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- EMDB-65403: Local refinement region of HPV45 in complex with antibody A16E6 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-65403
タイトルLocal refinement region of HPV45 in complex with antibody A16E6
マップデータ
試料
  • 複合体: Local refinement region of HPV45 in complex with antibody A16E6
    • 複合体: Human papillomavirus type 45
      • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein L1
    • 複合体: The Fab fragment of A16E6
      • タンパク質・ペプチド: A16E6 Fab light chain
      • タンパク質・ペプチド: A16E6 Fab heavy chain
キーワードHuman papillomavirus / Cryo-EM / STRUCTURAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / STRUCTURAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


T=7 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Major capsid L1 (late) protein, Papillomavirus / Major capsid L1 (late) superfamily, Papillomavirus / L1 (late) protein / Double-stranded DNA virus, group I, capsid
類似検索 - ドメイン・相同性
Major capsid protein L1
類似検索 - 構成要素
生物種Human papillomavirus 45 (パピローマウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ) / human papillomavirus 45 (パピローマウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Jiang Y / Sun H / Zheng Q / Li S / Xia N
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Structure / 年: 2026
タイトル: Cryo-EM structure of human papillomavirus type 45 in complexed with the Fab fragment of 10G2
著者: Jiang Y / Sun H / Wang Z / Zheng Q / Li S / Xia N
履歴
登録2025年7月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月11日-
マップ公開2026年2月11日-
更新2026年2月11日-
現状2026年2月11日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_65403.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_65403.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1 Å/pix.
x 420 pix.
= 420. Å		1 Å/pix.
x 420 pix.
= 420. Å		1 Å/pix.
x 420 pix.
= 420. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.5622063 - 0.9028291
平均 (標準偏差)0.00011327845 (±0.02557095)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 420.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_65403_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_65403_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Local refinement region of HPV45 in complex with antibody A16E6

全体名称: Local refinement region of HPV45 in complex with antibody A16E6
要素
  • 複合体: Local refinement region of HPV45 in complex with antibody A16E6
    • 複合体: Human papillomavirus type 45
      • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein L1
    • 複合体: The Fab fragment of A16E6
      • タンパク質・ペプチド: A16E6 Fab light chain
      • タンパク質・ペプチド: A16E6 Fab heavy chain

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超分子 #1: Local refinement region of HPV45 in complex with antibody A16E6

超分子名称: Local refinement region of HPV45 in complex with antibody A16E6
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Human papillomavirus 45 (パピローマウイルス)

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超分子 #2: Human papillomavirus type 45

超分子名称: Human papillomavirus type 45 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Human papillomavirus 45 (パピローマウイルス)

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超分子 #3: The Fab fragment of A16E6

超分子名称: The Fab fragment of A16E6 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: A16E6 Fab light chain

分子名称: A16E6 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 11.390643 KDa
配列文字列:
QIVLTQSPAI MSASPGEKVT ISCSASSSVS YMYWYQQKPG SSPKPWIYRT SNLASGVPAR FSGSGSGTSY SLTISSMEAE DAATYYCQQ YHSYPPTFGG GTKLEIK

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分子 #2: A16E6 Fab heavy chain

分子名称: A16E6 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 13.618193 KDa
配列文字列:
QVQLQQSGPE LVRPGVSVKI SCKGSGYTFT DYSMHWVKQS HTKSLEWIGV ISTYYGKTNY NQRFKGKATM TVDKSSSTAY MELARLTSE DSAIYYCARR YDGKADYGMD YWGQGTSVTV SS

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分子 #3: Major capsid protein L1

分子名称: Major capsid protein L1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: human papillomavirus 45 (パピローマウイルス)
分子量理論値: 57.379891 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MALWRPSDST VYLPPPSVAR VVSTDDYVSR TSIFYHAGSS RLLTVGNPYF RVVPNGAGNK QAVPKVSAYQ YRVFRVALPD PNKFGLPDS TIYNPETQRL VWACVGMEIG RGQPLGIGLS GHPFYNKLDD TESAHAATAV ITQDVRDNVS VDYKQTQLCI L GCVPAIGE ...文字列:
MALWRPSDST VYLPPPSVAR VVSTDDYVSR TSIFYHAGSS RLLTVGNPYF RVVPNGAGNK QAVPKVSAYQ YRVFRVALPD PNKFGLPDS TIYNPETQRL VWACVGMEIG RGQPLGIGLS GHPFYNKLDD TESAHAATAV ITQDVRDNVS VDYKQTQLCI L GCVPAIGE HWAKGTLCKP AQLQPGDCPP LELKNTIIED GDMVDTGYGA MDFSTLQDTK CEVPLDICQS ICKYPDYLQM SA DPYGDSM FFCLRREQLF ARHFWNRAGV MGDTVPTDLY IKGTSANMRE TPGSCVYSPS PSGSIITSDS QLFNKPYWLH KAQ GHNNGI CWHNQLFVTV VDTTRSTNLT LCASTQNPVP STYDPTKFKQ YSRHVEEYDL QFIFQLCTIT LTAEVMSYIH SMNS SILEN WNFGVPPPPT TSLVDTYRFV QSVAVTCQKD TTPPEKQDPY DKLKFWTVDL KEKFSSDLDQ YPLGRKFLVQ AGLRR RPTI GPRKRPAAST STASTASRPA KRVRIRSKK

UniProtKB: Major capsid protein L1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 260276
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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