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万見
- EMDB-6510: Docking complex-independent alignment of outer dynein arms with 2... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6510
タイトルDocking complex-independent alignment of outer dynein arms with 24-nm periodicity
マップデータStreptavidin-labeled DC2-M412BCCP axoneme
試料
  • 試料: Streptavidin-labeled ODA structure from DC2-M412BCCP axoneme
  • 細胞器官・細胞要素: axoneme
キーワードcilia and flagella / axoneme / outer dynein arm / docking complex
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 47.0 Å
データ登録者Oda T / Abe T / Yanagisawa H / Kikkawa M
引用ジャーナル: J Cell Sci / 年: 2016
タイトル: Docking-complex-independent alignment of Chlamydomonas outer dynein arms with 24-nm periodicity in vitro.
著者: Toshiyuki Oda / Tatsuki Abe / Haruaki Yanagisawa / Masahide Kikkawa /
要旨: The docking complex is a molecular complex necessary for assembly of outer dynein arms (ODAs) on the axonemal doublet microtubules (DMTs) in cilia and flagella. The docking complex is hypothesized to ...The docking complex is a molecular complex necessary for assembly of outer dynein arms (ODAs) on the axonemal doublet microtubules (DMTs) in cilia and flagella. The docking complex is hypothesized to be a 24-nm molecular ruler because ODAs align along the DMTs with 24-nm periodicity. In this study, we rigorously tested this hypothesis using structural and genetic methods. We found that the ODAs can bind to DMTs and porcine microtubules with 24-nm periodicities even in the absence of the docking complexin vitro Using cryo-electron tomography and structural labeling, we observed that the docking complex took an unexpectedly flexible conformation and did not lie along the length of DMTs. In the absence of docking complex, ODAs were released from the DMT at relatively low ionic strength conditions, suggesting that the docking complex strengthens the electrostatic interactions between the ODA and DMT. Based on these results, we conclude that the docking complex serves as a flexible stabilizer of the ODA rather than as a molecular ruler.
履歴
登録2015年11月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年11月25日-
マップ公開2016年3月16日-
更新2016年3月16日-
現状2016年3月16日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 27.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 27.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6510.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6510.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Streptavidin-labeled DC2-M412BCCP axoneme
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
6.07 Å/pix.
x 70 pix.
= 424.9 Å		6.07 Å/pix.
x 70 pix.
= 424.9 Å		6.07 Å/pix.
x 70 pix.
= 424.9 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 27.699999999999999 / ムービー #1: 27.7
最小 - 最大-162.394134519999994 - 284.462463379999974
平均 (標準偏差)16.329233169999998 (±70.998786929999994)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ707070
Spacing707070
セルA=B=C: 424.90002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z6.076.076.07
M x/y/z707070
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z424.900424.900424.900
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-300-64
NX/NY/NZ6161129
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS707070
D min/max/mean-162.394284.46216.329

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Streptavidin-labeled ODA structure from DC2-M412BCCP axoneme

全体名称: Streptavidin-labeled ODA structure from DC2-M412BCCP axoneme
要素
  • 試料: Streptavidin-labeled ODA structure from DC2-M412BCCP axoneme
  • 細胞器官・細胞要素: axoneme

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超分子 #1000: Streptavidin-labeled ODA structure from DC2-M412BCCP axoneme

超分子名称: Streptavidin-labeled ODA structure from DC2-M412BCCP axoneme
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: axoneme

超分子名称: axoneme / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
Organelle: flagella

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

濃度0.01 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
詳細: 30 mM Hepes-NaOH pH 7.2, 5 mM MgCl2, 1 mM dithiothreitol, 1 mM EGTA, 50 mM K-acetate
グリッド詳細: 300 mesh copper grid, holey carbon
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 93 K / 装置: LEICA EM GP / 手法: Blot for 5 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡OTHER
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Omega
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
日付2015年2月20日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
平均電子線量: 100 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 9.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 倍率（公称値）: 25700
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 °

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画像解析

詳細Number of tilts (projections) used in 3D reconstruction: 60 Tomographic tilt angle increment: 2
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 47.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD, PEET / 使用したサブトモグラム数: 936

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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