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- EMDB-65584: Cryo-EM structure of complex III on the bovine heart submitochond... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-65584
タイトルCryo-EM structure of complex III on the bovine heart submitochondrial particles, III-2
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex III on the bovine heart submitochondrial particles
    • タンパク質・ペプチド: x 11種
  • リガンド: x 3種
キーワードrespiratory chain complex / supercomplex / submitochondrial particles / MOTOR PROTEIN / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex III assembly / subthalamus development / pons development / cerebellar Purkinje cell layer development / Respiratory electron transport / pyramidal neuron development / thalamus development / Mitochondrial translation termination / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase ...Complex III assembly / subthalamus development / pons development / cerebellar Purkinje cell layer development / Respiratory electron transport / pyramidal neuron development / thalamus development / Mitochondrial translation termination / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / Mitochondrial protein degradation / hypothalamus development / midbrain development / ubiquinone binding / respiratory electron transport chain / hippocampus development / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / mitochondrial membrane / oxidoreductase activity / mitochondrial inner membrane / heme binding / protein-containing complex / mitochondrion / proteolysis / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Single alpha-helix domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex, 6.4kD protein / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily ...Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Single alpha-helix domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex, 6.4kD protein / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Cytochrome b / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / : / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Nakano A / Masuya T / Akisada S / Ishikawa-Fukuda M / Mitsuoka K / Miyoshi H / Murai M / Yokoyama K
資金援助 日本, 3件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)23H02453 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)25K01958 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan) 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2026
タイトル: Structures of respiratory supercomplexes and ATP synthase oligomers in mammalian mitochondrial inner membrane.
著者: Atsuki Nakano / Takahiro Masuya / Shinsuke Akisada / Moe Ishikawa-Fukuda / Kaoru Mitsuoka / Hideto Miyoshi / Masatoshi Murai / Ken Yokoyama /
要旨: Understanding the functional mechanisms of membrane protein complexes requires structural analysis within their native membrane environment. Here, we applied cryo-electron microscopy to determine the ...Understanding the functional mechanisms of membrane protein complexes requires structural analysis within their native membrane environment. Here, we applied cryo-electron microscopy to determine the structures of FF ATP synthase and respiratory supercomplexes (SCs) on sub-mitochondrial particles (SMPs) isolated from bovine heart mitochondria. Most FF complexes were observed as dimers stabilized by the regulatory factor IF₁, and a tetrameric assembly comprising two FF-IF₁ dimers arranged linearly was also identified. This finding indicates that the tetrameric units of FF are present in the mitochondrial inner membrane and contribute to shaping cristae tips in mammalian mitochondria. F domain maps resolve the e-subunit- c₈-ring interface and show no discrete density for a tightly bound lipid within the c₈-ring. In addition to the previously reported SCs compositions CI₁CIII₂CIV₁ and CI₁CIII₂CIV₂, our analysis identified an additional assembly with the composition CI₁CIII₂CIV₃, as well as a CI₂CIII₂CIV₆ mega-complex. This approach enables rapid structural determination of FF ATP synthase and SCs from minimal membrane fractions, providing a foundation for elucidating the molecular basis of metabolic disorders and mitochondrial diseases at the level of higher-order architecture.
履歴
登録2025年7月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年4月1日-
マップ公開2026年4月1日-
更新2026年4月1日-
現状2026年4月1日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_65584.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_65584.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 600 pix.
= 654. Å		1.09 Å/pix.
x 600 pix.
= 654. Å		1.09 Å/pix.
x 600 pix.
= 654. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.09 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-0.7215469 - 1.6681243
平均 (標準偏差)-0.00040807325 (±0.031061167)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 654.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_65584_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_65584_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_65584_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_65584_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex III on the bovine heart submitochondrial particles

全体名称: Complex III on the bovine heart submitochondrial particles
要素
  • 複合体: Complex III on the bovine heart submitochondrial particles
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 8
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 9
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 9
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 10
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

+
超分子 #1: Complex III on the bovine heart submitochondrial particles

超分子名称: Complex III on the bovine heart submitochondrial particles
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#11
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 500 KDa

