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- EMDB-65575: Cryo-EM structure of the Cytoplasmic lattice(CPL) from mouse oocyte -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-65575
タイトルCryo-EM structure of the Cytoplasmic lattice(CPL) from mouse oocyte
マップデータ
試料
  • 複合体: mouse oocyte cytoplasmic lattices (CPL)
    • タンパク質・ペプチド: x 14種
  • リガンド: x 2種
キーワードCytoplasmic lattice / Maternal complex / Cryo-EM structure / Protein assembly / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of translation by machinery localization / Prolactin receptor signaling / Signaling by BMP / subcortical maternal complex / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / establishment of organelle localization / Chromatin modifying enzymes / protein storage ...regulation of translation by machinery localization / Prolactin receptor signaling / Signaling by BMP / subcortical maternal complex / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / establishment of organelle localization / Chromatin modifying enzymes / protein storage / structural constituent of cytoplasmic lattice / cytoplasmic lattice / cortical granule exocytosis / embryonic process involved in female pregnancy / endoplasmic reticulum localization / ooplasm / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / Intraflagellar transport / establishment or maintenance of apical/basal cell polarity / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / Regulation of BACH1 activity / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / cytoplasm organization / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / histone H3K18 ubiquitin ligase activity / histone H3K14 ubiquitin ligase activity / histone H3 ubiquitin ligase activity / Regulation of TNFR1 signaling / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of RUNX2 expression and activity / histone H3K23 ubiquitin ligase activity / Degradation of GLI1 by the proteasome / COPI-mediated anterograde transport / Cyclin D associated events in G1 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / spermatogonial cell division / Orc1 removal from chromatin / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Kinesins / Aggrephagy / cortical granule / histone H3 reader activity / PKR-mediated signaling / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / RHO GTPases activate IQGAPs / Activation of NF-kappaB in B cells / Iron uptake and transport / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Recycling pathway of L1 / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / FCERI mediated NF-kB activation / apical cortex / positive regulation of meiotic nuclear division / CLEC7A (Dectin-1) signaling / chromosomal DNA methylation maintenance following DNA replication / Interleukin-1 signaling / RHO GTPases Activate Formins / regulation of RNA stability / positive regulation of embryonic development / Separation of Sister Chromatids / Downstream TCR signaling / F-box domain binding / Hedgehog 'off' state / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / regulation of establishment of protein localization / Peroxisomal protein import / hemi-methylated DNA-binding / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / PcG protein complex / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Neddylation / embryonic pattern specification / embryonic cleavage / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / mitochondrion localization / embryonic brain development / establishment of spindle localization / MHC class II antigen presentation / gap junction / flagellated sperm motility / regulation of epithelial cell proliferation / maintenance of protein location in nucleus / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / intermediate filament cytoskeleton / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / methyl-CpG binding / protein K11-linked ubiquitination
類似検索 - 分子機能
Zinc finger BED domain-containing protein 2/3 / BED zinc finger / KH-like RNA-binding domain / : / KH-like RNA-binding domain / Groucho/transducin-like enhancer / : / UHRF1, tandem tudor domain / Tandem tudor domain within UHRF1 / UHRF1/2-like ...Zinc finger BED domain-containing protein 2/3 / BED zinc finger / KH-like RNA-binding domain / : / KH-like RNA-binding domain / Groucho/transducin-like enhancer / : / UHRF1, tandem tudor domain / Tandem tudor domain within UHRF1 / UHRF1/2-like / Protein-arginine deiminase / Protein-arginine deiminase, C-terminal / Protein-arginine deiminase (PAD), N-terminal / Protein-arginine deiminase (PAD), central domain / Protein-arginine deiminase, central domain superfamily / PAD, N-terminal domain superfamily / Protein-arginine deiminase (PAD) / Protein-arginine deiminase (PAD) N-terminal domain / Protein-arginine deiminase (PAD) middle domain / SRA-YDG / SRA-YDG superfamily / SAD/SRA domain / YDG domain profile. / SET and RING finger associated domain. Domain of unknown function in SET domain containing proteins and in Deinococcus radiodurans DRA1533. / : / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT domain / NACHT-NTPase domain profile. / DAPIN domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine Rich repeat / K Homology domain, type 1 superfamily / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / PUA-like superfamily / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / PHD-finger / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Death-like domain superfamily / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger C2H2 superfamily / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Ring finger / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Cupredoxin / Zinc finger PHD-type profile. / Leucine-rich repeat / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Leucine-rich repeat domain superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like domain superfamily / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NLR family, pyrin domain containing 4F / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3 / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 14 / Tubulin beta-2A chain / Inactive protein-arginine deiminase type-6 / E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 / Oocyte-expressed protein homolog / Tubulin beta-2B chain / KH domain-containing protein 3 / Zinc finger BED domain-containing protein 3 ...NLR family, pyrin domain containing 4F / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3 / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 14 / Tubulin beta-2A chain / Inactive protein-arginine deiminase type-6 / E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 / Oocyte-expressed protein homolog / Tubulin beta-2B chain / KH domain-containing protein 3 / Zinc finger BED domain-containing protein 3 / NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5 / S-phase kinase-associated protein 1 / Transducin-like enhancer protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Liu SX / Xue JC / Zhang Y / Liu YS / Gao HS / Shen EZ
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32070628 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32271258 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the Cytoplasmic lattice(CPL) from mouse oocyte
著者: Liu SX / Xue JC / Zhang Y / Liu YS / Gao HS / Shen EZ
履歴
登録2025年7月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月25日-
マップ公開2026年2月25日-
更新2026年2月25日-
現状2026年2月25日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_65575.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_65575.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1000 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 640 pix.
= 689.472 Å		1.08 Å/pix.
x 640 pix.
= 689.472 Å		1.08 Å/pix.
x 640 pix.
= 689.472 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0773 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.085
最小 - 最大-0.50288993 - 1.0568854
平均 (標準偏差)-0.0010518647 (±0.024199657)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ640640640
Spacing640640640
セルA=B=C: 689.472 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_65575_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_65575_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

