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- EMDB-64788: Helical structure of KomBC in complex with dITP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-64788
タイトルHelical structure of KomBC in complex with dITP
マップデータ
試料
  • 複合体: KomBC filament with dITP
    • タンパク質・ペプチド: Xanthosine/inosine triphosphate pyrophosphatase
    • タンパク質・ペプチド: NAD-dependent protein deacetylase
  • リガンド: 2'-deoxyinosine 5'-triphosphate
  • リガンド: ZINC ION
キーワードKomBc / dITP / Sir2 / CELL INVASION
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside triphosphate catabolic process / nucleoside triphosphate diphosphatase activity / nucleotide metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ham1-like protein / Ham1 family / Inosine triphosphate pyrophosphatase-like / SIR2-like domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
XTP/dITP diphosphohydrolase / NAD-dependent protein deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種Archangium gephyra (バクテリア)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Li Y / Zheng Q / Li S
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2026
タイトル: Filament-driven activation of the Kongming antiviral system by deoxyinosine triphosphate.
著者: Xiangkai Zhen / Yu Li / Zihe Liu / Yang Huang / Xurong Wang / Shuying Xu / Yuchen Jiang / Fan Li / Jinfu Su / Qi Lai / Shaowei Li / Ningshao Xia / Qingbing Zheng / Songying Ouyang /
要旨: Nucleotide-derived second messengers are frequently deployed by bacteria to activate effector proteins to mediate the immunity. The Kongming system uses deoxyinosine triphosphate (dITP) to trigger ...Nucleotide-derived second messengers are frequently deployed by bacteria to activate effector proteins to mediate the immunity. The Kongming system uses deoxyinosine triphosphate (dITP) to trigger nicotinamide adenine dinucleotide (NAD) depletion via the Sir2-domain protein KomC. We reveal that dITP binding to the KomB-KomC (KomBC) complex stabilizes KomB dimerization, initiating hierarchical allosteric changes. This drives KomBC filament assembly, which is essential for activating the NADase activity of KomC. Cryo-EM structures of apo-, dITP-bound, NAD-bound and postcatalytic KomBC filaments show the structural landscape of how dITP-induced remodeling reshapes the catalytic pocket of KomC, enabling NAD hydrolysis. Mutagenesis confirms that filament assembly and allostery are critical for catalysis. These findings elucidate the structural basis for the recognition of the nucleotide derivative signaling molecule, the assembly and the filament-mediated allosteric activation mechanism in prokaryotic immunity and a distinct variation of Sir2 NADase activation.
履歴
登録2025年5月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月17日-
マップ公開2025年12月17日-
更新2026年4月1日-
現状2026年4月1日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_64788.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_64788.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 343 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.78 Å/pix.
x 448 pix.
= 348.544 Å		0.78 Å/pix.
x 448 pix.
= 348.544 Å		0.78 Å/pix.
x 448 pix.
= 348.544 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.778 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.08059178 - 0.264816
平均 (標準偏差)0.0002794344 (±0.0136405295)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ448448448
Spacing448448448
セルA=B=C: 348.544 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_64788_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #2

ファイルemd_64788_additional_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_64788_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_64788_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : KomBC filament with dITP

全体名称: KomBC filament with dITP
要素
  • 複合体: KomBC filament with dITP
    • タンパク質・ペプチド: Xanthosine/inosine triphosphate pyrophosphatase
    • タンパク質・ペプチド: NAD-dependent protein deacetylase
  • リガンド: 2'-deoxyinosine 5'-triphosphate
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: KomBC filament with dITP

超分子名称: KomBC filament with dITP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Archangium gephyra (バクテリア)

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分子 #1: Xanthosine/inosine triphosphate pyrophosphatase

分子名称: Xanthosine/inosine triphosphate pyrophosphatase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Archangium gephyra (バクテリア)
分子量理論値: 20.012025 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MAPTWFYNTT NSEKLRELQH VLGGSAKLGY LTAKVTEILD VDLETVIRAK AIAAYRAVRV PVIVEHGALC IDALNGLPGA LVKPFWESL DTRLCEVIPA GQRTARARGA LCYCDGRERH VLIEETEGEI APSARGTGGF HWDPIFIPKG QTRTFAEMSL D EKLSFSPL GRLHTRLRTE LGL

UniProtKB: XTP/dITP diphosphohydrolase

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分子 #2: NAD-dependent protein deacetylase

分子名称: NAD-dependent protein deacetylase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Archangium gephyra (バクテリア)
分子量理論値: 31.370715 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTTLTLSEAA PLLKKEFREG RLIPFLGAGF SKPLKLPDGS QLIASLAKTL GFEPELFDMH GRFEQLAEFF AISAPNRLQR LVYEMSLSF DSAEAEALRE KSPMHRALAA LDWRTIYTTN YDKHVEGALR DAGKQAAVLA SFADFQGPRA RDVCEVIKFH G TLDQPDTI ...文字列:
MTTLTLSEAA PLLKKEFREG RLIPFLGAGF SKPLKLPDGS QLIASLAKTL GFEPELFDMH GRFEQLAEFF AISAPNRLQR LVYEMSLSF DSAEAEALRE KSPMHRALAA LDWRTIYTTN YDKHVEGALR DAGKQAAVLA SFADFQGPRA RDVCEVIKFH G TLDQPDTI VLTESSYFQR MALDAPPDQR LRADLLANSF LFIGYSFSDT NIRYIWYRMN QLREQSQLGV KHSQARRCFF AT HGAGLVQ PDILQQWNID VIQLDPTDKS ASVARLLESI A

UniProtKB: NAD-dependent protein deacetylase

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分子 #3: 2'-deoxyinosine 5'-triphosphate

分子名称: 2'-deoxyinosine 5'-triphosphate / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 8 / 式: Y43
分子量理論値: 492.166 Da
Chemical component information

ChemComp-Y43:
2'-deoxyinosine 5'-triphosphate

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分子 #4: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 8 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 49.25 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 83.37 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C2 (2回回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.04 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1574792
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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