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万見
- EMDB-6512: 3D reconstruction of tarantula thick filaments -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6512
タイトル3D reconstruction of tarantula thick filaments
マップデータ3D reconstruction of tarantula thick filament
試料
  • 試料: tarantula thick filament
  • タンパク質・ペプチド: thick filament
キーワードsingle particle analysis / thick filament / muscle contraction
生物種Grammostola rosea (クモ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.0 Å
データ登録者Yang S / Woodhead JL / Zhao F / Sulbaran G / Craig R
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2016
タイトル: An approach to improve the resolution of helical filaments with a large axial rise and flexible subunits.
著者: Shixin Yang / John L Woodhead / Fa-Qing Zhao / Guidenn Sulbarán / Roger Craig /
要旨: Single particle analysis is widely used for three-dimensional reconstruction of helical filaments. Near-atomic resolution has been obtained for several well-ordered filaments. However, it is still a ...Single particle analysis is widely used for three-dimensional reconstruction of helical filaments. Near-atomic resolution has been obtained for several well-ordered filaments. However, it is still a challenge to achieve high resolution for filaments with flexible subunits and a large axial rise per subunit relative to pixel size. Here, we describe an approach that improves the resolution in such cases. In filaments with a large axial rise, many segments must be shifted a long distance along the filament axis to match with a reference projection, potentially causing loss of alignment accuracy and hence resolution. In our study of myosin filaments, we overcame this problem by pre-determining the axial positions of myosin head crowns within segments to decrease the alignment error. In addition, homogeneous, well-ordered segments were selected from the raw data set by checking the assigned azimuthal rotation angle of segments in each filament against those expected for perfect helical symmetry. These procedures improved the resolution of the filament reconstruction from 30 Å to 13 Å. This approach could be useful in other helical filaments with a large axial rise and/or flexible subunits.
履歴
登録2015年11月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年12月30日-
マップ公開2015年12月30日-
更新2015年12月30日-
現状2015年12月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.005
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.005
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6512.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6512.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 51.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D reconstruction of tarantula thick filament
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.74 Å/pix.
x 240 pix.
= 658.56 Å		2.74 Å/pix.
x 240 pix.
= 658.56 Å		2.74 Å/pix.
x 240 pix.
= 658.56 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.744 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.005 / ムービー #1: 0.005
最小 - 最大-0.00404348 - 0.03257438
平均 (標準偏差)0.00110238 (±0.00385035)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 658.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.7442.7442.744
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z658.560658.560658.560
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-300-64
NX/NY/NZ6161129
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.0040.0330.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : tarantula thick filament

全体名称: tarantula thick filament
要素
  • 試料: tarantula thick filament
  • タンパク質・ペプチド: thick filament

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超分子 #1000: tarantula thick filament

超分子名称: tarantula thick filament / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: helical filaments of myosin II / Number unique components: 1
分子量実験値: 520 KDa / 理論値: 520 KDa / 手法: Sedimentation

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分子 #1: thick filament

分子名称: thick filament / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: myosin filament / コピー数: 18 / 集合状態: helical filament / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Grammostola rosea (クモ) / 別称: tarantula / 組織: leg / 細胞: striated muscle / Organelle: myofibril / 細胞中の位置: cytoskeleton
分子量実験値: 520 KDa / 理論値: 520 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 7
詳細: 100 mM NaCl, 3 mM MgCl2, 1 mM EGTA, 5 mM PIPES, 5 mM NaH2PO4, 1 mM NaN3
グリッド詳細: Quantifoil (R2/2) 200 mesh grids, glow discharged
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 85 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 手法: Blot for 2 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
日付2013年4月13日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 690 / 平均電子線量: 20 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 109000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダー: Nitrogen-cooled
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Cryo-EM images of tarantula thick filaments were processed using SPIDER and IHRSR
CTF補正詳細: each particle
最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 145 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 30 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C4 (4回回転対称)
アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPIDER, IHRSR / 使用した粒子像数: 3174

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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