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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6558 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM of bacteriophage phi29 emptied particles fusing with liposome after low pH treatment | |||||||||
マップデータ | reconstruction of bacteriophage phi29 fusing with liposomes after low pH treatment | |||||||||
試料 |
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キーワード | bacteriophage phi29 / empty particles / tail knob protein gp9 | |||||||||
生物種 | Bacillus phage phi29 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 34.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Xu JW / Gui M / Wang DH / Xiang Y | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2016 タイトル: The bacteriophage ϕ29 tail possesses a pore-forming loop for cell membrane penetration. 著者: Jingwei Xu / Miao Gui / Dianhong Wang / Ye Xiang / 要旨: Most bacteriophages are tailed bacteriophages with an isometric or a prolate head attached to a long contractile, long non-contractile, or short non-contractile tail. The tail is a complex machine ...Most bacteriophages are tailed bacteriophages with an isometric or a prolate head attached to a long contractile, long non-contractile, or short non-contractile tail. The tail is a complex machine that plays a central role in host cell recognition and attachment, cell wall and membrane penetration, and viral genome ejection. The mechanisms involved in the penetration of the inner host cell membrane by bacteriophage tails are not well understood. Here we describe structural and functional studies of the bacteriophage ϕ29 tail knob protein gene product 9 (gp9). The 2.0 Å crystal structure of gp9 shows that six gp9 molecules form a hexameric tube structure with six flexible hydrophobic loops blocking one end of the tube before DNA ejection. Sequence and structural analyses suggest that the loops in the tube could be membrane active. Further biochemical assays and electron microscopy structural analyses show that the six hydrophobic loops in the tube exit upon DNA ejection and form a channel that spans the lipid bilayer of the membrane and allows the release of the bacteriophage genomic DNA, suggesting that cell membrane penetration involves a pore-forming mechanism similar to that of certain non-enveloped eukaryotic viruses. A search of other phage tail proteins identified similar hydrophobic loops, which indicates that a common mechanism might be used for membrane penetration by prokaryotic viruses. These findings suggest that although prokaryotic and eukaryotic viruses use apparently very different mechanisms for infection, they have evolved similar mechanisms for breaching the cell membrane. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6558.map.gz | 7.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6558-v30.xml emd-6558.xml | 8 KB 8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 400_6558.gif 80_6558.gif | 36.4 KB 14.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6558 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6558 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6558_validation.pdf.gz | 78.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_6558_full_validation.pdf.gz | 77.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6558_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6558 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6558 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6558.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 122.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | reconstruction of bacteriophage phi29 fusing with liposomes after low pH treatment | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3.02 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : the tail of bacteriophage phi29 fusing with liposomes after low p...
全体 | 名称: the tail of bacteriophage phi29 fusing with liposomes after low pH treatment |
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要素 |
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-超分子 #1000: the tail of bacteriophage phi29 fusing with liposomes after low p...
超分子 | 名称: the tail of bacteriophage phi29 fusing with liposomes after low pH treatment タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 1 / Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: Bacillus phage phi29
超分子 | 名称: Bacillus phage phi29 / タイプ: virus / ID: 1 / NCBI-ID: 10756 / 生物種: Bacillus phage phi29 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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宿主 | 生物種: Bacillus subtilis (枯草菌) / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: capsid protein, gp8 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 4.2 詳細: phage in the 20mM NaCl, 10mM Tris-Cl, 10mM MgCl2 mixed with 50mM NaAc, 150mM (NH4)2SO4, 12.5mM HEPES, 50mM KCl solution |
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グリッド | 詳細: Quantifoild 200 mesh grid, 1.2 um x 1.3 um |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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日付 | 2015年4月7日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 実像数: 191 / 平均電子線量: 20 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダー: 626 holder / 試料ホルダーモデル: GATAN HELIUM |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Each particle |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 34.5 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用した粒子像数: 802 |