LKLDYITEFK FK NFVIAKG APIGKSIVSL LLRCKKTLTL DRFIDTLLED IAVLIKEISV HPNESKLAVP FLVALMYQIV QFRPSATHNL ALK DCFLFI CDLIRIYHHV LKVPIHESNM NLHVEPQIFQ YELIDYLIIS YSFDLLEGIL RVLQSHPKQT YMEFFDENIL KSFE FVYKL ALTISYKPMV NVIFSAVEVV NIITSIILNM DNSSDLKSLI SGSWWRDCIT RLYALLEKEI KSGDVYNENV DTTTL HMSK YHDFFGLIRN IGDNELGGLI SKLIYTDRLQ SVPRVISKED IGMDSDKFTA PIIGYKMEKW LLKLKDEVLN IFENLL MIY GDDATIVNGE MLIHSSKFLS REQALMIERY VGQDSPNLDL RCHLIEHTLT IIYRLWKDHF KQLREEQIKQ VESQLIM SL WRFLVCQTET VTANEREMRD HRHLVDSLHD LTIKDQASYY EDAFEDLPEY IEEELKMQLN KRTGRIMQVK YDEKFQEM A RTILESKSFD LTTLEEADSL YISMGL

UniProtKB: DNA damage checkpoint protein LCD1

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
染色タイプ: NONE / 材質: Uranyl Formate
凍結凍結剤: ETHANE
詳細ATR/Mec1 "butterfly"

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: RANDOM CONICAL TILT
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 63132
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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