+
全体 : mouse oocyte cytoplasmic lattices (CPL)

全体名称: mouse oocyte cytoplasmic lattices (CPL)
要素
  • 複合体: mouse oocyte cytoplasmic lattices (CPL)
    • タンパク質・ペプチド: Inactive protein-arginine deiminase type-6
    • タンパク質・ペプチド: Oocyte-expressed protein homolog
    • タンパク質・ペプチド: KH domain-containing protein 3
    • タンパク質・ペプチド: NLR family, pyrin domain containing 4F
    • タンパク質・ペプチド: FBXW24
    • タンパク質・ペプチド: S-phase kinase-associated protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1
    • タンパク質・ペプチド: Zinc finger BED domain-containing protein 3
    • タンパク質・ペプチド: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 14
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta-2A chain
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta-2B chain
    • タンパク質・ペプチド: Isoform 4 of NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5
    • タンパク質・ペプチド: Transducin-like enhancer protein 6
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

+
超分子 #1: mouse oocyte cytoplasmic lattices (CPL)

超分子名称: mouse oocyte cytoplasmic lattices (CPL) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#14
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 2 MDa

+
分子 #1: Inactive protein-arginine deiminase type-6

分子名称: Inactive protein-arginine deiminase type-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 20 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 76.854109 KDa
配列文字列: MSFQNSLSLS LVNPTHALCM VGMEITLDIS KCAPDKCKSF TIRGSPRILI HISSSVIAGK EDTVVWRSMN HPTVALVRMV APSPTVDED KVLVSYFCPD QEVPTATAVL FLTGIEISLE ADIYRDGQLD MPSDKQAKKK WMWGMNGWGA ILLVNCSPNA V GQPDEQSF ...文字列:
MSFQNSLSLS LVNPTHALCM VGMEITLDIS KCAPDKCKSF TIRGSPRILI HISSSVIAGK EDTVVWRSMN HPTVALVRMV APSPTVDED KVLVSYFCPD QEVPTATAVL FLTGIEISLE ADIYRDGQLD MPSDKQAKKK WMWGMNGWGA ILLVNCSPNA V GQPDEQSF QEGPREIQNL SQMNVTVEGP TSILQNYQLI LHTSEEEAKK TRVYWSQRGS SAYELVVGPN KPVYLLPTFE NR RKEAFYV EATEFPSPSF SGLISLSLSL VEKAHDECIP EIPLYKDTVM FRVAPYIFMP STQMPLEVYL CRELQLQGFV DSV TKLSEK SKVQVVKVYE DPNRQSKWLQ DEMAFCYTQA PHKTVSLILD TPRVSKLEDF PMKYTLTPGS GYLIRQTEDH RVAS LDSIG NLMVSPPVKA QGKDYPLGRV LIGGSFYPSS EGRDMNKGLR EFVYAQQVQA PVELFSDWLM TGHMDQFMCF VPTND KNND QKDFRLLLAS PSACFELFEQ KQKEGYGNVT LFEDIGAEQL LSNGRESKTI SQILADKSFR EQNTYVEKCI SLNRTL LKT ELGLEDKDII LIPQLFCLEQ LTNVPSNQQS TKLFARPYFP DMLQIIVLGK NLGIPKPFGP KINGTCCLEE KVCGLLE PL GLKCTFIDDF DCYLANIGDV CASAIINRVP FAFKWWKMTP

