[日本語] English
万見
- EMDB-65887: Paclitaxel/GMPCPP-stabilized human alpha1A/beta3 microtubule -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-65887
タイトルPaclitaxel/GMPCPP-stabilized human alpha1A/beta3 microtubule
マップデータSharpened symmetry-expanded map of the paclitaxel/GMPCPP-stabilized alpha1A/beta3 microtubule
試料
  • 複合体: Paclitaxel/GMPCPP-stabilized human alpha1A/beta3 microtubule
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha-1A chain
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta-3 chain
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: TAXOL
  • リガンド: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER
キーワードCytoskeleton / microtubules / human tubulin isotypes / paclitaxel / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


netrin receptor binding / pyramidal neuron differentiation / glial cell differentiation / dorsal root ganglion development / Post-chaperonin tubulin folding pathway / dentate gyrus development / cytoskeleton-dependent intracellular transport / Cargo trafficking to the periciliary membrane / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / axonemal microtubule ...netrin receptor binding / pyramidal neuron differentiation / glial cell differentiation / dorsal root ganglion development / Post-chaperonin tubulin folding pathway / dentate gyrus development / cytoskeleton-dependent intracellular transport / Cargo trafficking to the periciliary membrane / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / axonemal microtubule / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / organelle transport along microtubule / forebrain morphogenesis / cerebellar cortex morphogenesis / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Intraflagellar transport / Formation of tubulin folding intermediates by CCT/TriC / neuron projection arborization / Gap junction assembly / smoothened signaling pathway / homeostasis of number of cells within a tissue / motor behavior / Kinesins / Prefoldin mediated transfer of substrate to CCT/TriC / response to L-glutamate / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / centrosome cycle / sperm principal piece / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / startle response / 'de novo' protein folding / intercellular bridge / flagellated sperm motility / regulation of synapse organization / locomotory exploration behavior / sperm end piece / Recycling pathway of L1 / microtubule polymerization / ciliary tip / response to tumor necrosis factor / response to mechanical stimulus / neuron apoptotic process / adult locomotory behavior / sperm flagellum / RHO GTPases activate IQGAPs / microtubule-based process / Hedgehog 'off' state / COPI-mediated anterograde transport / Activation of AMPK downstream of NMDARs / condensed chromosome / peptide binding / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / cellular response to calcium ion / MHC class II antigen presentation / visual learning / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / Mitotic Prometaphase / axon guidance / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / AURKA Activation by TPX2 / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / cell periphery / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / filopodium / neuromuscular junction / neuron migration / memory / cerebral cortex development / RHO GTPases Activate Formins / intracellular protein transport / synapse organization / microtubule cytoskeleton organization / PKR-mediated signaling / recycling endosome / mitotic spindle / structural constituent of cytoskeleton / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / HCMV Early Events / microtubule cytoskeleton / Aggrephagy / cilium / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Separation of Sister Chromatids / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / neuron differentiation / mitotic cell cycle / lamellipodium / growth cone / protein-folding chaperone binding / microtubule binding / microtubule / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein stabilization / protein heterodimerization activity / axon
類似検索 - 分子機能
Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain ...Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tubulin beta-3 chain / Tubulin alpha-1A chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Ti SC / Luo JY / Khoo CJ
資金援助 香港, 中国, 3件
OrganizationGrant number国
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)17115924 香港
The University Grants Committee, Research Grants Council (RGC)C7064-22GF 香港
National Natural Science Foundation of China (NSFC)224B2707 中国
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2026
タイトル: An evolution-conserved allosteric network in human tubulin governs paclitaxel efficacy.
著者: Jingyi Luo / Chen Jing Khoo / Weixin Chen / Zheng Liu / Boxuan Li / Wei Sin Lau / Xiang David Li / Shih-Chieh Ti /
要旨: Tubulin-targeting agents such as paclitaxel have been a cornerstone of cancer treatment. However, the molecular basis by which prognosis-associated tubulin isotypes and mutations (that is, variants) ...Tubulin-targeting agents such as paclitaxel have been a cornerstone of cancer treatment. However, the molecular basis by which prognosis-associated tubulin isotypes and mutations (that is, variants) affect drug efficacy remains unclear. Here we reveal that evolutionarily conserved tubulin residues modulate the allosteric network to determine paclitaxel efficacy. The paclitaxel resistance of human β3-tubulin depends on a residue distant from the taxane-binding pocket. The ~2.3 Å-resolution cryo-EM microtubule reconstructions demonstrate that the paclitaxel-sensitizing tubulin mutation induces allostery at the paclitaxel-binding site, intertubulin interactions and nucleotide-binding pockets. In particular, the reoriented guanine triphosphate (GTP)-hydrolyzing catalytic α-tubulin E254 residue enhances the GTP cap, reducing the catastrophe frequency of dynamic microtubules. Examining genome-edited cancer cells with the paclitaxel-sensitized mutant β3-tubulin indicates that the affinities of tubulin variants for paclitaxel determine drug efficacy. Our findings provide mechanistic insights into the development of new tubulin-targeting therapeutics not only for cancer but also for tubulinopathies associated with mutations in specific tubulin isotypes.
履歴
登録2025年8月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年4月1日-
マップ公開2026年4月1日-
更新2026年4月29日-
現状2026年4月29日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_65887.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_65887.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened symmetry-expanded map of the paclitaxel/GMPCPP-stabilized alpha1A/beta3 microtubule
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.96 Å/pix.
x 512 pix.
= 489.318 Å		0.96 Å/pix.
x 512 pix.
= 489.318 Å		0.96 Å/pix.
x 512 pix.
= 489.318 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.9557 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.163
最小 - 最大-1.0526912 - 1.8473636
平均 (標準偏差)0.0011471567 (±0.04234884)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 489.3184 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_65887_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: C1-symmetry map of the paclitaxel/GMPCPP-stabilized alpha1A/beta3 microtubule...

