[日本語] English
万見
- EMDB-65801: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 WT 6p spike protein in complex wi... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-65801
タイトルCryo-EM structure of SARS-CoV-2 WT 6p spike protein in complex with P5-1C8 IgG (1.5 IgG)
マップデータCryo-EM structure of SARS-CoV-2 WT 6p spike protein in complex with P5-1C8 IgG
試料
  • 複合体: SARS-CoV-2 WT 6p in complex with P5-1C8 IgG
    • 複合体: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 6P
    • 複合体: P5-1C8 IgG
キーワードSARS-CoV-2 / antibody / complex / RBD / VIRAL PROTEIN
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.5 Å
データ登録者Lv NN / Yang RY
資金援助2件
OrganizationGrant number国
Other government2022YFA1206400
Other governmentCIFMS 2019-I2M-5-018
引用ジャーナル: Adv Sci (Weinh) / 年: 2026
タイトル: IgG-Bridging-Seeded Synergistic Aggregation of SARS-CoV-2 Spikes Underlies Potent Neutralization by a Low-Affinity Antibody.
著者: Niannian Lv / Peng Chen / Xiaobin Dai / Hu Xu / Ziheng Li / Zelin Shan / Jinqian Li / Fenglin Guo / Yuanfang Chen / Jiayi Li / Yiqian Huang / Guizhi Dong / Yifan Jiang / Liang Chen / Xuanyu ...著者: Niannian Lv / Peng Chen / Xiaobin Dai / Hu Xu / Ziheng Li / Zelin Shan / Jinqian Li / Fenglin Guo / Yuanfang Chen / Jiayi Li / Yiqian Huang / Guizhi Dong / Yifan Jiang / Liang Chen / Xuanyu Nan / Hanjun Zhao / Kang Zhang / Shilong Fan / Yuanchen Dong / Dongsheng Liu / Xinquan Wang / Deli Huang / Xiaojing Pan / Chunying Chen / Zhihua Liu / Li-Tang Yan / Qi Zhang / Linqi Zhang / Yuliang Zhao / Yuhe Renee Yang /
要旨: Mechanistic studies of viral neutralization typically prioritize high-affinity antibodies, relegating low-affinity binders to the sidelines. P5‑1C8, a Class 1 SARS-CoV-2 antibody that exemplifies ...Mechanistic studies of viral neutralization typically prioritize high-affinity antibodies, relegating low-affinity binders to the sidelines. P5‑1C8, a Class 1 SARS-CoV-2 antibody that exemplifies this underexplored "low‑affinity yet high‑potency" phenotype is reported, retaining strong neutralization of Omicron JN.1 despite markedly weakened trimer binding (K = 225 nM; IC = 0.06 nM). Structural and biophysical analyses reveal that P5-1C8 engages WT and BA.1 spikes through canonical intra-spike bivalency, but with JN.1 it induces aggregation. Using virion-like nanoparticles displaying multiple spikes, it is shown that IgG remains bound with no detectable dissociation and triggers pronounced aggregation. Coarse-grained molecular dynamics delineate the stepwise pathway in which weak IgG-spike contacts seed aggregation via transient inter-spike bridging. Together, these findings establish the first mechanistic framework demonstrating how weak-binding antibodies can nonetheless achieve potent neutralization through higher-order aggregation, thereby expanding the conceptual landscape of antibody function and opening new directions for antibody evaluation and design.
履歴
登録2025年8月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年1月7日-
マップ公開2026年1月7日-
更新2026年3月18日-
現状2026年3月18日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_65801.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_65801.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 WT 6p spike protein in complex with P5-1C8 IgG
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.97 Å/pix.
x 480 pix.
= 465.6 Å		0.97 Å/pix.
x 480 pix.
= 465.6 Å		0.97 Å/pix.
x 480 pix.
= 465.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.97 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.182
最小 - 最大-0.3071262 - 1.0631641
平均 (標準偏差)-0.00053557684 (±0.03363253)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 465.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 WT 6p spike protein...

ファイルemd_65801_half_map_1.map
注釈Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 WT 6p spike protein in complex with P5-1C8 IgG
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 WT 6p spike protein...

ファイルemd_65801_half_map_2.map
注釈Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 WT 6p spike protein in complex with P5-1C8 IgG
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : SARS-CoV-2 WT 6p in complex with P5-1C8 IgG

全体名称: SARS-CoV-2 WT 6p in complex with P5-1C8 IgG
要素
  • 複合体: SARS-CoV-2 WT 6p in complex with P5-1C8 IgG
    • 複合体: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 6P
    • 複合体: P5-1C8 IgG

-
超分子 #1: SARS-CoV-2 WT 6p in complex with P5-1C8 IgG

超分子名称: SARS-CoV-2 WT 6p in complex with P5-1C8 IgG / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 WT 6p spike protein in complex with P5-1C8 IgG (1.5 IgG)
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

-
超分子 #2: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 6P

超分子名称: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 6P / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 詳細: SARS-CoV-2 WT 6P
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

-
超分子 #3: P5-1C8 IgG

超分子名称: P5-1C8 IgG / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 詳細: P5-1C8 IgG
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 940 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 336572
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 38160
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る