UniProtKB: Inactive protein-arginine deiminase type-6

+
分子 #2: Oocyte-expressed protein homolog

分子名称: Oocyte-expressed protein homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 14.294582 KDa
配列文字列:
NVLPVSLRLR TRPWWFPIQE VSNPLVLYME AWVAERVIGT DQAEISEIEW MCQALLTVDS VNSGNLAEIT IFGQPSAQTR MKNILLNMA AWHKENELQR AVKVKEVEEF LKIRASSILS KLSKKG

UniProtKB: Oocyte-expressed protein homolog

+
分子 #3: KH domain-containing protein 3

分子名称: KH domain-containing protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 15.250954 KDa
配列文字列:
MASLKRFQTL VPLDHKQGTL FEIIGEPKLP KWFHVECLED PKRLYVEPRL LEIMFGKDGE HIPHLESMLH TLIHVNVWGP ERRAEIWIF GPPPFRRDVD RMLTDLAHYC RMKLMEIEAL EAGVERRRM

UniProtKB: KH domain-containing protein 3

+
分子 #4: NLR family, pyrin domain containing 4F

分子名称: NLR family, pyrin domain containing 4F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 107.564766 KDa
配列文字列: ISDFGLIWYL RELNKKEFMK FKDFLIQEIL ELKLKQVSST KVKKASREDL ANLLLKCGEN QAWDMTFRIL QKINRKDLTE RATGAIVGN PNLYRDHLKK KLTHDCPKKF NVRIQDFIKE TFIQNDYDAF ENLLISKGTE RKPHMVFLKG MAGVGKTLML K NLMLAWSK ...文字列:
ISDFGLIWYL RELNKKEFMK FKDFLIQEIL ELKLKQVSST KVKKASREDL ANLLLKCGEN QAWDMTFRIL QKINRKDLTE RATGAIVGN PNLYRDHLKK KLTHDCPKKF NVRIQDFIKE TFIQNDYDAF ENLLISKGTE RKPHMVFLKG MAGVGKTLML K NLMLAWSK GLVFQNKFSY AFYFCCQDVK QLKTASLAEL ISREWPSPSA PIEEILSQPE KLLFIIDSLE GMEWDLTKQE SE LCDDCME KQPVSTLLSS LLRRKMLPES SLLLSTTPET FEKMEDRIQC TDVKTATAFD ERSMKIYFHR LFQDRKRAQE AFS LVRENK QLFTICQVPL LCWMVATCLK EEIEKGGDPV SLCRRTTSLY TTHIFSLFIP QSAQYPSKKS QDQLQGLCSL AAEG MWTDT FVFGKEALRR NGIFDSDIPT LLDIGMLGKI REFENSYIFL HPSVQEVCAA IFYMLKRHVE HPSQDVKNIE TVLFM FLKK VKTQWIFLGC FIFGLLQKSE QEKLGVFFGH RLSKNIHHKL YQCLETLSGN AELQEQIDGM RLFSCLFEME DEAFLV KAM NCMQQINFVA KNYSDFIVAA YCLKHCSTLK KLSFSTENVL NEGDQSYMEE LLICWNNMCS VFVRSKDIQE LRIKDTN FN EPAIRVLYES LKYPSFTLNK LVANNVSFGD NHVLFELIQN SSLQYLDLSC SFLSHNEVKL LCDILNQAEC NIEKLMIA H CKLSPDDCKI FGSILMSSKS LKVLNLASNN LNQGISSLCK ALCHPHCTLE YLVLSNCSLS EQCWDYLSEV LRQNKTLSH LDISSNDLKD EGLKILCRSL ILPYCVLESL CLSCCGITER GCQDLAEVLK NNQNLKYLHV SYNKLKDTGV MLLCDAIKHP NCHLKDLQL EACEITDASN EELCYAFMQC ETLQTLNLMG NAFEVSRMVF FPRF

