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- EMDB-65883: Cryo-EM structure of PSI-CpcL -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-65883
タイトルCryo-EM structure of PSI-CpcL
マップデータ
試料
  • 複合体: PSI-CpcL
    • タンパク質・ペプチド: x 13種
  • リガンド: x 8種
キーワードPhotosystem I / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem I reaction center / phycobilisome / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity ...photosystem I reaction center / phycobilisome / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I PsaX / Photosystem I PsaX superfamily / PsaX family / Phycobilisome linker protein / Phycobilisome linker domain / Phycobilisome linker domain superfamily / Phycobilisome Linker polypeptide / Phycobilisome (PBS) linker domain profile. / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK ...Photosystem I PsaX / Photosystem I PsaX superfamily / PsaX family / Phycobilisome linker protein / Phycobilisome linker domain / Phycobilisome linker domain superfamily / Phycobilisome Linker polypeptide / Phycobilisome (PBS) linker domain profile. / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I PsaA / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I-associated linker protein CpcL / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 1 / Photosystem I 4.8 kDa protein / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 ...Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I-associated linker protein CpcL / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 1 / Photosystem I 4.8 kDa protein / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center subunit PsaK 1 / Photosystem I reaction center subunit XII
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Mao ZY / Li ZH / Han GY
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2026
タイトル: Structural insight of a photosystem I-CpcL-phycobilisome supercomplex from a cyanobacterium sp. PCC 7120.
著者: Zhiyuan Mao / Zhenhua Li / Xingyue Li / Liangliang Shen / Tingyun Kuang / Wenda Wang / Jian-Ren Shen / Guangye Han /
要旨: Phycobilisomes (PBSs) are supramolecular pigment-protein complexes composed of phycobiliproteins and linker proteins, serving as the major light-harvesting complexes that capture and transfer light ...Phycobilisomes (PBSs) are supramolecular pigment-protein complexes composed of phycobiliproteins and linker proteins, serving as the major light-harvesting complexes that capture and transfer light energy to photosystem II (PSII) and photosystem I (PSI) in cyanobacteria and eukaryotic red algae. In cyanobacteria, a rod-type PBS that does not have a core is specifically connected to PSI by a linker protein CpcL to form a PSI-CpcL-PBS supercomplex. However, the mechanism of CpcL-PBS association to PSI remains unclear. Here, we report the cryoelectron microscopic structures of PSI-CpcL-PBS at 2.98 Å and CpcL-PBS at 2.93 Å resolution from a cyanobacterium sp. PCC 7120, respectively. CpcL-PBS is located on the stromal side of a PSI tetramer and exhibits a structure of three-layered PBS consisting of four linkers (CpcL, CpcC1, CpcC2, PecC) and 18 pairs of phycocyanin αβ monomers. The C-terminal transmembrane helix of CpcL inserts to the membrane and interacts with PsaA, PsaB, and PsaM of PSI at an interface I between two PSI monomers, enabling the formation of the PSI-CpcL-PBS supercomplex. The exact structure of protein subunits and arrangement of bilin and chlorophyll pigments are revealed, which provide a structural basis for the assembly of PSI-CpcL-PBS and possible excitation energy transfer pathways from antennas to PSI within this supercomplex, shedding light on the organization and attachment of CpcL-PBS in cyanobacterial thylakoids.
履歴
登録2025年8月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年4月15日-
マップ公開2026年4月15日-
更新2026年4月15日-
現状2026年4月15日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_65883.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_65883.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.1 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 660 pix.
= 686.4 Å		1.04 Å/pix.
x 660 pix.
= 686.4 Å		1.04 Å/pix.
x 660 pix.
= 686.4 Å

表面

投影像

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断面 (1/2)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

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ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.185
最小 - 最大-0.38888395 - 1.1264603
平均 (標準偏差)0.00017601135 (±0.022472747)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ660660660
Spacing660660660
セルA=B=C: 686.39996 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_65883_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_65883_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PSI-CpcL