+
分子 #1: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 49.266254 KDa
組換発現生物種: Bos taurus (ウシ)
配列文字列: TATYAQALQS VPETQVSQLD NGLRVASEQS SQPTCTVGVW IDAGSRYESE KNNGAGYFVE HLAFKGTKNR PGNALEKEVE SMGAHLNAY STREHTAYYI KALSKDLPKA VELLADIVQN CSLEDSQIEK ERDVILQELQ ENDTSMRDVV FNYLHATAFQ G TPLAQSVE ...文字列:
TATYAQALQS VPETQVSQLD NGLRVASEQS SQPTCTVGVW IDAGSRYESE KNNGAGYFVE HLAFKGTKNR PGNALEKEVE SMGAHLNAY STREHTAYYI KALSKDLPKA VELLADIVQN CSLEDSQIEK ERDVILQELQ ENDTSMRDVV FNYLHATAFQ G TPLAQSVE GPSENVRKLS RADLTEYLSR HYKAPRMVLA AAGGLEHRQL LDLAQKHFSG LSGTYDEDAV PTLSPCRFTG SQ ICHREDG LPLAHVAIAV EGPGWAHPDN VALQVANAII GHYDCTYGGG AHLSSPLASI AATNKLCQSF QTFNICYADT GLL GAHFVC DHMSIDDMMF VLQGQWMRLC TSATESEVLR GKNLLRNALV SHLDGTTPVC EDIGRSLLTY GRRIPLAEWE SRIA EVDAR VVREVCSKYF YDQCPAVAGF GPIEQLPDYN RIRSGMFWLR F

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial

+
分子 #2: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 45.15175 KDa
組換発現生物種: Bos taurus (ウシ)
配列文字列: AGVPPHPQDL EFTRLPNGLV IASLENYAPA SRIGLFIKAG SRYENSNNLG TSHLLRLASS LTTKGASSFK ITRGIEAVGG KLSVTSTRE NMAYTVECLR DDVDILMEFL LNVTTAPEFR RWEVAALQPQ LRIDKAVALQ NPQAHVIENL HAAAYRNALA N SLYCPDYR ...文字列:
AGVPPHPQDL EFTRLPNGLV IASLENYAPA SRIGLFIKAG SRYENSNNLG TSHLLRLASS LTTKGASSFK ITRGIEAVGG KLSVTSTRE NMAYTVECLR DDVDILMEFL LNVTTAPEFR RWEVAALQPQ LRIDKAVALQ NPQAHVIENL HAAAYRNALA N SLYCPDYR IGKVTPVELH DYVQNHFTSA RMALIGLGVS HPVLKQVAEQ FLNIRGGLGL SGAKAKYHGG EIREQNGDSL VH AALVAES AAIGSAEANA FSVLQHVLGA GPHVKRGSNA TSSLYQAVAK GVHQPFDVSA FNASYSDSGL FGFYTISQAA SAG DVIKAA YNQVKTIAQG NLSNPDVQAA KNKLKAGYLM SVESSEGFLD EVGSQALAAG SYTPPSTVLQ QIDAVADADV INAA KKFVS GRKSMAASGN LGHTPFIDEL

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial

+
分子 #3: Cytochrome b

分子名称: Cytochrome b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 42.489145 KDa
組換発現生物種: Bos taurus (ウシ)
配列文字列: TNIRKSHPLM KIVNNAFIDL PAPSNISSWW NFGSLLGICL ILQILTGLFL AMHYTSDTTT AFSSVTHICR DVNYGWIIRY MHANGASMF FICLYMHVGR GLYYGSYTFL ETWNIGVILL LTVMATAFMG YVLPWGQMSF WGATVITNLL SAIPYIGTNL V EWIWGGFS ...文字列:
TNIRKSHPLM KIVNNAFIDL PAPSNISSWW NFGSLLGICL ILQILTGLFL AMHYTSDTTT AFSSVTHICR DVNYGWIIRY MHANGASMF FICLYMHVGR GLYYGSYTFL ETWNIGVILL LTVMATAFMG YVLPWGQMSF WGATVITNLL SAIPYIGTNL V EWIWGGFS VDKATLTRFF AFHFILPFII MAIAMVHLLF LHETGSNNPT GISSDVDKIP FHPYYTIKDI LGALLLILAL ML LVLFAPD LLGDPDNYTP ANPLNTPPHI KPEWYFLFAY AILRSIPNKL GGVLALAFSI LILALIPLLH TSKQRSMMFR PLS QCLFWA LVADLLTLTW IGGQPVEHPY ITIGQLASVL YFLLILVLMP TAGTIENKLL KW