ファイルemd_65887_additional_1.map
注釈C1-symmetry map of the paclitaxel/GMPCPP-stabilized alpha1A/beta3 microtubule
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half-map of symmetry expanded map of paclitaxel/GMPCPP-stabilized alpha1A/beta3...

ファイルemd_65887_half_map_1.map
注釈Half-map of symmetry expanded map of paclitaxel/GMPCPP-stabilized alpha1A/beta3 microtubule
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half-map of symmetry expanded map of paclitaxel/GMPCPP-stabilized alpha1A/beta3...

ファイルemd_65887_half_map_2.map
注釈Half-map of symmetry expanded map of paclitaxel/GMPCPP-stabilized alpha1A/beta3 microtubule
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Paclitaxel/GMPCPP-stabilized human alpha1A/beta3 microtubule

全体名称: Paclitaxel/GMPCPP-stabilized human alpha1A/beta3 microtubule
要素
  • 複合体: Paclitaxel/GMPCPP-stabilized human alpha1A/beta3 microtubule
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha-1A chain
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta-3 chain
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: TAXOL
  • リガンド: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER

-
超分子 #1: Paclitaxel/GMPCPP-stabilized human alpha1A/beta3 microtubule

超分子名称: Paclitaxel/GMPCPP-stabilized human alpha1A/beta3 microtubule
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 0.16 kDa/nm

-
分子 #1: Tubulin alpha-1A chain

分子名称: Tubulin alpha-1A chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 50.188441 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL DRIRKLADQC TGLQGFLVFH SFGGGTGSGF TSLLMERLSV D YGKKSKLE ...文字列:
MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL DRIRKLADQC TGLQGFLVFH SFGGGTGSGF TSLLMERLSV D YGKKSKLE FSIYPAPQVS TAVVEPYNSI LTTHTTLEHS DCAFMVDNEA IYDICRRNLD IERPTYTNLN RLIGQIVSSI TA SLRFDGA LNVDLTEFQT NLVPYPRIHF PLATYAPVIS AEKAYHEQLS VAEITNACFE PANQMVKCDP RHGKYMACCL LYR GDVVPK DVNAAIATIK TKRTIQFVDW CPTGFKVGIN YQPPTVVPGG DLAKVQRAVC MLSNTTAIAE AWARLDHKFD LMYA KRAFV HWYVGEGMEE GEFSEAREDM AALEKDYEEV GVDSVEGEGE EEGEEY

UniProtKB: Tubulin alpha-1A chain

-
分子 #2: Tubulin beta-3 chain

分子名称: Tubulin beta-3 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 50.48152 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPSGNYVGDS DLQLERISVY YNEASSHKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGA FGHLFRPDN FIFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKECENCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKVREEY P DRIMNTFS ...文字列:
MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPSGNYVGDS DLQLERISVY YNEASSHKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGA FGHLFRPDN FIFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKECENCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKVREEY P DRIMNTFS VVPSPKVSDT VVEPYNATLS IHQLVENTDE TYCIDNEALY DICFRTLKLA TPTYGDLNHL VSATMSGVTT SL RFPGQLN ADLRKLAVNM VPFPRLHFFM PGFAPLTARG SQQYRALTVP ELTQQMFDAK NMMAACDPRH GRYLTVATVF RGR MSMKEV DEQMLAIQSK NSSYFVEWIP NNVKVAVCDI PPRGLKMSST FIGNSTAIQE LFKRISEQFT AMFRRKAFLH WYTG EGMDE MEFTEAESNM NDLVSEYQQY QDATAEEEGE MYEDDEEESE AQGPK

UniProtKB: Tubulin beta-3 chain

-
分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

-
分子 #4: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
分子 #5: TAXOL

分子名称: TAXOL / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: TA1
分子量理論値: 853.906 Da
Chemical component information

ChemComp-TA1:
TAXOL / 薬剤, 化学療法薬*YM

-
分子 #6: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: G2P
分子量理論値: 521.208 Da
Chemical component information

ChemComp-G2P:
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / GMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態helical array

-
試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 6.8
グリッドモデル: EMS Lacey Carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298.1 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 745714
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.0) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ModelAngelo
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.0) / 使用した粒子像数: 281474
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-9wda:
Paclitaxel/GMPCPP-stabilized human alpha1A/beta3 microtubule

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る