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- EMDB-65260: Cryo-EM structure of Elapor1WT in tetrameric form -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-65260
タイトルCryo-EM structure of Elapor1WT in tetrameric form
マップデータ
試料
  • 複合体: Tetrameric Elapor1 bound to copper
    • タンパク質・ペプチド: Endosome/lysosome-associated apoptosis and autophagy regulator 1
    • タンパク質・ペプチド: Endosome/lysosome-associated apoptosis and autophagy regulator 1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: COPPER (II) ION
キーワードTethering factor / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of autophagosome assembly / autophagosome assembly / cellular response to starvation / trans-Golgi network / late endosome / lysosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
EIG121-like / : / : / : / : / : / ELAPOR1-like, galactose binding domain / ELAPOR1-like, galactose-binding domain / ELAPOR1-like, mannose 6-phosphate receptor homology domain / ELAPOR1-like, C-terminal domain ...EIG121-like / : / : / : / : / : / ELAPOR1-like, galactose binding domain / ELAPOR1-like, galactose-binding domain / ELAPOR1-like, mannose 6-phosphate receptor homology domain / ELAPOR1-like, C-terminal domain / ELAPOR1-like, TNF receptor-like / Mannose-6-phosphate receptor binding domain superfamily / MRH domain / MRH domain profile. / Putative ephrin-receptor like / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Endosome/lysosome-associated apoptosis and autophagy regulator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Ma J / Zheng S
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, China) 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: ELAPOR1 is A Copper-Dependent Tethering Factor Driving Proacrosomal Vesicle Fusion in Acrosome Biogenesis
著者: Shao T / Ma J
履歴
登録2025年7月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月23日-
マップ公開2025年7月23日-
更新2025年7月23日-
現状2025年7月23日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_65260.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_65260.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 350 pix.
= 380.45 Å		1.09 Å/pix.
x 350 pix.
= 380.45 Å		1.09 Å/pix.
x 350 pix.
= 380.45 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.087 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.28
最小 - 最大-2.3542829 - 3.194511
平均 (標準偏差)-0.001126053 (±0.055588584)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ350350350
Spacing350350350
セルA=B=C: 380.45 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_65260_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_65260_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Tetrameric Elapor1 bound to copper

全体名称: Tetrameric Elapor1 bound to copper
要素
  • 複合体: Tetrameric Elapor1 bound to copper
    • タンパク質・ペプチド: Endosome/lysosome-associated apoptosis and autophagy regulator 1
    • タンパク質・ペプチド: Endosome/lysosome-associated apoptosis and autophagy regulator 1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: COPPER (II) ION

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超分子 #1: Tetrameric Elapor1 bound to copper

超分子名称: Tetrameric Elapor1 bound to copper / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Endosome/lysosome-associated apoptosis and autophagy regulator 1

分子名称: Endosome/lysosome-associated apoptosis and autophagy regulator 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 108.851289 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DYKDDDDKGS HHHHHHSGTG PELHACKESE YHFEYTACDS TGSRWRVAVP HSPGLCTSLP DPVKGTECSF SCNAGEFLDM KDQSCKPCA EGRYSLGTGI RFDEWDELPH GFASLSANLE VDDSISESTE NCTSSKWVPR GDYIASNTDE CTATLMYAVN L KQSGTVNF ...文字列:
DYKDDDDKGS HHHHHHSGTG PELHACKESE YHFEYTACDS TGSRWRVAVP HSPGLCTSLP DPVKGTECSF SCNAGEFLDM KDQSCKPCA EGRYSLGTGI RFDEWDELPH GFASLSANLE VDDSISESTE NCTSSKWVPR GDYIASNTDE CTATLMYAVN L KQSGTVNF EYYYPDSSII FEFFVQNDQC QPSADDSRWM KTTEKGWEFH SVELNRGNNV LYWRTTAFSV WSKVSKPVLV RN IAITGVA YTSECFPCKP GTYAAKQGSP FCKLCPANYY SNKGETSCHP CDADKYSEKG SSTCKVRPAC TDKDYFYTHT ACD AQGETQ LMYKWAIPKI CGEDLEGAVK LPASGVKTRC PPCNPGFFKT DNSTCEPCPY GSYSNGSDCT HCPAGTEPAV GFEY KWWNT LPSNMETTVL SGINFEYKGL TGWEVAGDHI YTAVGASDND FMILTLVVPG FRPPQSVVAD TENKEVARIT FVFET ICSV NCELYFMVGM NSRTNTPVET WKGTKGKQSY TYTIEENATV SFTWAFQRTT LHETGRKYTN DVAKIYSINV TNVMGG VAS YCRPCALEAS DLGSSCTSCP AGHYINRDSG TCHLCPSNTI LKAHQPYGAQ ACVPCGPGTK NNKIHSLCYN DCTFSRN TP SRIFNYNFSA LAGTVSLAGV PSFTSKGLKY FHHFTLSLCG NQGKKMAVCT DNVTDLRIPD GEAGFSKSVT AYVCQVVI I PSEVMGYKAG VSSQPVSLAD RLVGVSTDMT LEGIVSPVEL FHPETSGIPD IVFFFRSNDV TQSCSSGRST TIRLRCNPM KAAPGTLRLP SMCSDGTCDG CNFHFLWESV AACPLCSASD YHTFVSSCVA GIQKTTYMWR EPKLCSGGIS LPEQRVTICK TIDFWLKVG ISAGTCTAIL LTVLTCYFWK KNQKLEYKYS KLVMNATLKD CDLPAADSCA IMEGEDVEDD FIFTSKKSLF G KIKSFTSK RTPDGFDSVP LKTSSGGPDM DM