UniProtKB: Cytochrome b

+
分子 #4: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 27.323277 KDa
組換発現生物種: Bos taurus (ウシ)
配列文字列: SDLELHPPSY PWSHRGLLSS LDHTSIRRGF QVYKQVCSSC HSMDYVAYRH LVGVCYTEDE AKALAEEVEV QDGPNEDGEM FMRPGKLSD YFPKPYPNPE AARAANNGAL PPDLSYIVRA RHGGEDYVFS LLTGYCEPPT GVSLREGLYF NPYFPGQAIG M APPIYNEV ...文字列:
SDLELHPPSY PWSHRGLLSS LDHTSIRRGF QVYKQVCSSC HSMDYVAYRH LVGVCYTEDE AKALAEEVEV QDGPNEDGEM FMRPGKLSD YFPKPYPNPE AARAANNGAL PPDLSYIVRA RHGGEDYVFS LLTGYCEPPT GVSLREGLYF NPYFPGQAIG M APPIYNEV LEFDDGTPAT MSQVAKDVCT FLRWAAEPEH DHRKRMGLKM LLMMGLLLPL VYAMKRHKWS VLKSRKLAYR PP K

UniProtKB: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial

+
分子 #5: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 21.64058 KDa
組換発現生物種: Bos taurus (ウシ)
配列文字列: SHTDIKVPDF SDYRRPEVLD STKSSKESSE ARKGFSYLVT ATTTVGVAYA AKNVVSQFVS SMSASADVLA MSKIEIKLSD IPEGKNMAF KWRGKPLFVR HRTKKEIDQE AAVEVSQLRD PQHDLERVKK PEWVILIGVC THLGCVPIAN AGDFGGYYCP C HGSHYDAS ...文字列:
SHTDIKVPDF SDYRRPEVLD STKSSKESSE ARKGFSYLVT ATTTVGVAYA AKNVVSQFVS SMSASADVLA MSKIEIKLSD IPEGKNMAF KWRGKPLFVR HRTKKEIDQE AAVEVSQLRD PQHDLERVKK PEWVILIGVC THLGCVPIAN AGDFGGYYCP C HGSHYDAS GRIRKGPAPL NLEVPSYEFT SDDMVIVG

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

+
分子 #6: Cytochrome b-c1 complex subunit 7

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 12.917674 KDa
組換発現生物種: Bos taurus (ウシ)
配列文字列:
VSASSRWLEG IRKWYYNAAG FNKLGLMRDD TIHENDDVKE AIRRLPENLY DDRVFRIKRA LDLSMRQQIL PKEQWTKYEE DKSYLEPYL KEVIRERKER EEWAKK

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 7

+
分子 #7: Cytochrome b-c1 complex subunit 8

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 8.856277 KDa
組換発現生物種: Bos taurus (ウシ)
配列文字列:
GRQFGHLTRV RHVITYSLSP FEQRAFPHYF SKGIPNVLRR TRACILRVAP PFVAFYLVYT WGTQEFEKSK RKNPA

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 8

+
分子 #8: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 7.886885 KDa
組換発現生物種: Bos taurus (ウシ)
配列文字列:
ELVDPLTTVR EQCEQLEKCV KARERLELCD ERVSSRSQTE EDCTEELLDF LHARDHCVAH KLFNSLK

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial

+
分子 #9: Cytochrome b-c1 complex subunit 9

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 5.824802 KDa
組換発現生物種: Bos taurus (ウシ)
配列文字列:
MLSVAARSGP FAPVLSATSR GVAGALRPLV QAAVPATSES PVLDLKRSVL CRESLRG

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

+
分子 #10: Cytochrome b-c1 complex subunit 9

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 7.080131 KDa
組換発現生物種: Bos taurus (ウシ)
配列文字列:
VAPTLTARLY SLLFRRTSTF ALTIVVGALF FERAFDQGAD AIYEHINEGK LWKHIKHKYE N

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 9

+
分子 #11: Cytochrome b-c1 complex subunit 10

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 5.978972 KDa
組換発現生物種: Bos taurus (ウシ)
配列文字列:
LTRFLGPRYR QLARNWVPTA QLWGAVGAVG LVWATDSRLI LDWVPYINGK FK

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 10

+
分子 #12: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #13: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 2 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

+
分子 #14: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 30421492
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7) / 使用した粒子像数: 135149
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1sqb


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9w2y:
Cryo-EM structure of complex III on the bovine heart submitochondrial particles, III-2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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