UniProtKB: NLR family, pyrin domain containing 4F

+
分子 #5: FBXW24

分子名称: FBXW24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 53.469059 KDa
配列文字列: MEIHLSSFPM MEIFSYLDAY SLLQVAQVNK NWNALASNDF LWRKLCQERW LFCDMVTLQL LGKETWKQFF VYRTWQEHVK SRAIPEDFT YKEIPLECGV RGYAGYISGC ALTRNGQGKS VVCMVSSKNK ISTWDISESV ITWVSPVQPA SIKLLTTLPD M HIAVTVDI ...文字列:
MEIHLSSFPM MEIFSYLDAY SLLQVAQVNK NWNALASNDF LWRKLCQERW LFCDMVTLQL LGKETWKQFF VYRTWQEHVK SRAIPEDFT YKEIPLECGV RGYAGYISGC ALTRNGQGKS VVCMVSSKNK ISTWDISESV ITWVSPVQPA SIKLLTTLPD M HIAVTVDI QSTIKLWDCH NREALATNNL ESPCKSLKAV ISKDGPIVLA GDILGNLYIF RIPDLHLIST VNVFPCGFDK ID CSPQKKW VLLSQNHPCI YPKVFYMSSL LRTSEFSDPV STVLEFSLCK RAFWTPRRED RITLMSRRGR PIVTRFETFD MKL EENGNK TIVKGDLVAS FSLQDYNENP KWMGVSDKSV IVCSTGSSLL LFSMKGLHLQ TFQYSPEMIV RLWVDPVHVI ITCN DGSID VYMWEERSLL LKMCYRLQNG RHLPPFGFIK NLLCDDVSIV QLMIDRQGPC FLMAYTLNIC S

+
分子 #6: S-phase kinase-associated protein 1

分子名称: S-phase kinase-associated protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 18.693992 KDa
配列文字列:
MPTIKLQSSD GEIFEVDVEI AKQSVTIKTM LEDLGMDDEG DDDPVPLPNV NAAILKKVIQ WCTHHKDDPP PPEDDENKEK RTDDIPVWD QEFLKVDQGT LFELILAANY LDIKGLLDVT CKTVANMIKG KTPEEIRKTF NIKNDFTEEE EAQVRKENQW C EEK

UniProtKB: S-phase kinase-associated protein 1

+
分子 #7: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3

分子名称: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: E2 ubiquitin-conjugating enzyme
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 16.706133 KDa
配列文字列:
MALKRINKEL SDLARDPPAQ CSAGPVGDDM FHWQATIMGP NDSPYQGGVF FLTIHFPTDY PFKPPKVAFT TRIYHPNINS NGSICLDIL RSQWSPALTI SKVLLSICSL LCDPNPDDPL VPEIARIYKT DRDKYNRISR EWTQKYAM