全体名称: PSI-CpcL
要素
  • 複合体: PSI-CpcL
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I-associated linker protein CpcL
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I 4.8 kDa protein
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I iron-sulfur center
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit II
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IV
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit III
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit IX
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit PsaK 1
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit VIII
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XI
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I reaction center subunit XII
  • リガンド: CHLOROPHYLL A
  • リガンド: PHYLLOQUINONE
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: BETA-CAROTENE
  • リガンド: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
  • リガンド: CHLOROPHYLL A ISOMER
  • リガンド: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
  • リガンド: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

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超分子 #1: PSI-CpcL

超分子名称: PSI-CpcL / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#13
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)

+
分子 #1: Photosystem I-associated linker protein CpcL

分子名称: Photosystem I-associated linker protein CpcL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
分子量理論値: 27.232633 KDa
配列文字列: MALPLLEYKP TTQNQRVQSF GTADVNEDTP YIYRLENANS PSEIEELIWA AYRQVFNEQE ILKFNRQIGL ETQLKNRSIT VKDFIRGLA KSERFYQLVV TPNNNYRLVE MSLKRLLGRS PYNEEEKIAW SIQIASKGWG GFVDALIDST EYEQAFGDNT V PYQRKRLT ...文字列:
MALPLLEYKP TTQNQRVQSF GTADVNEDTP YIYRLENANS PSEIEELIWA AYRQVFNEQE ILKFNRQIGL ETQLKNRSIT VKDFIRGLA KSERFYQLVV TPNNNYRLVE MSLKRLLGRS PYNEEEKIAW SIQIASKGWG GFVDALIDST EYEQAFGDNT V PYQRKRLT TDRPFSFTPR YGADYRDRAG IVRPGRMSNW NNSANQNYDG VAILGVLLAI SAGMTFLFVL NWLGISSSF

UniProtKB: Photosystem I-associated linker protein CpcL

+
分子 #2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
分子量理論値: 83.28968 KDa
配列文字列: MTISPPEREE KKARVIVDKD PVPTSFEKWA QPGHFDRTLA RGPKTTTWIW NLHALAHDFD THTSDLEDIS RKIFAAHFGH LAVVTIWLS GMIFHGAKFS NYEAWLSDPL NVRPSAQVVW PIVGQDILNG DVGGGFHGIQ ITSGLFQVWR GWGITNSFQL Y CTAIGGLV ...文字列:
MTISPPEREE KKARVIVDKD PVPTSFEKWA QPGHFDRTLA RGPKTTTWIW NLHALAHDFD THTSDLEDIS RKIFAAHFGH LAVVTIWLS GMIFHGAKFS NYEAWLSDPL NVRPSAQVVW PIVGQDILNG DVGGGFHGIQ ITSGLFQVWR GWGITNSFQL Y CTAIGGLV LAGLFLFAGW FHYHKRAPKL EWFQNVESML NHHLQVLLGC GSLGWAGHLI HVSAPINKLM DAGVAVKDIP LP HEFILNK SLLIDLFPGF AAGLTPFFTL NWGQYADFLT FKGGLNPVTG GLWMTDIAHH HLAIAVVFII AGHQYRTNWG IGH SIKEIL ENHKGPFTGE GHKGLYENLT TSWHAQLATN LAFLGSLTII IAHHMYAMPP YPYLATDYAT QLCIFTHHIW IGGF LIVGG AAHAAIFMVR DYDPVVNQNN VLDRVIRHRD AIISHLNWVC IFLGFHSFGL YIHNDTMRAL GRPQDMFSDT AIQLQ PVFA QWVQNLHTLA PGGTAPNALE PVSYAFGGGV LAVGGKVAMM PIALGTADFL IHHIHAFTIH VTVLILLKGV LFARSS RLI PDKANLGFRF PCDGPGRGGT CQVSGWDHVF LGLFWMYNSL SIVIFHFSWK MQSDVWGTVD AAGNVSHITG GNFAQSA IT INGWLRDFLW AQASQVINSY GSALSAYGLM FLGAHFVWAF SLMFLFSGRG YWQELIESIV WAHNKLKVAP AIQPRALS I TQGRAVGVAH YLLGGIATTW AFFHAHILSV G

