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万見
- EMDB-6654: Negative stain 3DEM structure of Rrp5 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6654
タイトルNegative stain 3DEM structure of Rrp5
マップデータReconstruction of Rrp5:Rok1
試料
  • 試料: Saccharomyces cerevisiae Rrp5 bound to Rok1
  • タンパク質・ペプチド: Ribosomal RNA Processing 5
  • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent RNA helicase ROK1
キーワードRrp5 / RNA binding protein / ribosome assembly factor / 40S ribosome / 60S ribosome / Rok1 / DEAD-box protein
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular anatomical structure / snoRNA localization / protein binding / box H/ACA snoRNA binding / endonucleolytic cleavage in ITS1 upstream of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / box C/D sno(s)RNA binding / endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA primary transcript binding / ATP-dependent activity, acting on RNA ...intracellular anatomical structure / snoRNA localization / protein binding / box H/ACA snoRNA binding / endonucleolytic cleavage in ITS1 upstream of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / box C/D sno(s)RNA binding / endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA primary transcript binding / ATP-dependent activity, acting on RNA / 90S preribosome assembly / U3 snoRNA binding / poly(U) RNA binding / snoRNA binding / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / 90S preribosome / RNA processing / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / rRNA processing / RNA helicase activity / RNA helicase / mRNA binding / nucleolus / ATP hydrolysis activity / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding
類似検索 - 分子機能
DDX52/Rok1, DEAD-box helicase domain / rRNA biogenesis protein Rrp5 / : / : / : / PRP39 N-terminal HAT repeat / HAT (Half-A-TPR) repeat / HAT (Half-A-TPR) repeat / HAT (Half-A-TPR) repeats / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. ...DDX52/Rok1, DEAD-box helicase domain / rRNA biogenesis protein Rrp5 / : / : / : / PRP39 N-terminal HAT repeat / HAT (Half-A-TPR) repeat / HAT (Half-A-TPR) repeat / HAT (Half-A-TPR) repeats / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / S1 domain profile. / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / S1 domain / S1 domain / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent RNA helicase ROK1 / rRNA biogenesis protein RRP5
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 30.0 Å
データ登録者Khoshnevis S / Askenasy I / Johnson MC / Young-Erdos CL / Stroupe ME / Karbstein K
引用ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2016
タイトル: The DEAD-box Protein Rok1 Orchestrates 40S and 60S Ribosome Assembly by Promoting the Release of Rrp5 from Pre-40S Ribosomes to Allow for 60S Maturation.
著者: Sohail Khoshnevis / Isabel Askenasy / Matthew C Johnson / Maria D Dattolo / Crystal L Young-Erdos / M Elizabeth Stroupe / Katrin Karbstein /
要旨: DEAD-box proteins are ubiquitous regulators of RNA biology. While commonly dubbed "helicases," their activities also include duplex annealing, adenosine triphosphate (ATP)-dependent RNA binding, and ...DEAD-box proteins are ubiquitous regulators of RNA biology. While commonly dubbed "helicases," their activities also include duplex annealing, adenosine triphosphate (ATP)-dependent RNA binding, and RNA-protein complex remodeling. Rok1, an essential DEAD-box protein, and its cofactor Rrp5 are required for ribosome assembly. Here, we use in vivo and in vitro biochemical analyses to demonstrate that ATP-bound Rok1, but not adenosine diphosphate (ADP)-bound Rok1, stabilizes Rrp5 binding to 40S ribosomes. Interconversion between these two forms by ATP hydrolysis is required for release of Rrp5 from pre-40S ribosomes in vivo, thereby allowing Rrp5 to carry out its role in 60S subunit assembly. Furthermore, our data also strongly suggest that the previously described accumulation of snR30 upon Rok1 inactivation arises because Rrp5 release is blocked and implicate a previously undescribed interaction between Rrp5 and the DEAD-box protein Has1 in mediating snR30 accumulation when Rrp5 release from pre-40S subunits is blocked.
履歴
登録2016年5月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年6月1日-
マップ公開2016年6月1日-
更新2016年6月22日-
現状2016年6月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4.48
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 4.48
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6654.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6654.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of Rrp5:Rok1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.8 Å/pix.
x 128 pix.
= 358.4 Å		2.8 Å/pix.
x 128 pix.
= 358.4 Å		2.8 Å/pix.
x 128 pix.
= 358.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.48 / ムービー #1: 4.48
最小 - 最大-4.9492197 - 12.50788307
平均 (標準偏差)0.0 (±0.82991219)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-23-23-23
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 358.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.82.82.8
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z358.400358.400358.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-147-147-146
NX/NY/NZ294294294
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-23-23-23
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-4.94912.5080.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Saccharomyces cerevisiae Rrp5 bound to Rok1

全体名称: Saccharomyces cerevisiae Rrp5 bound to Rok1
要素
  • 試料: Saccharomyces cerevisiae Rrp5 bound to Rok1
  • タンパク質・ペプチド: Ribosomal RNA Processing 5
  • タンパク質・ペプチド: ATP-dependent RNA helicase ROK1

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超分子 #1000: Saccharomyces cerevisiae Rrp5 bound to Rok1

超分子名称: Saccharomyces cerevisiae Rrp5 bound to Rok1 / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: At a 5-sigma contour, the mass is about 0.25 MDa, which corresponds to about 0.2 MDa from Rrp5 and 0.04 MDa from RNA.
集合状態: 1 / Number unique components: 2
分子量理論値: 240 KDa

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分子 #1: Ribosomal RNA Processing 5

分子名称: Ribosomal RNA Processing 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
Name.synonym: Rrp5, U3 small nucleolar RNA-associated protein RRP5
コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: By 4741 / 別称: Yeast / 細胞中の位置: nucleolus
分子量実験値: 200 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: Rosetta2 (DE3) / 組換プラスミド: pGEX-6-P3
配列UniProtKB: rRNA biogenesis protein RRP5
GO: RNA processing, RNA binding, protein binding, intracellular anatomical structure
InterPro: Nucleic acid-binding, OB-fold, S1 domain, Tetratricopeptide-like helical domain superfamily, HAT (Half-A-TPR) repeat

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分子 #2: ATP-dependent RNA helicase ROK1

分子名称: ATP-dependent RNA helicase ROK1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Rescuer of KEM1 protein 1 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: By 4741 / 別称: Yeast / 細胞中の位置: cytoplasmic
分子量理論値: 40 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: Rosetta2 (DE3) / 組換プラスミド: pGEX-6-P3
配列UniProtKB: ATP-dependent RNA helicase ROK1
GO: endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA)
InterPro: DEAD/DEAH box helicase domain

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.7 / 詳細: 300 mM NaCl, 10 mM MgCl2, 30 mM MES
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: uranyl formate on floated continuous carbon
グリッド詳細: 400 mesh copper grid, glow-discharged in Gatan Solarus apparatus
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
日付2013年3月23日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 1200 / 平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 65555 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particles were initially manually picked to determine de novo class averages and then automatically picked. Initial model was determined with random conical tilt.
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 30.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN
詳細: Final maps were calculated from two averaged datasets.
使用した粒子像数: 8500
最終 2次元分類クラス数: 50

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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