UniProtKB: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 D3

+
分子 #8: E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1

分子名称: E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RING-type E3 ubiquitin transferase
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 88.436805 KDa
配列文字列: MWIQVRTMDG KETHTVNSLS RLTKVQELRK KIEEVFHVEP QLQRLFYRGK QMEDGHTLFD YDVRLNDTIQ LLVRQSLALP LSTKERDSE LSDSDSGYGV GHSESDKSST HGEGAAEADD KTVWEDTDLG LYKVNEYVDV RDNIFGAWFE AQVVQVQKRA L SEDEPCSS ...文字列:
MWIQVRTMDG KETHTVNSLS RLTKVQELRK KIEEVFHVEP QLQRLFYRGK QMEDGHTLFD YDVRLNDTIQ LLVRQSLALP LSTKERDSE LSDSDSGYGV GHSESDKSST HGEGAAEADD KTVWEDTDLG LYKVNEYVDV RDNIFGAWFE AQVVQVQKRA L SEDEPCSS SAVKTSEDDI MYHVKYDDYP EHGVDIVKAK NVRARARTVI PWENLEVGQV VMANYNVDYP RKRGFWYDVE IC RKRQTRT ARELYGNIRL LNDSQLNNCR IMFVDEVLMI ELPKERRPLI ASPSQPPPAL RNTGKSGPSC RFCKDDENKP CRK CACHVC GGREAPEKQL LCDECDMAFH LYCLKPPLTS VPPEPEWYCP SCRTDSSEVV QAGEKLKESK KKAKMASATS SSRR DWGKG MACVGRTTEC TIVPANHFGP IPGVPVGTMW RFRVQVSESG VHRPHVAGIH GRSNDGAYSL VLAGGYEDDV DNGNY FTYT GSGGRDLSGN KRTAGQSSDQ KLTNNNRALA LNCHSPINEK GAEAEDWRQG KPVRVVRNMK GGKHSKYAPA EGNRYD GIY KVVKYWPERG KSGFLVWRYL LRRDDTEPEP WTREGKDRTR QLGLTMQYPE GYLEALANKE KSRKRPAKAL EQGPSSS KT GKSKQKSTGP TLSSPRASKK SKLEPYTLSE QQANLIKEDK GNAKLWDDVL TSLQDGPYQI FLSKVKEAFQ CICCQELV F RPVTTVCQHN VCKDCLDRSF RAQVFSCPAC RFELDHSSPT RVNQPLQTIL NQLFPGYGSG R

UniProtKB: E3 ubiquitin-protein ligase UHRF1

+
分子 #9: Zinc finger BED domain-containing protein 3

分子名称: Zinc finger BED domain-containing protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 6.370292 KDa
配列文字列:
SYSEAWGYFH LDPAQPRHRM MSAWATCRLC GLQVGGLPNF QMWTRALCQH LSDVH

UniProtKB: Zinc finger BED domain-containing protein 3

+
分子 #10: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 14

分子名称: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 110.368961 KDa
配列文字列: IDYRTVIKEN IFTMWYKTSL HGEFATLNCV ITPKDQNLLQ HIFDEDIQTS EAPQTVVLQG AAGIGKTTLL KKAVLEWADG NLYQQFTHV FYLNGKEISQ VKEKSFAQLI SKHWPSSEGP IEQVLSKPSS LLFIIDSFDE LDFSFEEPQF ALCKDWTQIS P VSFLISSL ...文字列:
IDYRTVIKEN IFTMWYKTSL HGEFATLNCV ITPKDQNLLQ HIFDEDIQTS EAPQTVVLQG AAGIGKTTLL KKAVLEWADG NLYQQFTHV FYLNGKEISQ VKEKSFAQLI SKHWPSSEGP IEQVLSKPSS LLFIIDSFDE LDFSFEEPQF ALCKDWTQIS P VSFLISSL LRKVMLPESY LLVATRSTAW KRLVPLLQKP QRVKLSGLSK NARMDYIHHL LKDKAWATSA IYSLRMNWRL FH MCHVCHM CQMICAVLKG QVEKGGRVEE TCKTSTALFT YYICSLFPRI PVGCVTLPNE TLLRSLCKAA VEGIWTMKHV LYQ QNLRKH ELTREDILLF LDAKVLQQDT EYENCYMFTH LHVQEFFAAL FYLLRENLEE QDYPSEPFEN LYLLLESNHI HDPH LEQMK CFLFGLLNKD RVRQLEETFN LTISMEVREE LLACLEGLEK DDSSLSQLRF QDLLHCIYET QDQEFITQAL MYFQK IIVR VDEEPQLRIY SFCLKHCHTL KTMRLTARAD LKNMLDTAEM CLEGAAVQVI HYWQDLFSVL HTNESLIEMD LYESRL DES LMKILNEELS HPKCKLQKLI FRAVDFLNGC QDFTFLASNK KVTHLDLKET DLGVNGLKTL CEALKCKGCK LRVLRLA SC DLNVARCQKL SNALQTNRSL VFLNLSLNNL SNDGVKSLCE VLENPNSSLE RLALASCGLT KAGCKVLSSA LTKSKRLT H LCLSDNVLED EGIKLLSHTL KHPQCTLQSL VLRSCSFTPI GSEHLSTALL HNRSLVHLDL GQNKLADNGV KLLCHSLQQ PHCNLQELEL MSCVLTSKAC GDLASVLVNN SNLWSLDLGH NILDDAGLNI LCDALRNPNC HVQRLGLENC GLTPGCCQDL LGILSNNKS VIQMNLMKNA LDHESIKNLC KVLRSPTCKM EFLALDKKEI LKKKIKKFLV DVRINNPHLV IGPECPNTES G CWWNYF