UniProtKB: Endosome/lysosome-associated apoptosis and autophagy regulator 1

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分子 #2: Endosome/lysosome-associated apoptosis and autophagy regulator 1

分子名称: Endosome/lysosome-associated apoptosis and autophagy regulator 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 110.543531 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDKGSHHHH HHSGMELHAC KESEYHFEYT ACDSTGSRWR VAVPHSPGLC TSLPDPVKGT ECSFSCNAG EFLDMKDQSC KPCAEGRYSL GTGIRFDEWD ELPHGFASLS ANLEVDDSIS ESTENCTSSK WVPRGDYIAS N TDECTATL ...文字列:
MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDKGSHHHH HHSGMELHAC KESEYHFEYT ACDSTGSRWR VAVPHSPGLC TSLPDPVKGT ECSFSCNAG EFLDMKDQSC KPCAEGRYSL GTGIRFDEWD ELPHGFASLS ANLEVDDSIS ESTENCTSSK WVPRGDYIAS N TDECTATL MYAVNLKQSG TVNFEYYYPD SSIIFEFFVQ NDQCQPSADD SRWMKTTEKG WEFHSVELNR GNNVLYWRTT AF SVWSKVS KPVLVRNIAI TGVAYTSECF PCKPGTYAAK QGSPFCKLCP ANYYSNKGET SCHPCDADKY SEKGSSTCKV RPA CTDKDY FYTHTACDAQ GETQLMYKWA IPKICGEDLE GAVKLPASGV KTRCPPCNPG FFKTDNSTCE PCPYGSYSNG SDCT HCPAG TEPAVGFEYK WWNTLPSNME TTVLSGINFE YKGLTGWEVA GDHIYTAVGA SDNDFMILTL VVPGFRPPQS VVADT ENKE VARITFVFET ICSVNCELYF MVGMNSRTNT PVETWKGTKG KQSYTYTIEE NATVSFTWAF QRTTLHETGR KYTNDV AKI YSINVTNVMG GVASYCRPCA LEASDLGSSC TSCPAGHYIN RDSGTCHLCP SNTILKAHQP YGAQACVPCG PGTKNNK IH SLCYNDCTFS RNTPSRIFNY NFSALAGTVS LAGVPSFTSK GLKYFHHFTL SLCGNQGKKM AVCTDNVTDL RIPDGEAG F SKSVTAYVCQ VVIIPSEVMG YKAGVSSQPV SLADRLVGVS TDMTLEGIVS PVELFHPETS GIPDIVFFFR SNDVTQSCS SGRSTTIRLR CNPMKAAPGT LRLPSMCSDG TCDGCNFHFL WESVAACPLC SASDYHTFVS SCVAGIQKTT YMWREPKLCS GGISLPEQR VTICKTIDFW LKVGISAGTC TAILLTVLTC YFWKKNQKLE YKYSKLVMNA TLKDCDLPAA DSCAIMEGED V EDDFIFTS KKSLFGKIKS FTSKRTPDGF DSVPLKTSSG GPDMDM

UniProtKB: Endosome/lysosome-associated apoptosis and autophagy regulator 1

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 12 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #5: COPPER (II) ION

分子名称: COPPER (II) ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 3 / 式: CU
分子量理論値: 63.546 Da
Chemical component information

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 929496
CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Coot / 使用した粒子像数: 291029
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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