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万見
- EMDB-66120: Cryo-EM structure of Candida glabrata GPI mannosyltransferase I b... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-66120
タイトルCryo-EM structure of Candida glabrata GPI mannosyltransferase I bound to Dol-P-Man
マップデータ
試料
  • 複合体: GPI mannosyltransferase I
    • タンパク質・ペプチド: GPI mannosyltransferase 1
    • タンパク質・ペプチド: Protein PBN1
  • リガンド: dolichyl phosphate mannose
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードGT-C / GPI / Mannosyltransferase / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


GPI mannosyltransferase activity / alpha-1,4-mannosyltransferase activity / glycosylphosphatidylinositol-mannosyltransferase I complex / mannosyltransferase activity / GPI anchor biosynthetic process / fungal-type cell wall organization / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / ERAD pathway / protein processing / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能
GPI mannosyltransferase 1 / Glycosylphosphatidylinositol-mannosyltransferase I, PIG-X/PBN1 / Protein Pbn1 / Mannosyltransferase (PIG-M) / PIG-X / PBN1 / PIG-X / PBN1
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein PBN1 / GPI mannosyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Nakaseomyces glabratus (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.48 Å
データ登録者Sun H / Wu WH / Yan ZF
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: J Fungi / 年: 2025
タイトル: Structural Insights into the Glycosylphosphatidylinositol Mannosyltransferase I Complex from Candida glabrata
著者: Sun H / Wu W / Li X / Deng Y / Huang J / Yin M / Yan Z
履歴
登録2025年9月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月3日-
マップ公開2025年12月3日-
更新2025年12月3日-
現状2025年12月3日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_66120.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_66120.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 220 pix.
= 239.36 Å		1.09 Å/pix.
x 220 pix.
= 239.36 Å		1.09 Å/pix.
x 220 pix.
= 239.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.088 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.6
最小 - 最大-1.898059 - 3.1673372
平均 (標準偏差)0.0040624323 (±0.08804717)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 239.36002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_66120_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_66120_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_66120_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : GPI mannosyltransferase I

全体名称: GPI mannosyltransferase I
要素
  • 複合体: GPI mannosyltransferase I
    • タンパク質・ペプチド: GPI mannosyltransferase 1
    • タンパク質・ペプチド: Protein PBN1
  • リガンド: dolichyl phosphate mannose
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: GPI mannosyltransferase I

超分子名称: GPI mannosyltransferase I / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Nakaseomyces glabratus (菌類)

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分子 #1: GPI mannosyltransferase 1

分子名称: GPI mannosyltransferase 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Sequence reference for strain 'Nakaseomyces glabratus' is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt id Q6FXQ5.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
由来(天然)生物種: Nakaseomyces glabratus (菌類)
分子量理論値: 50.289254 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MFKLGTIGLL SLAVLLRIAF FLFGVYQDEH FTVKYTDIDY QVFNDAAWFV AHRKSPYNRD TYRYTPLLSW LLLPNHMIPW FHFGKLIFV LCDLATGVLI LQMLKKLKSK YRYGTDRMTI MAAIWLLNPM VITISTRGNA ESVLCFLILS FLYCFLCEQY L LGGLLFGL ...文字列:
MFKLGTIGLL SLAVLLRIAF FLFGVYQDEH FTVKYTDIDY QVFNDAAWFV AHRKSPYNRD TYRYTPLLSW LLLPNHMIPW FHFGKLIFV LCDLATGVLI LQMLKKLKSK YRYGTDRMTI MAAIWLLNPM VITISTRGNA ESVLCFLILS FLYCFLCEQY L LGGLLFGL SIHFKIYPII YALPIAIYVA AAHYNKTQSV FKSSFKLFLV GFSTLIVLIL LTVFMYMLYG DKFIDQTYLY HI YRTDHRH NFSVWNMLLY FNSALPKTSE LSKFVFLPQM IIVLAISLTQ LRRPSSFPLL CNVLFLETFA FVTFNKVCTS QYF IWYLIF LPFVLYNTRI SMRRGIVMLV VWVATQALWL RQGYLLEFEG QNVFYPGLFC ASVGFFVSNA WILGQFIEDT IIQN DYVYR IEPSESRSKD SAVIDKPAIA KTEKAE

UniProtKB: GPI mannosyltransferase 1

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分子 #2: Protein PBN1

分子名称: Protein PBN1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: Sequence reference for strain 'Nakaseomyces glabratus' is not available in UniProt at the time of biocuration. Current sequence reference is from UniProt id Q6FX62.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nakaseomyces glabratus (菌類)
分子量理論値: 47.799812 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MESVRHRIAL LFANEADIQD VETVEDGVIV FPNSNITIQD RWTYAIDYEL DSIRRISWRN PSSTRQFSVI ESRLAPGFNI YSNDKEARL NLFGIQPVYS PMYKSLHSET WKSINEILPG GKNLNIPWNP ELCDYDILIT ANTVQVFSYC SLVEKKKFVK D AGKVEIGL ...文字列:
MESVRHRIAL LFANEADIQD VETVEDGVIV FPNSNITIQD RWTYAIDYEL DSIRRISWRN PSSTRQFSVI ESRLAPGFNI YSNDKEARL NLFGIQPVYS PMYKSLHSET WKSINEILPG GKNLNIPWNP ELCDYDILIT ANTVQVFSYC SLVEKKKFVK D AGKVEIGL FHVDTEDEED INLSGLRCTW EDTSNNIGKC EKTTLFYKPF HLYVDDSSDI APITIENTNG LHPKMKIDLS GI RKDKDCR HFVFSQLPSE IFVDKFQSPG SIVFGLDDLE LPDYKVNSLS WGSESIVTLK EGQINEITYF SRYLEPKERA SNK TVGFEP ILFKACQVGK EEDLSNPFYS RSLGYEAYFS ENTKFYHINS TSVHVNIPYP NKNDIGNIEY TTFGIVVLAI CYLI YKLLR PSRKLSTVKR D

UniProtKB: Protein PBN1

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分子 #4: dolichyl phosphate mannose

分子名称: dolichyl phosphate mannose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: MJC
分子量理論値: 1.011439 KDa
Chemical component information

ChemComp-MJC:
dolichyl phosphate mannose

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分子 #5: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 56.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.1 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.48 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 80856
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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