UniProtKB: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 14

+
分子 #11: Tubulin beta-2A chain

分子名称: Tubulin beta-2A chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 49.953797 KDa
配列文字列: MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGSYHGDS DLQLERINVY YNEAAGNKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKESESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS ...文字列:
MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGSYHGDS DLQLERINVY YNEAAGNKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKESESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS VMPSPKVSDT VVEPYNATLS VHQLVENTDE TYSIDNEALY DICFRTLKLT TPTYGDLNHL VSATMSGVTT CL RFPGQLN ADLRKLAVNM VPFPRLHFFM PGFAPLTSRG SQQYRALTVP ELTQQMFDSK NMMAACDPRH GRYLTVAAIF RGR MSMKEV DEQMLNVQNK NSSYFVEWIP NNVKTAVCDI PPRGLKMSAT FIGNSTAIQE LFKRISEQFT AMFRRKAFLH WYTG EGMDE MEFTEAESNM NDLVSEYQQY QDATADEQGE FEEEEGEDEA

UniProtKB: Tubulin beta-2A chain

+
分子 #12: Tubulin beta-2B chain

分子名称: Tubulin beta-2B chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 49.999887 KDa
配列文字列: MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGSYHGDS DLQLERINVY YNEATGNKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKESESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS ...文字列:
MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGSYHGDS DLQLERINVY YNEATGNKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKESESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS VMPSPKVSDT VVEPYNATLS VHQLVENTDE TYCIDNEALY DICFRTLKLT TPTYGDLNHL VSATMSGVTT CL RFPGQLN ADLRKLAVNM VPFPRLHFFM PGFAPLTSRG SQQYRALTVP ELTQQMFDSK NMMAACDPRH GRYLTVAAIF RGR MSMKEV DEQMLNVQNK NSSYFVEWIP NNVKTAVCDI PPRGLKMSAT FIGNSTAIQE LFKRISEQFT AMFRRKAFLH WYTG EGMDE MEFTEAESNM NDLVSEYQQY QDATADEQGE FEEEEGEDEA