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1

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分子 #3: Photosystem I 4.8 kDa protein

分子名称: Photosystem I 4.8 kDa protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
分子量理論値: 4.872792 KDa
配列文字列:
MAKAKISPVA NTGAKPPYTF RTGWALLLLA VNFLVAAYYF HIIQ

UniProtKB: Photosystem I 4.8 kDa protein

+
分子 #4: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 1

分子名称: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
分子量理論値: 83.457016 KDa
配列文字列: MATKFPKFSQ DLAQDPTTRR IWYAMAMGND FESHDGMTEE NLYQKIFATH FGHLAIIFLW ASSLLFHVAW QGNFEQWIKD PLHVRPIAH AIWDPHFGKP AIEAFTQAGA NGPVNIAYSG VYHWWYTIGM RTNTELYTGS VFLLLFASLF LFAGWLHLQP K FRPSLAWF ...文字列:
MATKFPKFSQ DLAQDPTTRR IWYAMAMGND FESHDGMTEE NLYQKIFATH FGHLAIIFLW ASSLLFHVAW QGNFEQWIKD PLHVRPIAH AIWDPHFGKP AIEAFTQAGA NGPVNIAYSG VYHWWYTIGM RTNTELYTGS VFLLLFASLF LFAGWLHLQP K FRPSLAWF KSAESRLNHH LAGLFGVSSL AWAGHLIHVA IPESRGQHVG WDNFLSTAPH PAGLQPFFTG NWGVYAQNPD TA GHIFSTS QGAGTAILTF LGGFHPQTES LWLTDMAHHH LAIAVLFIVA GHMYRTNFGI GHSIKEMMNA KTFFGKPVEG PFN MPHQGI YDTYNNSLHF QLGWHLACLG VVTSWVAQHM YSLPSYAFIA KDYTTQAALY THHQYIAIFL MVGAFAHGAI FLVR DYDPE QNKGNVLERV LQHKEAIISH LSWVSLFLGF HTLGLYVHND VVVAFGTPEK QILIEPVFAQ FIQAAHGKVL YGLDT LLSN PDSVAYTAYP NYANVWLPGW LDAINSGTNS LFLTIGPGDF LVHHAIALGL HTTTLILVKG ALDARGSKLM PDKKDF GYA FPCDGPGRGG TCDISAWDSF YLSLFWALNT VGWVTFYWHW KHLGIWQGNV AQFNENSTYL MGWFRDYLWA NSAQLIN GY NPYGVNNLSV WAWMFLFGHL VWATGFMFLI SWRGYWQELI ETLVWAHERT PIANLVRWKD KPVALSIVQA RVVGLAHF T VGYVLTYAAF LIASTAGKFG

UniProtKB: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 1

+
分子 #5: Photosystem I iron-sulfur center

分子名称: Photosystem I iron-sulfur center / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: photosystem I
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
分子量理論値: 8.825206 KDa
配列文字列:
MSHTVKIYDT CIGCTQCVRA CPTDVLEMVP WDGCKAAQVA SSPRTEDCVG CKRCETACPT DFLSIRVYLG AETTRSMGLA Y

UniProtKB: Photosystem I iron-sulfur center

+
分子 #6: Photosystem I reaction center subunit II

分子名称: Photosystem I reaction center subunit II / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
分子量理論値: 15.17624 KDa
配列文字列:
MAETLSGKTP LFAGSTGGLL TKAVEEEKYA ITWTSPKAQV FELPTGGAAT MHEGENLLYI ARKEYGIALG GQLRKFKITN YKIYRILPS GETTFIHPAD GVFPEKVNAG REKVRFNARS IGENPNPSQV KFSGKATYDA

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit II

+
分子 #7: Photosystem I reaction center subunit IV

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
分子量理論値: 7.897051 KDa
配列文字列:
MVQRGSKVRI LRPESYWFQD VGTVASVDQS GIKYPVIVRF DKVNYAGINT NNFAVDELIE VEAPKAKAKK

