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- EMDB-6617: CryoEM map of spinach PSII-LHCII supercomplex at 3.2A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6617
タイトルCryoEM map of spinach PSII-LHCII supercomplex at 3.2A resolution
マップデータA cryo-EM map of a membrane protein complex
試料
  • 試料: Spinach PSII-LHCII supercomplex
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem II (or water-plastoquinone oxidoreductase) in complex with Light harvesting complex II
キーワードmembrane protein / spinach photosystem II / cryo-EM
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast photosystem II / plastoglobule / : / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosynthesis, light harvesting / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center ...chloroplast photosystem II / plastoglobule / : / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosynthesis, light harvesting / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / chloroplast envelope / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / photosystem I / photosystem II / response to herbicide / extrinsic component of membrane / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / chloroplast thylakoid membrane / phosphate ion binding / : / response to light stimulus / membrane => GO:0016020 / photosynthesis / chloroplast / phosphoprotein binding / manganese ion binding / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / calcium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Photosystem II 5kDa protein, chloroplastic / PsbP, C-terminal / PsbP / : / Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich / Photosystem II PsbW, class 2 / Photosystem II reaction centre W protein (PsbW) / Oxygen-evolving enhancer protein 3 / Oxygen evolving enhancer protein 3 ...: / Photosystem II 5kDa protein, chloroplastic / PsbP, C-terminal / PsbP / : / Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich / Photosystem II PsbW, class 2 / Photosystem II reaction centre W protein (PsbW) / Oxygen-evolving enhancer protein 3 / Oxygen evolving enhancer protein 3 / PsbQ-like domain superfamily / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II PsbI / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / : / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic / Uncharacterized protein / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II D2 protein / Photosystem II reaction center protein K ...Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem II 5 kDa protein, chloroplastic / Uncharacterized protein / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II CP43 reaction center protein / Photosystem II D2 protein / Photosystem II reaction center protein K / Oxygen-evolving enhancer protein 3, chloroplastic / Oxygen-evolving enhancer protein 2, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic / Cytochrome b559 subunit beta / Photosystem II reaction center protein L / Photosystem II reaction center protein T / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II reaction center protein M / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II protein D1 / Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic / Photosystem II reaction center protein J / Photosystem II reaction center protein Z
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Wei XP / Zhang XZ / Su XD / Cao P / Liu XY / Li M / Chang WR / Liu ZF
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Structure of spinach photosystem II-LHCII supercomplex at 3.2 Å resolution.
著者: Xuepeng Wei / Xiaodong Su / Peng Cao / Xiuying Liu / Wenrui Chang / Mei Li / Xinzheng Zhang / Zhenfeng Liu /
要旨: During photosynthesis, the plant photosystem II core complex receives excitation energy from the peripheral light-harvesting complex II (LHCII). The pathways along which excitation energy is ...During photosynthesis, the plant photosystem II core complex receives excitation energy from the peripheral light-harvesting complex II (LHCII). The pathways along which excitation energy is transferred between them, and their assembly mechanisms, remain to be deciphered through high-resolution structural studies. Here we report the structure of a 1.1-megadalton spinach photosystem II-LHCII supercomplex solved at 3.2 Å resolution through single-particle cryo-electron microscopy. The structure reveals a homodimeric supramolecular system in which each monomer contains 25 protein subunits, 105 chlorophylls, 28 carotenoids and other cofactors. Three extrinsic subunits (PsbO, PsbP and PsbQ), which are essential for optimal oxygen-evolving activity of photosystem II, form a triangular crown that shields the Mn4CaO5-binding domains of CP43 and D1. One major trimeric and two minor monomeric LHCIIs associate with each core-complex monomer, and the antenna-core interactions are reinforced by three small intrinsic subunits (PsbW, PsbH and PsbZ). By analysing the closely connected interfacial chlorophylls, we have obtained detailed insights into the energy-transfer pathways between the antenna and core complexes.
履歴
登録2016年3月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年5月11日-
マップ公開2016年5月25日-
更新2016年6月8日-
現状2016年6月8日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3jcu
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6617.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6617.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 37.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈A cryo-EM map of a membrane protein complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.35 Å/pix.
x 160 pix.
= 216. Å		1.35 Å/pix.
x 250 pix.
= 337.5 Å		1.35 Å/pix.
x 250 pix.
= 337.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1 / ムービー #1: 0.1
最小 - 最大-0.16092882 - 0.39346048
平均 (標準偏差)0.00415091 (±0.02112041)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-125-125-80
サイズ250250160
Spacing250250160
セルA: 337.5 Å / B: 337.5 Å / C: 216.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z250250160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z337.500337.500216.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-125-125-80
NC/NR/NS250250160
D min/max/mean-0.1610.3930.004

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Spinach PSII-LHCII supercomplex

全体名称: Spinach PSII-LHCII supercomplex
要素
  • 試料: Spinach PSII-LHCII supercomplex
  • タンパク質・ペプチド: Photosystem II (or water-plastoquinone oxidoreductase) in complex with Light harvesting complex II

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超分子 #1000: Spinach PSII-LHCII supercomplex

超分子名称: Spinach PSII-LHCII supercomplex / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: homodimer / Number unique components: 1
分子量実験値: 1.1 MDa / 理論値: 1.1 MDa

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分子 #1: Photosystem II (or water-plastoquinone oxidoreductase) in complex...

分子名称: Photosystem II (or water-plastoquinone oxidoreductase) in complex with Light harvesting complex II
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
グリッド詳細: 400 mesh copper grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 100 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
日付2015年11月20日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: OTHER / 実像数: 1774 / 平均電子線量: 50 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each micrograph
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN, RELION / 使用した粒子像数: 109042

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4rti

ソフトウェア名称: Chimera, Coot
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-3jcu:
Cryo-EM structure of spinach PSII-LHCII supercomplex at 3.2 Angstrom resolution

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

1vyk

ソフトウェア名称: Phenix
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-3jcu:
Cryo-EM structure of spinach PSII-LHCII supercomplex at 3.2 Angstrom resolution

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原子モデル構築 3

初期モデルPDB ID:

3pl9

ソフトウェア名称: Phenix
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-3jcu:
Cryo-EM structure of spinach PSII-LHCII supercomplex at 3.2 Angstrom resolution

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原子モデル構築 4

初期モデルPDB ID:

1rwt

ソフトウェア名称: Phenix
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-3jcu:
Cryo-EM structure of spinach PSII-LHCII supercomplex at 3.2 Angstrom resolution

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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