UniProtKB: Tubulin beta-2B chain

+
分子 #13: Isoform 4 of NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5

分子名称: Isoform 4 of NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 109.296773 KDa
配列文字列: DLQDYKAHVI AKFDTSVDLH YDSPEMKLLS DAFKPYQKTF QPHTIILHGR PGVGKSALAR SIVLGWAQGK LFQKMSFVIF FSVREIKWT EKSSLAQLIA KECPDSWDLV TKIMSQPERL LFVIDGLDDM DSVLQHDDMT LSRDWKDEQP IYILMYSLLR K ALLPQSFL ...文字列:
DLQDYKAHVI AKFDTSVDLH YDSPEMKLLS DAFKPYQKTF QPHTIILHGR PGVGKSALAR SIVLGWAQGK LFQKMSFVIF FSVREIKWT EKSSLAQLIA KECPDSWDLV TKIMSQPERL LFVIDGLDDM DSVLQHDDMT LSRDWKDEQP IYILMYSLLR K ALLPQSFL IITTRNTGLE KLKSMVVSPL YILVEGLSAS RRSQLVLENI SNESDRIQVF HSLIENHQLF DQCQAPSVCS LV CEALQLQ KKLGKRCTLP CQTLTGLYAT LVFHQLTLKR PSQSALSQEE QITLVGLCMM AAEGVWTMRS VFYDDDLKNY SLK ESEILA LFHMNILLQV GHNSEQCYVF SHLSLQDFFA ALYYVLEGLE EWNQHFCFIE NQRSIMEVKR TDDTRLLGMK RFLF GLMNK DILKTLEVLF EYPVIPTVEQ KLQHWVSLIA QQVNGTSPMD TLDAFYCLFE SQDEEFVGGA LKRFQEVWLL INQKM DLKV SSYCLKHCQN LKAIRVDIRD LLSVDNTLEL CPVVTVQETQ CKPLLMEWWG NFCSVLGSLR NLKELDLGDS ILSQRA MKI LCLELRNQSC RIQKLTFKSA EVVSGLKHLW KLLFSNQNLK YLNLGNTPMK DDDMKLACEA LKHPKCSVET LRLDSCE LT IIGYEMISTL LISTTRLKCL SLAKNRVGVK SMISLGNALS SSMCLLQKLI LDNCGLTPAS CHLLVSALFS NQNLTHLC L SNNSLGTEGV QQLCQFLRNP ECALQRLILN HCNIVDDAYG FLAMRLANNT KLTHLSLTMN PVGDGAMKLL CEALKEPTC YLQELELVDC QLTQNCCEDL ACMITTTKHL KSLDLGNNAL GDKGVITLCE GLKQSSSSLR RLGLGACKLT SNCCEALSLA ISCNPHLNS LNLVKNDFST SGMLKLCSAF QCPVSNLGII GLWKQEYYAR VRRQLEEVEF VKPHVVIDGD WYASDEDDRN W WKN

UniProtKB: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 5

+
分子 #14: Transducin-like enhancer protein 6

分子名称: Transducin-like enhancer protein 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 49.00534 KDa
配列文字列: DPQPVWDAEP QFCQGFLIQG LWELFMDSRQ KNQQEHGGED SSQESKDSGL CDFKPEPQPR HRNSLSDSAD PFLIKSPSAL LDYYQEDVS RPQPETQESS GRADKFLKPL SWGSEVLESS CNQPSTALWQ LERFTVPQAL QKVRVLKHQE LLLVVAVSSF T RHVFTCSQ ...文字列:
DPQPVWDAEP QFCQGFLIQG LWELFMDSRQ KNQQEHGGED SSQESKDSGL CDFKPEPQPR HRNSLSDSAD PFLIKSPSAL LDYYQEDVS RPQPETQESS GRADKFLKPL SWGSEVLESS CNQPSTALWQ LERFTVPQAL QKVRVLKHQE LLLVVAVSSF T RHVFTCSQ SGIKVWNLVN QVAEDRDPES HLKCSVQDNK VYLRTCLLSS NSRTLFAGGY NLPGVIVWDL AAPSLYEKCQ LP CEGLSCQ ALANTKENMA LAGFTDGTVR IWDLRTQEIV RNLKGPTNSA RNLVVKDDNI WTGGLDACLR CWDLRMAKVS LEH LFQSQI MSLAHSPTED WLLLGLANGQ HCLFNSRKRD QVLTVDTKDN TILGLKFSPN GKWWASVGMG NFITVHSMPT GAKL FQVPE VGPVRCFDMT ENGRLIITGS RDCASVYHIK Y

UniProtKB: Transducin-like enhancer protein 6

+
分子 #15: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 4 / 式: GDP
分子量理論値: 443.201 Da
Chemical component information

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #16: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 4 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

34556

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 676923
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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