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IV

+
分子 #8: Photosystem I reaction center subunit III

分子名称: Photosystem I reaction center subunit III / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
分子量理論値: 17.850568 KDa
配列文字列:
MRRLFALILV ICLSFSFAPP AKALGADLTP CAENPAFQAL AKNARNTTAD PQSGQKRFER YSQALCGPEG YPHLIVDGRL DRAGDFLIP SILFLYIAGW IGWVGRAYLQ AIKKDSDTEQ KEIQLDLGIA LPIIATGFAW PAAAVKELLS GELTAKDSEI T VSPR

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit III

+
分子 #9: Photosystem I reaction center subunit IX

分子名称: Photosystem I reaction center subunit IX / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
分子量理論値: 5.499422 KDa
配列文字列:
MADKADQSSY LIKFISTAPV AATIWLTITA GILIEFNRFF PDLLFHPLP

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit IX

+
分子 #10: Photosystem I reaction center subunit PsaK 1

分子名称: Photosystem I reaction center subunit PsaK 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
分子量理論値: 8.852457 KDa
配列文字列:
MLTSTLLAAA TTPLEWSPTV GIIMVIANVI AITFGRQTIK YPSAEPALPS AKFFGGFGAP ALLATTAFGH ILGVGLVLGL HNLGRI

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit PsaK 1

+
分子 #11: Photosystem I reaction center subunit VIII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit VIII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
分子量理論値: 5.066925 KDa
配列文字列:
MATAFLPSIL ADASFLSSIF VPVIGWVVPI ATFSFLFLYI EREDVA

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit VIII

+
分子 #12: Photosystem I reaction center subunit XI

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XI / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
分子量理論値: 18.130725 KDa
配列文字列:
MAQAVDASKN LPSDPRNREV VFPAGRDPQW GNLETPVNAS PLVKWFINNL PAYRPGLTPF RRGLEVGMAH GYFLFGPFAK LGPLRDAAN ANLAGLLGAI GLVVLFTLAL SLYANSNPPT ALASVTVPNP PDAFQSKEGW NNFASAFLIG GIGGAVVAYF L TSNLALIQ GLVG

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit XI

+
分子 #13: Photosystem I reaction center subunit XII

分子名称: Photosystem I reaction center subunit XII / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
分子量理論値: 3.538204 KDa
配列文字列:
MSSISDTQVY IALVVALIPG LLAWRLATEL YK

UniProtKB: Photosystem I reaction center subunit XII

+
分子 #14: CHLOROPHYLL A

分子名称: CHLOROPHYLL A / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 376 / 式: CLA
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CLA:
CHLOROPHYLL A

+
分子 #15: PHYLLOQUINONE

分子名称: PHYLLOQUINONE / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 8 / 式: PQN
分子量理論値: 450.696 Da
Chemical component information

ChemComp-PQN:
PHYLLOQUINONE

+
分子 #16: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 12 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER

+
分子 #17: BETA-CAROTENE

分子名称: BETA-CAROTENE / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 92 / 式: BCR
分子量理論値: 536.873 Da
Chemical component information

ChemComp-BCR:
BETA-CAROTENE

+
分子 #18: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE

分子名称: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 12 / 式: LHG
分子量理論値: 722.97 Da
Chemical component information

ChemComp-LHG:
1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / リン脂質*YM

+
分子 #19: CHLOROPHYLL A ISOMER

分子名称: CHLOROPHYLL A ISOMER / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 4 / 式: CL0
分子量理論値: 893.489 Da
Chemical component information

ChemComp-CL0:
CHLOROPHYLL A ISOMER

+
分子 #20: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

分子名称: 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 8 / 式: SQD
分子量理論値: 795.116 Da
Chemical component information

ChemComp-SQD:
1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL

+
分子 #21: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

分子名称: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 6 / 式: LMG
分子量理論値: 787.158 Da
Chemical component information

ChemComp-LMG:
1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Coot / 使用した粒子像数: 120345
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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